参考

综述 | RNA sequencing: the teenage years

公众号 | 生信宝典 | Nature重磅综述|关于RNA-seq，你想知道的都在这（续）

周小zhao

公众号 | 生信百宝箱 | 转录组 | 差异结果可视化之火山图

高通量测序

二代测序（转录组、DNA、Hi-C）
三代测序（PacBio、ONT）
单端、双端
链特异性、非链特异性

质控

定量方法：

1. 基于比对
   1.1 质控 + 比对 + 拼接 + 定量（注释更新）
   1.2 质控 + 比对 + 定量
2. 不基于比对
   Salmon: 一搜就有很多，比如基于Salmon的转录组定量流程、基于Salmon的转录组批量定量流程和差异分析

转录组定量，不应该是一个最基本、非常简单的东西吗？奈何我菜啊，有很多想不通的地方。

转录组分析流程（二）| 序列比对和基因表达定量
关于转录本定量
STAR直接就可以输出readsCount，为什么还需要featurecounts？
周小钊 的文集 RNAseq

转录组定量 过程和 基因结构预测 的操作重叠：
拼接、可变剪切？新转录本预测？