分类 子程序 功能
    NCBI数据库下载 <font style="color:rgba(0, 0, 0, 0.9);">update_blastdb.pl</font> 下载 NCBI 中的公共数据库
    本地数据库操作 <font style="color:rgba(0, 0, 0, 0.9);">makeblastdb</font> 使用 FASTA 数据创建 BLAST数据库
    <font style="color:rgba(0, 0, 0, 0.9);">makembindex</font> 为已有核酸数据库创建索引，与 megablast 一起进行 blast
    <font style="color:rgba(0, 0, 0, 0.9);">makeprofiledb</font> 从由<font style="color:rgba(0, 0, 0, 0.9);">psiblast</font>生成的特定于输入位置的评分矩阵（记分板）的列表中创建一个保守结构域数据库
    <font style="color:rgba(0, 0, 0, 0.9);">dustmasker</font> 主要用于数据库准备过程中，屏蔽输入核苷酸序列中的低复杂度区域
    <font style="color:rgba(0, 0, 0, 0.9);">windowmasker</font> 屏蔽输入核苷酸序列中的重复区域
    <font style="color:rgba(0, 0, 0, 0.9);">segmasker</font> 主要用于数据库准备过程中，屏蔽输入氨基酸序列中的低复杂度区域
    <font style="color:rgba(0, 0, 0, 0.9);">convert2blastmask</font> 将屏蔽的小写字母转换为<font style="color:rgba(0, 0, 0, 0.9);">makeblastdb</font>可读数据
    <font style="color:rgba(0, 0, 0, 0.9);">blastdb_aliastool</font> 创建数据库别名
    <font style="color:rgba(0, 0, 0, 0.9);">blastdbcheck</font> 检测数据库的完整性
    <font style="color:rgba(0, 0, 0, 0.9);">blastdbcmd</font> 从 BLAST 数据库中检索序列或其它信息
    Cleanup-blastdb-volumes.py 用于清理 BLAST 数据库卷（volumes）和删除未引用卷的 Python 脚本（请谨慎使用）
    blast搜索程序 <font style="color:rgba(0, 0, 0, 0.9);">blastn</font> 在【核苷酸】数据库搜索待检索【核苷酸】序列
    <font style="color:rgba(0, 0, 0, 0.9);">blastp</font> 在【氨基酸】数据库搜索待检索【氨基酸】序列
    <font style="color:rgba(0, 0, 0, 0.9);">blastx</font> 将待检索【核苷酸】序列基于六种翻译框翻译为氨基酸序列，再在【氨基酸】数据库中 BLAST
    <font style="color:rgba(0, 0, 0, 0.9);">tblastn</font> 【核苷酸】数据库基于六种翻译框翻译为氨基酸序列后，待检索【氨基酸】序列再与其 BLAST
    <font style="color:rgba(0, 0, 0, 0.9);">tblastx</font> 将待检索【核苷酸】序列和【核苷酸】数据库基于六种翻译框翻译为氨基酸序列后，再进行 BLAST
    专业蛋白质blast程序 <font style="color:rgba(0, 0, 0, 0.9);">deltablast</font> 使用更敏感算法，在氨基酸数据库搜索待检索氨基酸序列
    <font style="color:rgba(0, 0, 0, 0.9);">psiblast</font> 查找蛋白质家族的成员，识别与待检索氨基酸序列有远近关系的蛋白质，或为待检索氨基酸序列构建特定位置的评分矩阵
    保守结构域blast程序 <font style="color:rgba(0, 0, 0, 0.9);">rpsblast</font> 在保守域数据库搜索待检索氨基酸序列，以标识序列中存在的功能域
    <font style="color:rgba(0, 0, 0, 0.9);">rpstblastn</font> 将待检索核酸序列基于六种翻译框翻译为氨基酸序列，再在保守结构域数据库中检索
    Command line translator <font style="color:rgba(0, 0, 0, 0.9);">legacy_blast.pl</font> 将 BLAST 搜索命令行转换为对应 BLAST+ 命令行并执行
    Result formatting tool <font style="color:rgba(0, 0, 0, 0.9);">blast_formatter</font> 使用已分配的请求 ID（RID）或保存的归档文件格式化 BLAST 结果
