基因PAV鉴定

  1. bowtie2 -p 5 \
  2.   -x ./index/genome \
  3.   -1 ../02.ReadsFilter/S288c_1.fq.gz \
  4.   -2 ../02.ReadsFilter/S288c_2.fq.gz \
  5.   2> PAV.S288c/bowtie2.log | \
  6.   samtools view -bS -f 2 | \
  7.   samtools sort -o PAV.S288c/S288c.sort.bam
  9. samtools index PAV.S288c/S288c.sort.bam
  11. java -Xmx4g -jar /pub/software/SGSGeneLossv0.1/SGSGeneLoss.v0.1.jar \
  12.   minCov=2 lostCutoff=0.2  \
  13.   bamPath=PAV.S288c/  \
  14.   bamFileList=S288c.sort.bam \
  15.   outDirPath=PAV.S288c/  \
  16.   chromosomeList=all  \
  17.   gffFile=./pangenome.gff3
  19. cat PAV.S288c/*.excov | awk  'NR==1 || $1 !~ /^chromosome,/' > PAV.S288c.excov

合并所有样本基因PAV结果

核心和非必需基因分析

拟合曲线

富集分析

核心和非必需基因家族分析

？这怎么分析？好像没法进行。。。