质控是什么?什么数据需要质控?为什么要质控?
- FastQC
- Trimmomatic
- FASTX-Toolkit
- NGS QC Toolkit
- cutadapt
- Picard
常用的核酸序列比对的类型很多:二代短reads比对到基因组上、三代长reads比对到基因组上、剪接性比对、全基因组序列之间的比对、多序列比对、数据库比对等。
- 如何统计bam文件的覆盖度和测序深度
https://mp.weixin.qq.com/s/ZIJ78lbu7JILKn4OZt_fMQ - IsoTV|三代测序全长转录组分析和可视化工具
https://mp.weixin.qq.com/s/NSNmh6xd-ZqZDTE4b7tOvg
- RNA-Seq 数据比对到参考基因组上,辅助定位表达基因的位置,进行基因组的注释,还可以用于基因表达定量;
- 全基因组关联分析,GWAS,重测序的数据比对到参考基因组上,鉴定不同群体的结构变异,等信息,推断群体进化;
- Chip-Seq 得到的序列信息进行比对,可以定位与蛋白互作的序列的在基因组上的位置。