组学分析

白天 夜间 首页 下载 阅读记录
  我的书签   添加书签   移除书签

数据库

浏览 16 扫码 分享 2025-01-08 09:11:00
  • 参考

    参考

    PLncDB V2.0: a comprehensive encyclopedia of plant long noncoding RNAs

    NONCODEV6: an updated database dedicated to long non-coding RNA annotation in both animals and plants

    若有收获，就点个赞吧

    0 人点赞

    上一篇:
    下一篇:
    • 书签
    • 添加书签 移除书签
    • 参考资料
      • 重要门户网站
        • NCBI
          • NCBI
          • NCBI | Entrez
          • NCBI | SRA
          • NCBI | NR
          • NCBI | GenBank
          • NCBI | nt
          • NCBI | Taxonomy
          • 工具 | SRA Tools
        • EMBL/EBI
          • EMBL/EBI
          • Ensembl Plants
          • UniProtKB/Swiss-Prot
          • UniProtKB/TrEMBL
          • InterPro
          • InterPro/Pfam
          • COG、KOG
        • ExPASy
          • ExPASy
          • ExPASy | STRING
        • CNCB: 国家生物信息中心
          • CNCB | NGDC: 国家基因组科学数据中心
        • UCSC
          • UCSC
          • Xena
          • 工具 | PHAST
      • 数据库 | 基因组
        • 整理基因组数据（一）
        • JGI | Phytozome
        • PLAZA
        • TAIR
        • maizeGDB
      • 数据库 | 重复序列
        • 数据库 | Repbase
        • 数据库 | Dfam
        • 数据库 | REXdb: 植物 LTR 分类数据库
        • 数据库 | GyDB
        • 181 个植物LTR 逆转座子数据库
        • 459个植物转座子注释数据库
        • Current Biology | Primer | 转座子
      • 数据库 | ncRNA
        • 数据库 | ncPlantDB
      • 数据库 | 其他
        • Galaxy
        • TCGA
        • GTEx
        • mimic iv
        • seer
        • ukbiobank
      • Project
        • Project | Earth BioGenome Project (EBP)
        • Project | Earth BioGenome Project (EBP) II
        • Project | 1001 Genomes Project
        • Project | ENCODE
        • Project | RoadMap Epigenomics
        • Project | 4DN
        • Project | 1KP
      • Institute
        • Institute | SciLifeLab
        • Institute | JGI
        • Institute | Institut Curie: 法国居里研究中心
      • Topic
        • Topic | AI 4 Science
      • 一些博客/论坛
        • 国内
        • 国外
    • ------测序原理------
      • 遗传标记
      • 生物芯片
      • 一代测序技术：Sanger
      • 二代测序技术（一）：开篇
      • 二代测序技术（二）：Illumina
      • 二代测序技术（三）：BGI/MGI
      • 二代测序技术（四）：Thermo Fisher/Life Technologies/Ion Torrent
      • 二代测序技术（五）：讨论
      • 三代测序技术（一）：PacBio
      • 三代测序技术（二）：ONT
      • 测序原理 | Hi-C
      • 测序原理 | 单细胞测序（10X Genomics）
      • 测序原理 | 转录组
      • 测序原理 | 非编码RNA
      • 测序原理 | RenSeq
      • 测序原理 | CrY2H-seq
      • 测序原理 | ssDRIP-seq
      • 建库测序 | 不明白的地方
      • 工具 | ccs
      • 工具 |
      • 一些图表
    • ------通用工具------
      • 通用工具 | 环境搭建
        • 工具 | conda
        • 工具 | mamba
        • 工具 | Docker
        • 工具 | Singularity (Apptainer)
        • 工具 | Nextflow
        • 工具 | VScode：编程环境配置
      • 通用工具 | 质控
        • 工具 | fastp
        • 工具 | FastQC
        • 工具 | Trimmomatic
        • 工具 | UMI-tools
        • 工具 | SortMeRNA
        • 工具 | RSeQC: RNA-seq 质控包
        • 工具 | dupRadar: RNA-seq 重复率评估
        • 工具 | Preseq
        • 质控结果解读
      • 通用工具 | 比对
        • 基础知识 | 序列联配（比对）
        • 工具 | BLAST/BLAST+（一）
        • 工具 | BLAST/BLAST+（二）
        • 工具 | BLAT
        • 工具 | DIAMOND
