介绍

https://conda.io/projects/conda/en/latest/index.html

  • anaconda
  • miniconda

下载安装

  1. wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 
  2. chmod 755 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  3. bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

使用

包管理

  • conda search matplotlib: 搜索
  • conda install matplotlib: 安装
  • conda install matplotlib: 安装特定版本
  • conda uninstall matplotlib: 删除
  1. conda install -y -n jcvi -c bioconda bedtools emboss last
  3. pip install latex

环境管理

  • conda info --envs: 列出环境信息
  • conda create -n <env-name>: 新建环境
  • conda create -n <env-name> python numpy pandas: 新建环境后，安装需要的包
  • conda create -n <env-name> python numpy pandas -c bioconda: 设置安装源
  1. conda create -y -c bioconda -c conda-forge -n jcvi jcvi
  • conda activate <env-name>: 进入环境
  • conda activate: 返回base环境
  • conda deactivate: 退出环境
  • conda remove -n <env-name> --all: 删除环境
  • conda env export -n gcat > gcat.yml: 导出环境

其他

  • conda --version: 显示版本信息
  • conda update conda: 更新到最新版本

https://anaconda.org/

参考

https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html

https://www.jianshu.com/p/84bcd4f55dd3

‘activate’, ‘deactivate’, ‘clean’, ‘compare’, ‘config’, ‘create’, ‘env’, ‘export’, ‘info’, ‘init’, ‘install’, ‘list’, ‘notices’, ‘package’, ‘remove’, ‘uninstall’, ‘rename’, ‘run’, ‘search’, ‘update’, ‘upgrade’, ‘content-trust’, ‘doctor’, ‘repoquery’

  1. conda update -n base -c defaults conda