参考

itol.toolkit: https://tongzhou2017.github.io/itol.toolkit/

公众号 | TTfriends | 产品发布｜itol.toolkit包让iTOL使用更丝滑（合集）

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1. iTOL

2. itol.toolkit

https://mp.weixin.qq.com/s/HdW-R-pccThVDCfoImhloQ

# 下载，加载
install.packages("itol.toolkit")
library(itol.toolkit)

根据模版的参数使用相似度以及功能相似度，作者对iTOL v6的23个模版功能类型进行了聚类，分为5大类：

2.1 树结构类

公众号 | TTfriends | itol.toolkit中文文档｜树结构类功能概述

树结构大类的3个模版功能的共同点是：

参数简单
非核心
应用场景单一

这类基础支撑类功能，并非iTOL的主要功能。虽然使用itol.toolkit并不会提升体验，但为了对iTOL功能实现完整支持，也被全部囊括。为了在极少数情况下，也可以使用itol.toolkit辅助iTOL的全部应用场景。

2.1.1 COLLAPSE: 折叠分枝

公众号 | TTfriends | itol.toolkit中文文档｜COLLAPSE折叠分枝

该功能可以对树的分枝进行折叠，被折叠的分枝并未被删除，只是以节点名命名，并显示为三角形的聚合状，常用与复杂系统发育树中折叠不重要却占比巨大的类群，便于重要信息的展示和聚焦。

在iTOL模版中，要求的输入数据为一列节点或分枝名称，分枝名称支持范围格式（分枝A｜分枝B）。itol.toolkit需要的输入数据为字符串向量格式，且支持范围格式分枝自动转换为节点名称。

COLLAPSE功能因直接控制分枝聚合，只在iTOL内生效，所以其他系统发育分析工具虽然均有该功能，但聚合信息无法通过树文件传递，所以该功能具有不可替代性。较少被使用，属于功能单一的iTOL非核心功能。


# 读取测试数据
tree <- system.file("extdata",
                    "tree_of_itol_templates.tree",
                    package = "itol.toolkit")
data("template_groups")
df_group <- data.frame(id = unique(template_groups$group), 
                       data = unique(template_groups$group))

#

2.1.2 PRUNE: 选择分枝

公众号 | TTfriends | itol.toolkit中文文档｜PRUNE选择分枝

该功能可以对树的分枝进行选择，被选中的分枝保留，未被选中的删除。选择后，树的分枝数量会减少。

iTOL模版中，要求的输入数据为一列节点或分枝名称，分枝名称支持范围格式。itol.toolkit需要的输入数据为字符串向量格式，也可以是数据框的一列，且支持范围格式分枝自动转换为节点名称。

PRUNE功能虽然在已发表论文中并无实际使用，作者在【itol.toolkit中文文档｜复现Li 2022 JHM】发现其依然存在被使用的潜力。。该功能可以被大量同类工具替代，如ape::drop.tip可以在前处理就完成选择分枝的步骤，所以该功能不具有不可替代性。该功能属于功能单一的iTOL非核心功能。

2.1.3 SPACING: 调整间距

公众号 | TTfriends | itol.toolkit中文文档｜SPACING调整间距

该功能可以调整树的分枝间距，对应的其他注释信息也会受间距改变而产生分隔（如热图等）或范围延长（如color strip等）的效果。

iTOL模版中，要求的输入数据为2列，第一列为分枝名称，第二列为间隔数值。itol.toolkit需要的输入数据为数据框格式，且默认数据框的第一列为分枝名称。

SPACING功能在已发表论文中并无实际使用，也未发现有被使用的潜力和不可替代性，该功能属于功能单一的iTOL非核心功能。

2.2 样式类

公众号 | TTfriends | itol.toolkit中文文档｜样式类功能概述

样式类的2个模版功能的特点是：

被大量使用
数据参数复杂
TREE_COLORS比DATASET_STYLE强大

对于这类功能，没有使用itol.toolkit会遭受非常陡峭的学习曲线。但很多困难并不是用户所必须经历的，这是iTOL模版设计难以平衡功能性和易用性所造成的，itol.toolkit内置自动化工作流可以让用户避免被复杂的数据准备困扰，在最大程度上减轻了用户负担，让用户可以把更多精力用在思考，获得更流畅的数据分析体验。

2.2.1 TREE_COLORS: 美化样式

公众号 | TTfriends | itol.toolkit中文文档｜TREE_COLORS美化树的样式

该功能可以在不同尺度和位置，对树的分枝进行不同样式的多图层叠加调整。常被用于区别展示不同分枝组分，根据组分信息对分枝赋予不同的分枝和标签颜色、线条粗细、线条虚实等，便于在不同分类阶元下展示物种组成（系统发育树），或不同处理组的样本组成（聚类树）。

在iTOL模版中，要求的输入数据为4-5列，且需要遵循严格的顺序：分枝名或节点、子类功能名、颜色、标签或样式、大小。其中子类功能支持5种：范围（range）、整枝（clade）、分枝（branch）、标签（label）、标签背景（label_background）。每种子类功能对应了不同的输入数据要求，对于用户来说，理顺清楚复杂的数据输入要求十分麻烦。itol.toolkit通过程序的自动化识别数据功能，极大简化了用户的输入数据准备门槛，最少只需要2列输入数据。

在全部模版功能中，TREE_COLORS是最常用的功能之一，具有丰富的样式调控功能，常常与其他功能组合使用，实现整体可视化风格的统一，是功能多样的iTOL核心功能，强烈推荐用户掌握。

2.2.2 DATASET_STYLE: 美化样式

公众号 | TTfriends | itol.toolkit中文文档｜DATASET_STYLE美化树的样式

该功能是在TREE_COLORS功能之后推出的，iTOL的本意是为了解决TREE_COLORS过多的子类功能，按位置信息将原先的5个子类功能整合为2种，但是舍去了用途很广的range子类功能。还造成了输入数据的臃肿，由原先的4-5列，扩大到了6列。数据参数的复杂性导致这是最难学习使用的模版之一。

DATASET_STYLE在使用时还会造成样式覆盖，将原先设定的树线条样式删除，用户在实际使用时很难分辨出可视化效果未按预期生效的原因，但实际使用情况说明了问题。DATASET_STYLE是于iTOL v4 推出的更优化版TREE_COLORS，时至今日并没有让用户广泛接受，用户更愿意使用虽然很难用但相较没有那么难用的老版本功能。在itol.toolkit中，还是把它救了回来，只需要最少2列数据就可以进行模版输出，其他的4列都可以由程序进行自动化设置。在itol.toolkit中，新老版本的美化分枝模版功能是一样顺畅的，用户可以根据喜好自由选择。

可以预见，未来随着itol.toolkit用户的增多，使用新老版本的情况会逐渐趋于平衡。

2.3 文本类

2.3.1 LABELS

2.3.2 DATASET_TEXT

2.3.3 DATASET_COLORSTRIP

2.4 基础图形

DATASET_BINARY

DATASET_GRADIENT

DATASET_HEATMAP

DATASET_SYMBOL

DATASET_EXTERNALSHAPE

DATASET_DOMAINS

DATASET_SIMPLEBAR

DATASET_MULTIBAR

DATASET_BOXPLOT

DATASET_LINECHART

DATASET_PIECHART

2.5 高阶图形

DATASET_ALIGNMENT

DATASET_CONNECTION

DATASET_IMAGE

POPUP_INFO

组学分析

iTOL + itol.toolkit: 进化树美化修饰

参考