参考

Apptainer github 地址：https://github.com/apptainer/apptainer

Singularity github 地址：https://github.com/sylabs/singularity

Docker: https://www.docker.com/

https://hpc.nih.gov/apps/singularity.html

https://singularity-tutorial.github.io/

文章：https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fbinf.2021.757291/full

在 CJ 的进阶 | 本地「Docker」镜像转换为「Singularity」镜像，直接运行于任何服务器~ 的评论中看到的。

1. Apptainer

1.1 下载安装失败

我是 CentOS8，根据 https://github.com/apptainer/apptainer/blob/main/INSTALL.md 中的步骤…… 下载失败。

这么多 time out 是网络问题？

工具 | Singularity (Apptainer) - 图1

2. Singularity

2.1 下载安装

emmm….. 用 conda 安装成功。

工具 | Singularity (Apptainer) - 图2

2.2 下载一个软件试试

  1. mkdir /home/shwzhao/bin/SingularityDir
  2. cd /home/shwzhao/bin/SingularityDir
  3. # https://github.com/oushujun/EDTA
  4. SINGULARITY_CACHEDIR=./
  5. export SINGULARITY_CACHEDIR
  6. singularity pull EDTA.sif docker://oushujun/edta:2.0.0

2.3 使用

注意，操作文件必须加路径！！！搞了一晚上，原来只需要加上路径，我哭了。

而且，只能操作自己/home 下的东西？我这里必须把文件复制过来。

另外，这比 conda 还方便，我又哭了。

  1. mkdir test
  2. cd test
  3. cp /home/train/public_data/genome/Arabidopsis_thaliana/Arabidopsis_thaliana.genome.fa .
  4. singularity exec /home/shwzhao/bin/SingularityDir/EDTA.sif EDTA.pl --genome ./Arabidopsis_thaliana.genome.fa --overwrite 0 --sensitive 1 --anno 1  --threads 20