介绍
下载
运行
参考
- bilibili | 图形化线粒体基因组 基于图形框架构建的植物线粒体基因组的一个整合组装模型
- 小明的数据分析笔记本 | 跟着Briefings in Bioinformatics学数据分析：植物线粒体基因组组装流程GSAT尝试
若有收获，就点个赞吧
0 人点赞
工具 | GSAT（线粒体）
- 参考资料
- ------测序原理------
- ------通用工具------
- 通用工具 | 环境搭建
- 通用工具 | 质控
- 通用工具 | 比对
- 基础知识 | 序列联配（比对）
- 工具 | BLAST/BLAST+（一）
- 工具 | BLAST/BLAST+（二）
- 工具 | BLAT
- 工具 | DIAMOND
- 工具 | MMSeq2
- 工具 | hmmer
- 工具 | minimap2
- 工具 | unimap
- 工具 | winnowmap
- 工具 | mummer
- 工具 | chromap
- 工具 | mafft: 多序列比对
- 工具 | muscle: 多序列比对
- 工具 | ggmsa: 多序列比对的可视化
- 工具 | gmap
- 工具 | bwa
- 工具 | Bowtie2
- 工具 | AnchorWave
- 工具 | wfmash
- 工具 | HISAT2
- 工具 | STAR
- 工具 | HISAT-3N
- 工具 | CD-HIT
- 工具 | 基于 k-mer | Mash
- 工具 | 转录比对（过时）
- 通用工具 | 建树
- 通用工具 | 网络可视化
- 通用工具 | TBtools
- 通用工具 | circos图
- 通用工具 | 基因组结构浏览器
- 通用工具 | 流程图绘制
- ------文件处理------
- 待分类
- 基因组
- 基础知识
- 组装
- Survey
- 质控
- 组装
- Hi-C 挂载
- gapfilling
- polishing
- 去冗余/去污染
- 评估
- 基础知识 | 基因组组装质量评估
- 基础知识 | 一篇重要的观点文章
- 评估 | coverage or depth?
- 评估 | 比对率/覆盖度/深度（一）
- 评估 | 比对率/覆盖度/深度（二）二代 WGS
- 评估 | 比对率/覆盖度/深度（三）三代 WGS
- 评估 | 比对率/覆盖度/深度（四）RNA-seq
- 评估 | 单碱基错误率、杂合率
- 评估 | GC 偏好性（GC-Depth）
- 评估 | Hi-C 图谱
- 工具 | assembly-stats: 获取基因组长度、序列数量信息
- 工具 | LAI
- 工具 | GCI
- 工具 | CRAQ
- 工具 | PanDepth
- 工具 | BUSCO
- 工具 | compleasm
- 工具 | Merqury
- 工具 | CRAQ
- 工具 | AssemblyQC
- 工具 | BAMStats
- 工具 | Inspector
- 工具 | QUAST
- 工具 | QualiMap2
- 工具 | bamdst
- 工具 | mosdepth
- 工具 | GenomeQC
- 重复序列注释
- 基础知识
- 转座子进化
- 转座子表达
- 工具 | RepeatModeler: 从头识别转座子
- 工具 | RepeatMasker: 基于数据库鉴定转座子
- 工具 | RECON: 从头识别转座子
- 工具 | RepeatScout: 从头识别转座子
- 工具 | LTR_Finder: 全长 LTR 检测
- 工具 | LTR_FINDER_parallel
- 工具 | LTRharvest: 从头识别 LTR 转座子
- 工具 | LTRdigest
- 工具 | LTR_retriever: 从头识别 LTR
- 工具 | EDTA: 转座子注释流程
- 工具 | EarlGrey: 转座子注释流程
- 工具 | TEsorter: 转座子分类
- 工具 | DeepTE: 转座子注释
- 工具 | barrnap
- 工具 | HelitronScanner
- 工具 | EAHelitron
- 工具 | HelitronFinder
- 工具 | TRF: 串联重复序列鉴定
- 工具 | MISA: SSR 分析
