参考

http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/

1. 介绍

StringTie

-p: 设置线程

-G: 输入参考基因组文件，可将重构后的转录本和参考转录本整合到一起

--merge: 对多个gtf文件进行整合，得到多个样品的全部转录本

-l: 设置前缀

  1. StringTie S1_1.bam --rf -l S1_1 -o S1_1.gtf -p 4
  2. StringTie --merge -o merged.gtf ??.gtf

StringTie

-e: 需要-G支持，仅对-G给出的转录本进行定量，对新转录本无需求时使用

-B: 需要-G支持，输出Ballgown的输入文件。输出在-o指定输出路径下

-b: 需要-G支持，输出Ballgown的输入文件。输出在该参数指定路径下

  1. stringtie S1_1.bam -G genome.gtf -e --rf -p 4 -b S1_1 -o S1_1.gtf