1. 火山图？

之前瞥到了小明的 跟着Cell学作图：R语言ggplot2作图展示差异表达的基因，但没有细看，根据印象做了下面这个图。

  • 差异表达结果合并
  1. awk 'NR==1{print}FNR>1{print}' *vs0.txt > allvs0.txt
  • 在 R 中读取
  1. library(tidyverse)
  2. df_deg <- read_tsv("allvs0.txt")
  • 作图，其中
    不显示padj大于0.5的基因；
    df_deg的contrast 列：1vs0 | 2vs0 | 3vs0 | 4vs0 | 5vs0，不同的组的差异表达结果；
    df_deg的change列：Up | Down | Stable，可根据log2FoldChange和padj定义；
    my_gene 是我想突出的基因构成的向量。
  1. ggplot(filter(df_deg, padj <= 0.05 & !geneids %in% my_genes)) +
  2.   geom_point(aes(contrast, log2FoldChange, color = change, size = -log10(padj), alpha = -log10(padj)),
  3.              # size = 3,
  4.              position = "jitter") +
  5.   geom_point(data = filter(df_deg, (log2FoldChange >= 1 | log2FoldChange <= -1) & padj <= 0.05 & geneids %in% my_genes),
  6.              aes(contrast, log2FoldChange), # size = -log10(padj)
  7.              position = "jitter",
  8.              size = 4,
  9.              shape = 21,
  10.              color = "black",
  11.              fill = "#fee08b") +
  12.   # ylim(-15, 15) +
  13.   geom_hline(yintercept = c(-1, 1), 
  14.              linetype = 'dotdash',
  15.              color = 'grey30') +
  16.   scale_color_manual(values = c(Up = "#e6550d", Down = "#3182bd", Stable = "#636363")) +
  17.   scale_alpha(range = c(0.3, 1)) +
  18.   labs(x = 'Group', y = 'Log2(fold change)') +
  19.   theme_bw()

火山图绘制 - 图1

2. 常规火山图

  • 只选择一个差异表达结果
  1. library(tidyverse)
  2. library(ggrepel)
  4. df_deg <- read_tsv("1vs0.txt")
  6. ggplot(df_deg) +
  7.   geom_point(aes(log2FoldChange, -log10(padj), color = change),
  8.              show.legend = F) +
  9.   geom_point(data = filter(df_deg, (log2FoldChange >= 1 | log2FoldChange <= -1) & padj <= 0.05 & geneids %in% my_genes),
  10.              aes(log2FoldChange, -log10(padj)),
  11.              # shape = 21,
  12.              # fill = "black",
  13.              color = "#fee08b") +
  14.   geom_text_repel(data = filter(df_deg, (log2FoldChange >= 1 | log2FoldChange <= -1) & padj <= 0.05 & geneids %in% my_genes),
  15.                   aes(log2FoldChange, -log10(padj)),
  16.                   label = "^-^",
  17.                   box.padding = 0.5,
  18.                   max.overlaps = Inf) +
  19.   scale_color_manual(values = c(Up = "#e6550d", Down = "#3182bd", Stable = "#636363")) +
  20.   geom_hline(yintercept = -log10(0.05), 
  21.              linetype = 'dotdash',
  22.              color = 'grey30') +
  23.   geom_vline(xintercept = c(-1, 1), 
  24.              linetype = 'dotdash',
  25.              color = 'grey30') +
  26.   labs(x = 'Log2(fold change)', y = '-log10(p-value)') +
  27.   xlim(-10, 10) +
  28.   ylim(0, 30) +
  29.   theme_bw()

火山图绘制 - 图2

3. 倾斜火山图

  • 这个啊，应该叫做【热狗图】。

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