        • 工具 | MMSeq2
        • 工具 | hmmer
        • 工具 | minimap2
        • 工具 | unimap
        • 工具 | winnowmap
        • 工具 | mummer
        • 工具 | chromap
        • 工具 | mafft: 多序列比对
        • 工具 | muscle: 多序列比对
        • 工具 | ggmsa: 多序列比对的可视化
        • 工具 | gmap
        • 工具 | bwa
          • 算法
        • 工具 | Bowtie2
        • 工具 | AnchorWave
        • 工具 | wfmash
        • 工具 | HISAT2
        • 工具 | STAR
        • 工具 | HISAT-3N
        • 工具 | CD-HIT
        • 工具 | 基于 k-mer | Mash
        • 工具 | 转录比对（过时）
          • TopHat2 + Bowtie2
          • Cufflinks
          • HTSeq
          • RSEM
          • Ballgown
      • 通用工具 | 建树
        • 基础知识
        • 工具 | iqtree
        • 工具 | fasttree
        • 工具 | RAxML
        • 工具 | Phylip
        • 工具 | PhyML
        • 工具 | syntenet: 共线性信息建网络、建树！
      • 通用工具 | 网络可视化
        • Cytoscape
        • Gephi
      • 通用工具 | TBtools
        • TBtools
        • 基因结构可视化
      • 通用工具 | circos图
        • circos.conf
        • ideogram.conf
        • line.conf
        • links.conf
        • 颜色设置
      • 通用工具 | 基因组结构浏览器
        • IGV
        • JBrowser
        • Apollo
      • 通用工具 | 流程图绘制
        • 工具 | 流程图、示意图
    • ------文件处理------
      • 文件处理：fa/fq/gfa
        • 工具 | gfaestus
        • 格式介绍 | fastq
        • 格式介绍 | gfa
        • 工具 | seqkit
        • 工具 | seqtk
        • 工具 | gfatools
        • 工具 | assembly-stats
      • 文件处理：gff/gtf/Ensembl
        • 格式介绍 | gff
        • 工具 | gffread
        • 工具 | gffio
        • 工具 | gffutils
        • 工具 | gtftk
        • 工具 | gtfToGenePred
        • 工具 | Rgff
        • 工具 | AGAT
      • 文件处理：bed/Pred
        • 格式介绍
        • 工具 | bedtools
        • 工具 | bedops
        • 工具 | bedtk
      • 文件处理：bam/sam
        • 格式介绍 | sam
        • 格式介绍 | bam
        • 格式介绍 | pileup
        • 工具 | samtools
        • 工具 | samblaster
        • 工具 | sambamba
        • 工具 | bamtools
        • 工具 | picard
        • 工具 | bam2fastx
        • 工具 | lima
        • 工具 | tabix
        • unmapped reads是什么？
        • 提取unmapped reads
      • 文件处理：paf/maf
        • 格式介绍 | PAF
        • 格式介绍 | MAF
        • 工具 | pafr
        • 工具 | paftools.js
        • 工具 | dotPlotly
        • 工具 | paf2dotplot
        • 工具 | seqwish
      • 文件处理：agp
        • 格式介绍：agp
        • 工具 | agptools
      • 文件处理：vcf/bcf/gvcf
        • 格式介绍
        • 工具 | BCFtools
        • 工具 | VCFtools
      • 文件处理：wig/bigwig
        • 格式介绍
        • 工具 |
      • 文件处理：newick
        • 格式介绍
        • 工具 | newick_utilities
        • 工具 | ggtree
        • iTOL + itol.toolkit: 进化树美化修饰
        • 进化树 + 基因结构图
      • 文件处理：tsv/csv
        • 工具 | bioawk
        • 工具 | csvtk
      • 文件处理：pdf
        • Linux 下操作 PDF 文件
      • 格式介绍 | json
      • 格式介绍 | yaml
    • 待分类
      • 工具 | bitacora
      • 工具 | CAAStools： 趋同进化分析
      • 工具 | WGCCRR: 趋同进化分析
      • 小功能 | 从 GFF 文件提取 ID/Name 对应关系
    • 基因组
      • 基础知识
        • 文章
        • 基因组拼接项目流程
      • 组装
        • Survey
          • 基础知识
          • 工具 | Jellyfish: K-mer 计数
          • 工具 | Meryl: K-mer 计数
          • 工具 | KMC: K-mer 计数
          • 工具 | Kmerfreq: K-mer 计数