- 工具 | GenomeTools: 多功能开源基因组分析软件
- 特征序列识别
- 基因结构注释
- 基础知识
- 基因结构注释
- Comparative Genome Annotation
- pipeline | BRAKER3
- pipeline | MAKER
- pipeline | Finder
- 工具 | SynGAP
- 工具 | PASA
- 工具 | AUGUSTUS (ab initio)
- 工具 | SNAP (ab initio)
- 工具 | GeneWise (homology)
- 工具 | Exonerate (homology)
- 工具 | GenomeThreader (homology)
- 工具 | GeneMark
- 工具 | EVM
- 工具 | WebApollo (manual)
- 工具 | GSAman
- 工具 | liftXXX
- 工具 | 评估 | BUSCO
- 工具 | 评估 | OMArK
- 可变剪接
- 基因功能注释
- 基因组分型
- 蛋白质结构预测（可选）
- 非蛋白编码基因注释
- 特征统计
- 细胞器基因组
- 基因家族
- 比较基因组
- 转录组
- 全长转录组
- 单细胞
- 非编码
- 翻译组
- 蛋白组
- 代谢组
- 表型组
- 重测序
- 泛基因组
- 泛基因组介绍
- 构建、理解和应用泛基因组
- 从头组装分析
- 迭代组装分析
- map to pan 组装分析
- 图组装分析
- 基于 VCF 的泛基因组构建（一）：数据准备
- 基于 VCF 的泛基因组构建（二）：数据比对
- 基于 VCF 的泛基因组构建（三）：变异检测
- 基于 VCF 的泛基因组构建（四）：变异注释
- 基于 VCF 的泛基因组构建（五）：泛基因组构建
- syri 结果
- 泛基因组 | mummer + syri + vg
- 图形泛基因组构建 | Minigraph-Cactus（一）
- 图形泛基因组构建 | Minigraph-Cactus（二）
- 图形泛基因组构建 | Minigraph-Cactus（三）
- 图形泛基因组构建 | Minigraph-Cactus（四）
- 图形泛基因组构建 | Progressive Cactus
- Untitled Document
- 工具 | vg
- 工具 | minigraph
- 工具 | Cactus
- 工具 | pggb
- 工具 | seqwish
- 工具 | NovoGraph
- 工具 | pangene
- 工具 | panacus
- 工具 | GENESPACE
- 工具 | SynDiv
- 工具 | AMPRIL
- 转座子分析
- 变异检测
- 可视化
- 基于图泛基因组的群体分析
- 泛基因组文章
- 其他
- 宏基因组
- 表观遗传
- 基础知识
- BS-seq/WGBS
- ATAC-seq
- ChIP-seq
- CUT%26Tag
- 三维基因组
- 基础知识 | 三维基因组
- 基础知识 | Capture Hi-C
- 基础知识 | Omni-C
- 基础知识 | 质控过滤
- Hi-C 不同层级的空间互作分析（一） ：比对
- Hi-C 不同层级的空间互作分析（二） ：互作矩阵构建及平衡
- Hi-C 不同层级的空间互作分析（三） ：高级结构检测
- 工具 | HiCExplorer（一）
- 工具 | HiCExplorer（二）
- 工具 | HiCExplorer（三）
- 工具 | HiCExplorer（四）
- 工具 | HiCExperiment
- 工具 | HiContacts
- 工具 | HiCRep
- 工具 | HiCUP
- 工具 | cooler
- 工具 | CALDER
- 工具 | CHiCAGO
- 工具 | pairtools
- 工具 | Fan-C
- 工具 |
- 工具 |
- 工具 | Mustache
- 工具 | pyGenomeTracks
- 工具 | HiGlass
- ChIA-PET
- Dap-seq
- RIP-seq
- MeRIP-seq
- workshop
- ------数据传输------
- ------地理信息------
- ----------------------
暂无相关搜索结果！
让时间为你证明
