1. 寻找相关同源序列

1.1 InterPro

1.2 物种特异基因家族数据库

拟南芥：https://www.arabidopsis.org/

同源预测 - 图1

进入Gene Families（https://www.arabidopsis.org/browse/genefamily/index.jsp）

同源预测 - 图2

找到要找的基因家族（WOX）

同源预测 - 图3

看到WOX基因的分类（https://www.arabidopsis.org/browse/genefamily/wox.jsp）

  1. WUS     At2g17950
  2. WOX1    At3g18010
  3. WOX2    At5g59340
  4. WOX3    At2g28610
  5. WOX4    At1g46480
  6. WOX5    At3g11260
  7. WOX6    At2g01500
  8. WOX7    At5g05770
  9. WOX8    At5g45980
  10. WOX9    At2g33880
  11. WOX10   At1g20710
  12. WOX11   At3g03660
  13. WOX12   At5g17810
  14. WOX13   At4g35550
  15. WOX14   At1g20700

2. 目标物种蛋白序列建库

  1. # blast/diamond
  2. makeblastdb -in AT_WOX.fa -dbtype prot

3. 比对

  1. blastp -query pep.fa -db AT_WOX.fa -evalue 1e-5 -outfmt '6 std qlen slen' -out  WOX.blastout
  3. # blast结果基于identity 30% 过滤
  4. awk '{if($3 > 50)print $1}' WOX.blastout