          • 工具 | GCE: K-mer 计数及基因组 survey
          • 工具 | KAT: K-mer 分析工具包
          • 工具 | yak
          • 工具 | findGSE: 基因组大小预测
          • 工具 | GenomeScope: 基因组大小预测
          • 工具 | Smudgeplot
          • 工具 | KmerGenie
        • 质控
          • 二代质控
          • 三代质控
        • 组装
          • 工具 | 3 | 2021 | Hifiasm
          • 工具 | 3 | 2019 | Flye + HapDup
          • 工具 | racon
          • 工具 | GALA
          • 工具 | Verkko
          • 工具 | 3 | 2017 | Canu
          • 工具 | 3 | NextDenovo
          • 工具 | 3 | FALCON
          • 工具 | 3 | HGAP4
          • 工具 | 3 | 2019 | wtdbg2
          • 工具 | 3 | 2019 | Platanus-allee
          • 工具 | 2 | 2012 | SOAPdenovo2
          • 工具 | 2+3 | SPAdes
          • 工具 | 2+3 | 2016 | DBG2OLG
          • 工具 | 2+3 | 2024 | Hypo
        • Hi-C 挂载
          • 工具 | Juicer
          • 工具 | 3D-DNA
          • 工具 | Juicebox
          • 工具 | RagTag
          • 工具 | ALLHiC: 解决植物多倍体组装问题
          • 工具 | HapHiC（一）
          • 工具 | HapHiC（二）：在 hifiasm 组装之后进行挂载
          • 工具 | HiC-Pro
        • gapfilling
          • 工具 | 3 | TGS-GapCloser
          • 工具 | quarTeT::GapFiller
          • 工具 | LR_Gapcloser
          • 工具 | SSPACE
          • 工具 | GapFiller
          • 工具 | GapCloser
          • 工具 | quickmerge
          • 工具 | RegCloser（2 代补洞）
          • 工具 | 3 | ARROW
          • 工具 | 3 | FinisherSC
        • polishing
          • 工具 | 2 | pilon
          • 工具 | NextPolish
          • 工具 | NextPolish2
          • 工具 | T2T-Polish
        • 去冗余/去污染
          • 工具 | Purge_dups
          • 工具 | purge_haplotigs
          • 工具 | redundans
          • 工具 | FCS-GX
          • 搜索 nt 数据库
        • 评估
          • 基础知识 | 基因组组装质量评估
          • 基础知识 | 一篇重要的观点文章
          • 评估 | coverage or depth?
          • 评估 | 比对率/覆盖度/深度（一）
          • 评估 | 比对率/覆盖度/深度（二）二代 WGS
          • 评估 | 比对率/覆盖度/深度（三）三代 WGS
          • 评估 | 比对率/覆盖度/深度（四）RNA-seq
          • 评估 | 单碱基错误率、杂合率
          • 评估 | GC 偏好性（GC-Depth）
          • 评估 | Hi-C 图谱
          • 工具 | assembly-stats: 获取基因组长度、序列数量信息
          • 工具 | LAI
          • 工具 | GCI
          • 工具 | CRAQ
          • 工具 | PanDepth
          • 工具 | BUSCO
          • 工具 | compleasm
          • 工具 | Merqury
          • 工具 | CRAQ
          • 工具 | AssemblyQC
          • 工具 | BAMStats
          • 工具 | Inspector
          • 工具 | QUAST
          • 工具 | QualiMap2
          • 工具 | bamdst
          • 工具 | mosdepth
          • 工具 | GenomeQC
      • 重复序列注释
        • 基础知识
          • 重复序列
          • 转座子的发现
          • 转座子 | 转座酶
          • 转座子 | 结构特征（LTR-RT）
          • 转座子 | 转座原理（LTR-RT）
          • 转座子 | 分类层级（Wicker）
          • 转座子 | 分类层级（）
          • 转座子 | 分布模式
          • 转座子 | 功能效应
          • 转座子 |
        • 转座子进化
          • LTR 插入时间估计
          • LTR 清除速率
          • LTR 家族树构建
        • 转座子表达
          • 工具 | TE表达 | SalmonTE
          • 工具 | TE表达 | TEspeX
          • 工具 | TE表达 | TEtranscripts
          • 工具 | TE表达 | Telescope
        • 工具 | RepeatModeler: 从头识别转座子
        • 工具 | RepeatMasker: 基于数据库鉴定转座子
        • 工具 | RECON: 从头识别转座子
        • 工具 | RepeatScout: 从头识别转座子
