5. 融合基因

目前，融合基因可分为5种：

1. 染色体间的易位融合基因
2. 染色体间的复杂重排融合
3. 染色体内部的缺失融合
4. 染色体内的复杂重排融合
5. 嵌合体融合基因

• FusionSeq
• deFuse
• TopHat-Fusion
• Fusion-Hunter

参考

CTAT-LR-fusion: accurate fusion transcript identification from long and short read isoform sequencing at bulk or single cell resolution

ChimeraTE: a pipeline to detect chimeric transcripts derived from genes and transposable elements

Transposable elements as evolutionary driving force to ecological speciation in cactophilic Drosophila species

转座子是果蝇生态物种形成的推动力量。论文做了成对的种间基因组比较、成对种间基因表达差异分析，发现 TE 在基因 promoter 区的聚集和基因差异表达关系不大。但论文，发现了大量的 gene-TE chimeric transcripts，基因-转座子融合转录本。