    qaccver 查询的AC版本（与此类似的还有qseqid、qgi、qacc，与序列命名有关）
    saccver 目标的AC版本（于此类似的还有sseqid、sallseqid、sgi、sacc、sallacc，也是序列命名相关)
    pident 完全匹配百分比 （响应的nident则是匹配数）
    length 联配长度(另外slen表示查询序列总长度，qlen表示目标序列总长度)
    mismatch 错配数目
    gapopen gap 的数目
    qstart 查询序列起始
    qsend 查询序列结束
    sstart 目标序列起始
    send 目标序列结束
    evalue 期望值
    bitscore Bit 得分
    十进制 十六进制 Description 描述
    1 0x1 read paired 该read是成对的Paired reads中的一个
    2 0x2 read mapped in proper pair Paired reads中每个都正确比对到参考序列
    4 0x4 read unmapped 该read没有比对到参考序列上
    8 0x8 mate unmapped 与该read成对的另一端的read没有比对到参考序列上
    16 0x10 read reverse strand 该read和参考序列相比，是反向互补的
    32 0x20 mate reverse strand 与该read成对的另一端的read是反向互补的
    64 0x40 first in pair 在Paired reads中，该read是第1条
    128 0x80 second in pair 在Paired reads中，该read是第2条
    256 0x100 not primary alignment 非最优的比对结果
    512 0x200 read fails platform/vendor quality checks 没有通过质量控制
    1024 0x400 read is PCR or optical duplicate PCR重复或光学重复
    2048 0x800 supplementary alignment
    iSeq 100 MiniSeq MiSeq NextSeq 550 NextSeq 1000/1000-CN
    NextSeq 2000/2000-CN    		 NovaSeq 6000 NovaSeq X
    一些图表 - 图1 一些图表 - 图2 一些图表 - 图3 一些图表 - 图4 一些图表 - 图5 一些图表 - 图6 一些图表 - 图7
    每个流动槽最大通量 1.2Gb 7.5Gb 15Gb 120Gb 540Gb 3Tb 8Tb
    运行时间（范围） 约 9.5-19h 约 2-24h 约 5-56h 约 11-29h 约 8-44h 约 13-44h 约 17-48h
    每次运行的最大 reads 数（单端 reads） 4M 25M 25M 400M 1.8B 10B（单流动槽）
    20B（双流动槽）    		 26B（单流动槽）
    52B（双流动槽）
    最大读长 2×150bp 2×150bp 2×300bp 2×150bp 2×300bp 2×250bp 2×150bp
    大型全基因组测序（人类、动物、植物） - [ ] - [ ] - [ ] - [ ] - [ ] - [x] - [x]
    小型全基因组测序（微生物、病毒） - [x] - [x] - [x] - [x] - [x] - [x] - [x]
    外显子组和大型 panel 测序（基于富集） - [ ] - [ ] - [ ] - [x] - [x] - [x] - [x]
    靶向基因测序（基于扩增子、基因 panel） - [x] - [x] - [x] - [x] - [x] - [x] - [x]
    单细胞分析（scRNA-seq、scDNA-seq、寡核苷酸标记检测） - [ ] - [ ] - [ ] - [x] - [x] - [x] - [x]
    转录组测序（总 RNA-seq、mRNA-seq、基因表达图谱分析） - [ ] - [ ] - [ ] - [x] - [x] - [x] - [x]
    miRNA 和小 RNA 分析 - [x] - [x] - [x] - [x] - [x] - [x] - [x]
    染色质分析（ATAC-seq、ChIP-seq） - [ ] - [ ] - [x] - [x] - [x] - [x] - [x]
    甲基化测序 - [ ] - [ ] - [ ] - [x] - [x] - [x] - [x]
    16S宏基因组测序 - [ ] - [x] - [x] - [x] - [x] - [x] - [x]
    宏基因组学分析（鸟枪法宏基因组学、宏转录组学） - [ ] - [ ] - [ ] - [x] - [x] - [x] - [x]
    游离核酸测序和液体活检分析 - [ ] - [ ] - [ ] - [x] - [x] - [x] - [x]

    https://emea.illumina.com/systems/sequencing-platforms.html