        • 工具 | LTR_Finder: 全长 LTR 检测
        • 工具 | LTR_FINDER_parallel
        • 工具 | LTRharvest: 从头识别 LTR 转座子
        • 工具 | LTRdigest
        • 工具 | LTR_retriever: 从头识别 LTR
        • 工具 | EDTA: 转座子注释流程
        • 工具 | EarlGrey: 转座子注释流程
        • 工具 | TEsorter: 转座子分类
        • 工具 | DeepTE: 转座子注释
        • 工具 | barrnap
        • 工具 | HelitronScanner
        • 工具 | EAHelitron
        • 工具 | HelitronFinder
        • 工具 | TRF: 串联重复序列鉴定
        • 工具 | MISA: SSR 分析
        • 工具 | GenomeTools: 多功能开源基因组分析软件
      • 特征序列识别
        • 特征序列
        • 工具 | quarTeT（一）：有参组装
        • 工具 | quarTeT（二）：基因组 gap filling
        • 工具 | quarTeT（三）：端粒识别
        • 工具 | quarTeT（四）：着丝粒预测
        • 工具 | CentIER
        • 工具 | NLR-Annotator
      • 基因结构注释
        • 基础知识
        • 基因结构注释
        • Comparative Genome Annotation
        • pipeline | BRAKER3
        • pipeline | MAKER
        • pipeline | Finder
        • 工具 | SynGAP
        • 工具 | PASA
        • 工具 | AUGUSTUS (ab initio)
        • 工具 | SNAP (ab initio)
        • 工具 | GeneWise (homology)
        • 工具 | Exonerate (homology)
        • 工具 | GenomeThreader (homology)
        • 工具 | GeneMark
        • 工具 | EVM
        • 工具 | WebApollo (manual)
        • 工具 | GSAman
        • 工具 | liftXXX
        • 工具 | 评估 | BUSCO
        • 工具 | 评估 | OMArK
        • 可变剪接
      • 基因功能注释
        • 基础知识
        • DIAMOND/BLAST: 序列相似性
        • 工具 | eggnog-mapper
        • 工具 | InterProScan: 功能域相似性
        • 工具 | GFAP
        • 功能分类
          • 数据库 | GO
          • 数据库 | Dfam
      • 基因组分型
        • 工具 | homologizer
        • 工具 | SubPhaser
        • 工具 | SSM
      • 蛋白质结构预测（可选）
        • 基础知识
        • 工具 | AlphaFold2
      • 非蛋白编码基因注释
        • 工具 | Plant-LncPipe: 鉴定植物 lncRNA
        • 工具 | tRNAScan-SE
        • 工具 | RNAmmer
        • 工具 | barrnap
        • 工具 | Rfam: 鉴定 ncRNA
        • 假基因
      • 特征统计
        • 小功能 | 计算基因组 GC 含量分布
        • 小功能 | 计算基因组 gene 含量分布
        • 计算基因、GC、转座子密度
        • 统计序列中gap位置和大小
        • 脚本 | Shell | 批量从*.gff 提取基因和转录本的对应关系
        • 脚本 | Shell | 提取每个转录本exon坐标
        • 脚本 | Shell | 提取每个转录本的intron坐标
    • 细胞器基因组
      • 基础知识
        • 叶绿体、线粒体介绍
        • 组装注释困境
      • 组装
        • 工具 | Circoletto
        • 工具 | PMAT
        • 工具 | GetOrganelle
        • 工具 | SMARTDENOVO
        • 工具 | GSAT（线粒体）
        • 工具 | TIPP_plastid
        • 工具 | bandage: 组装结果可视化
      • 注释
        • 工具 | CPGAVAS2（叶绿体）
        • 工具 | GeSeq（细胞器）
        • 工具 | PGA（叶绿体）
        • 工具 | OGAP（细胞器）
        • 工具 | DOGMA（细胞器）不能用了？
        • 工具 | MITOS（动物线粒体）
        • 注释调整修正
      • 基因组结构可视化
        • 工具 | CPGView
        • 工具 | OGDraw
      • 特征统计
        • 重复序列
        • 无标题
      • 比较分析
        • 共线性
        • 系统发育
        • Ka/Ks计算
    • 基因家族
      • 基础知识
        • 什么是基因家族？
      • 鉴定
        • 工具 | bitacora
        • 同源预测
        • 结构域预测
        • 合并鉴定结果
        • 代谢途径
          • KEGG
          • PlantCyc
          • MapMan
      • 进化树构建
        • 多序列比对
        • 进化树构建
      • 结构域分析
        • 预测: MEME SUITE
        • 绘图
      • 共线性分析
        • 工具 | MCScanX
        • circos 图绘制
        • 染色体结构、基因结构图
      • 基因簇/代谢簇
        • 工具 | plantiSMASH
        • 工具 | GALEON
        • 工具 | PlantClusterFinder
      • 基因表达分析
        • 基因表达量热图
        • 无标题
      • 转录因子家族 | 认知
        • 研究套路
        • 启动子分析
      • 转录因子家族 | 鉴定
        • 工具 | PlantTFDB
        • 工具 | planttfhunter: 基于PlantTFDB
        • 工具 | PlantCARE
        • 工具 | iTAK
        • 工具 | PlnTFDB (近几年未更新)
      • 转录因子家族 | 顺式作用元件预测
        • 预测
        • 绘图
    • 比较基因组
      • 基础知识
        • 基础知识
      • 同源鉴定
        • 工具 | OrthoFinder
        • OrthoFinder 运行
        • OrthoFinder 结果
        • 工具 | SonicParanoid2
        • 工具 | OrthoSNAP
        • 工具 | PhyloMCL
        • 工具 | Dense Homolog Retriever (DHR)
        • 工具 | Genome Context Viewer
      • 物种树构建
        • 基础知识
        • .fa 转化为 .phy
        • 建树
        • 脚本 | Python | 提取第[12]个或第3个密码子建树
      • 共线性分析
        • 核型进化分析
        • 共线性分析
        • 工具 | MCScanX
        • 工具 | JCVI
          • 工具 | jcvi
          • 工具 | jcvi.algorithms
          • 工具 | jcvi.apps
          • 工具 | jcvi.formats
          • 工具 | jcvi.graphics
          • 工具 | jcvi.utils
          • 工具 | jcvi.assembly
          • 工具 | jcvi.annotation
          • 工具 | jcvi.compara
        • 工具 | DupGen_finder
        • 工具 | doubletrouble
        • 工具 | 可视化 | D-Genies
      • WGD 分析
        • 工具 | WGDI
        • kaks 计算
        • circos 图绘制
      • 选择压力分析
        • 工具 | PAML
      • 分歧时间估计
        • 工具 | MCMCtree
        • 工具 | MCMCtreeR: MCMCtree 的文件准备和结果可视化
      • 基因家族扩张收缩
        • 工具 | CAFE
    • 转录组
      • 转录组分析
      • 工具 | TOmicsVis
      • 基础知识
        • 工具 | tidybulk: 转录组分析
        • 工具 | FLOP
      • 数据整理
        • 数据整理
      • 质控
        • 工具 | RNAseqQC
      • 比对
        • 工具 | Hisat2
        • 工具 | STAR
      • 拼接 （可选）
        • 软件 | StringTie
        • 软件 | gffcompare
      • 定量
        • 定量策略选择
        • 工具 | featureCounts
        • 工具 | Salmon
        • 工具 | NORMSEQ
        • 工具 | RSEM
        • 1
        • TPM矩阵（counts 2 TPM）
        • 脚本 | R | 转录组 counts 2 tpm
        • 脚本 | R | 每个基因在不同处理下表达量的相关系数
        • 脚本 | Shell | awk求基因表达平均值
      • 样本重复性鉴定
        • 相关性分析
        • 聚类
        • PCA
      • 差异表达分析
        • 工具 | DESeq2
        • 工具 | pathlinkR
        • 火山图绘制
      • 聚类、趋势分析
        • Mfuzz
      • 共表达网络分析
        • 网络
        • WGCNA | 准备
        • WGCNA | 软阈值确定
        • WGCNA | 模块划分
        • WGCNA | 相关性
        • WGCNA | 结果导出
        • 工具 | magrene
        • 工具 | BioNERO
        • 工具 | GENIE3
      • 富集分析
        • GO | clusterProfiler::enricher()
        • GO | enrichplot
        • GO | 语义去冗余
        • GO | aPEAR
        • GO | 其他富集分析方法
        • GO | ggplot() 绘图
        • KEGG | clusterProfiler::enricher()
        • KEGG | enrichKEGG()
      • 无参转录组
        • de novo 组装
    • 全长转录组
      • Nature Methods 2024 | 系统评估用于转录鉴定和定量的长读长 RNA-seq
      • ONT
        • ONT 转录组分析
        • 工具 | Nanoq: ONT reads 的质控
        • 工具 | Dorado: ONT reads basecaller
        • 工具 | IsoQuant: 长 RNA reads 转录本重构和定量
        • 工具 | f5c: ONT 原始数据信号处理
        • 工具 | Nanopolish
        • 工具 | XPore: ONT RNA 差异甲基化分析
      • PacBio
        • Iso-Seq 分析
        • 工具 | SQANTI3: 全长转录组 isoforms 鉴定
        • 工具 | TAMA: 转录组注释
      • 可变剪接
        • 可变剪接
        • 工具 | Transdecoder: 预测蛋白编码区
        • 工具 | RNAsamba: 蛋白编码能力预测
        • 工具 | EGIO
        • 工具 | FLAIR
        • 工具 | rMATs
      • 融合基因
        • 无标题
    • 单细胞
      • 基础知识
        • 基础知识 | 单细胞测序
      • 单细胞转录组
        • 工具 | Seurat
        • 工具 | scanpy
      • 空间转录组
        • 分析
      • 单细胞基因组
        • 无标题
      • scATAC-Seq
        • ArchR
    • 非编码
      • 参考
      • ceRNA机制
      • 工具 | draw_rna
      • 工具 | CircleCompare
      • miRNA
        • 基础知识 | miRNA
        • 鉴定
          • 软件 | miWords: 植物基因组pre-miRNA区域鉴定
          • 软件 | miRDeep2
        • 表达定量
          • 无标题
        • 靶基因预测
          • miRNA靶基因预测
        • 富集分析
          • miRNA直接富集分析
        • 网络分析
          • 无标题
      • siRNA
        • 基础知识 | siRNA
        • 鉴定
          • ta-siRNA 识别 | 基于读序相位信号
          • ta-siRNA 识别 | 基于相位读序分布的统计测验
        • 表达定量
          • 无标题
        • 靶基因预测
          • 靶基因预测
      • lncRNA
        • 基础知识 | lncRNA
        • 鉴定
          • lncRNA | 鉴定
          • lncRNA | 全长转录组鉴定
          • 工具 | CPC2: 编码能力预测
          • 工具 | PLEK: 编码能力预测
          • 工具 | CNCI: 编码能力预测
          • 工具 | FEELnc
          • 编码能力预测 | 基于序列相似性
        • 表达定量
          • 表达定量 | 常规分析
          • 表达定量 | 特征统计
        • 功能预测
          • ceRNA机制
          • 数据库
      • circRNA
        • circRNA
        • 鉴定
          • 无标题
        • 功能
          • 无标题
    • 翻译组
      • 基础知识 | Ribo-seq
    • 蛋白组
      • 基础知识
        • 基础知识 | 蛋白质组学
        • 基础知识 | 实验过程
        • 基础知识 | 分析过程
      • 定性定量
        • 分析 | 定性定量（MaxQuant）
        • 分析 | 表达量统计
        • 分析 | 差异表达
        • 分析 | 功能富集
        • 工具 | R | massprocesser
      • 其他
        • 数据公开
    • 代谢组
      • 基础知识
        • 基础知识 | 植物代谢
        • 基础知识 | 代谢组学检测技术手段
        • 基础知识 | 代谢组学常用数据库
      • 新分组
        • 植物代谢组学数据处理及分析
    • 表型组
      • 基础知识
    • 重测序
      • 基础知识
        • 文章
        • 基因组重测序数据分析
        • 自然群体 vs 作物群体
      • 二代数据变异检测
        • 二代数据变异检测
        • 工具 | GATK: SNP/InDel检测
        • 工具 | bcftools: SNP/InDel检测
        • 工具 | lumpy: SV检测
        • 工具 | CNVator: CNV检测
      • 三代数据变异检测
        • 三代数据变异检测
        • 工具 | SURVIVOR
        • 工具 | VolcanoSV: SV 检测
      • 转录数据变异检测
        • 转录组数据变异检测
      • 组装数据变异检测
        • 工具 | SyRI
        • mummer + syri
        • minimap2 + syri
      • 变异注释
        • 工具 | annovar: 变异注释
        • 工具 | snpEff: 变异注释
        • 工具 | VEP: 变异注释
      • 群体结构分析
        • 基础知识 | 群体遗传多态性
        • 基础知识 | 群体遗传结构
        • 群体结构分析
        • 工具 | structure: 群体结构分析
        • 工具 | pophelper: 群体结构可视化
        • 工具 | popLDdecay: LD 衰减分析
        • 工具 | LDheatmap
        • 工具 | LDBlockShow
      • 群体选择分析
        • 基础知识 | 群体选择信号
        • 群体选择分析
      • 种群历史推断
        • 基础知识 | 种群历史动态
        • 种群历史推断
        • 工具 | PSMC: 历史有效群体大小推断
        • 工具 |
        • 工具 | SMC++: 历史有效群体大小推断
        • 工具 | TreeMix: 基因交流分析
        • 工具 | Beta-PSMC
      • 基因流分析
        • 基因流分析
        • 工具 | treemix
        • 工具 | OrientAGraph
        • 工具 | Dsuite
        • 工具 | DFOIL
      • 孟德尔随机化分析
        • 参考
      • QTL
        • 基础知识 | QTL 数量性状位点定位
        • QTL
      • GWAS
        • 基础知识 | 全基因组关联分析
        • 全基因组关联分析
        • 工具 | GEMMA: GWAS 分析
        • 工具 | EMMAX: GWAS 分析
        • 工具 | TASSEL: GWAS 分析
        • 工具 | GWASpoly: 多倍体 GWAS
        • 工具 | MultiGWAS: 多倍体 GWAS
        • 工具 | GAPIT: 基因组关联和预测整合工具
        • 工具 | cmplot: 可视化
        • 曼哈顿图绘制
        • qq图
      • BSA
        • 基础知识 | BSA 混池分离分析
        • BSA
        • 工具 | MutMap
        • 工具 |
    • 泛基因组
      • 泛基因组介绍
      • 构建、理解和应用泛基因组
      • 从头组装分析
        • 小功能 | 调整基因组序列名称和方向
        • 数据处理
        • 基于基因
          • 核心和非必需基因（家族）鉴定
          • 基因 PAV 分析
          • 绘图
        • 基于序列
          • 变异检测 | mummer + syri
          • PAV 检测
      • 迭代组装分析
        • 组装
          • 工具 | megahit
          • 组装 | 单独组装策略
          • 组装 | 迭代组装
          • 组装 | 类似宏基因组的组装策略
          • 组装去污染
          • 工具 | 组装评估 | QUAST
        • 重复序列注释
          • 重复序列注释
        • 编码蛋白注释
          • Untitled Document
          • 功能注释
        • 基于基因
          • 工具 | SGSGeneLoss
      • map to pan 组装分析
        • map2pan策略
      • 图组装分析
        • 基于 VCF 的泛基因组构建（一）：数据准备
        • 基于 VCF 的泛基因组构建（二）：数据比对
        • 基于 VCF 的泛基因组构建（三）：变异检测
        • 基于 VCF 的泛基因组构建（四）：变异注释
        • 基于 VCF 的泛基因组构建（五）：泛基因组构建
        • syri 结果
        • 泛基因组 | mummer + syri + vg
        • 图形泛基因组构建 | Minigraph-Cactus（一）
        • 图形泛基因组构建 | Minigraph-Cactus（二）
        • 图形泛基因组构建 | Minigraph-Cactus（三）
        • 图形泛基因组构建 | Minigraph-Cactus（四）
        • 图形泛基因组构建 | Progressive Cactus
        • Untitled Document
        • 工具 | vg
        • 工具 | minigraph
        • 工具 | Cactus
        • 工具 | pggb
        • 工具 | seqwish
        • 工具 | NovoGraph
        • 工具 | pangene
        • 工具 | panacus
        • 工具 | GENESPACE
        • 工具 | SynDiv
        • 工具 | AMPRIL
      • 转座子分析
        • 工具 | pantera
        • 工具 | GraffiTE
      • 变异检测
        • 工具 | CuteSV
        • 工具 | Smatie-sv
        • 工具 | SVMU
        • 工具 | SVIM-asm: 组装之间的 SV 检测
        • 工具 | pbsv: 基于 PacBio 测序的 SV 检测
        • 工具 | Sniffles: 基于长 reads 的 SV 变异检测
        • 工具 | Assemblytics
      • 可视化
        • 工具 | odgi
        • 工具 | gfaviz
        • 工具 | panache
        • 工具 | SequenceTube
      • 基于图泛基因组的群体分析
        • 工具 | PanPop: 根据图泛基因组进行群体变异检测
        • 工具 | pangenie: 根据图泛基因组进行变异检测
        • 工具 | vg giraffe: 映射短 reads 到图泛基因组
        • 工具 | DeepVariant
      • 泛基因组文章
        • Genome Biology | 北美野生葡萄
        • 文章搜集
        • 泛基因组文章解读
      • 其他
        • pipeline | PSVCP
        • pipeline | PGAP
    • 宏基因组
      • 基础知识
        • 基础知识 | 宏基因组
      • 物种多样性分析
        • 工具 | QIIME2
      • 宏基因组拼接与物种注释
        • 无标题
      • Meta Hi-C/Meta 3C
        • 基础知识 | 宏基因组Hi-C
    • 表观遗传
      • 基础知识
        • 基础知识 | 表观遗传学
        • 基础知识 | 新兴表观技术
        • 工具 | deepTools（一）
        • 工具 | deepTools（二）质控
        • 工具 | deepTools（三）可视化
        • 工具 | deepTools（四）其他
        • 工具 | MACS3
        • 工具 | DiffBind
        • 工具 | ChIPseeker
      • BS-seq/WGBS
        • 基础知识 | DNA甲基化
        • 分析 | 质控
        • 分析 | 差异甲基化位点识别
        • 工具 | Bismark
        • 工具 | BSMAP
        • 工具 | DNAModAnnot
        • 工具 | METEORE：ONT数据甲基化识别
        • 工具 | jasmine: 提取 HiFi 测序数据的 5mC 信息
        • 工具 | pbmm2
        • 工具 | pb-CpG-tools
        • 工具 | ccsmeth
        • 工具 |
      • ATAC-seq
        • 基础知识 | ATAC-seq
        • 分析 | ATAC-seq
        • 分析 | scATAC-seq
        • 分析 | motif分析（MEME的AME）
        • 分析 | 足迹分析（HINT-ATAC）
        • 分析 | 核小体占位分析（NucleoATAC）
      • ChIP-seq
        • 基础知识 | ChIP-seq
        • ChIP-seq 分析（一）：质控比对过滤
        • ChIP-seq 分析（二）：peak calling
        • ChIP-seq 分析（三）：Motif分析（HOMER）
        • ChIP-seq 分析（四）：Motif分析（memes）
        • 工具 | ChIPQC
        • 工具 | BETA
        • 工具 | IDR (Irreproducible Discovery Rate)
        • 工具 | Gviz: 可视化
      • CUT%26Tag
        • 基础知识 | CUT%26Tag
        • R-loop
        • 工具 | deepRloopPre
      • 三维基因组
        • 基础知识 | 三维基因组
        • 基础知识 | Capture Hi-C
        • 基础知识 | Omni-C
        • 基础知识 | 质控过滤
        • Hi-C 不同层级的空间互作分析（一） ：比对
        • Hi-C 不同层级的空间互作分析（二） ：互作矩阵构建及平衡
        • Hi-C 不同层级的空间互作分析（三） ：高级结构检测
        • 工具 | HiCExplorer（一）
        • 工具 | HiCExplorer（二）
        • 工具 | HiCExplorer（三）
        • 工具 | HiCExplorer（四）
        • 工具 | HiCExperiment
        • 工具 | HiContacts
        • 工具 | HiCRep
        • 工具 | HiCUP
        • 工具 | cooler
        • 工具 | CALDER
        • 工具 | CHiCAGO
        • 工具 | pairtools
        • 工具 | Fan-C
        • 工具 |
        • 工具 |
        • 工具 | Mustache
        • 工具 | pyGenomeTracks
        • 工具 | HiGlass
      • ChIA-PET
        • 基础知识 | ChIA-PET
      • Dap-seq
        • 基础知识 | Dap-seq
      • RIP-seq
        • 基础知识 | RIP-seq
      • MeRIP-seq
        • 基础知识 | RNA 甲基化
    • workshop
      • OHCA: Orchestrating Hi-C analysis with Bioconductor
        • （一）
        • 2
        • 1
      • OSCA: Orchestrating Single-Cell Analysis with Bioconductor
        • OSCA（一）
        • OSCA（二）
        • 1
      • OSTA: Orchestrating Spatially-Resolved Transcriptomics Analysis with Bioconductor
        • OSTA（一）
        • OSTA（二）
        • 2
        • 1
      • scRNASeq 数据分析流程
        • （一）
        • （二）
        • （三）
        • （四）
        • （五）
        • （六）
      • 使用 mlr3 进行机器学习
        • 使用 mlr3 进行机器学习（一）介绍
        • 使用 mlr3 进行机器学习（二）数据和基础建模
        • 使用 mlr3 进行机器学习（三）评估和基准
        • 使用 mlr3 进行机器学习（四）超参数优化
        • 使用 mlr3 进行机器学习（五）高级调优方法和黑匣子优化
        • 使用 mlr3 进行机器学习（六）特征选择
        • 使用 mlr3 进行机器学习（七）
        • 6
        • 7
        • 8
      • nf-core
        • 工具 | nf-core: Nextflow 分析流程
        • 工具 | nf-core/rnaseq
        • 工具 | nf-core/chipseq
        • 工具 | nf-core/pangenome
      • 数量遗传学 workshop
        • 1. 介绍R在popgen分析中的作用
        • 2. 均值、基因型值和育种值
        • 通过亲子回归计算遗传力
      • 测试
        • 测试 | 基因组评估
    • ------数据传输------
      • sftp
    • ------地理信息------
      • 工具 | expowo
      • 工具 | GeoNames
    • ----------------------
      • CYVERSE
      • ParaFly：命令并行
    暂无相关搜索结果！

      让时间为你证明

      展开/收起文章目录

      分享，让知识传承更久远

      文章二维码

      手机扫一扫，轻松掌上读

      文档下载

      请下载您需要的格式的文档，随时随地，享受汲取知识的乐趣！
      PDF文档 EPUB文档 MOBI文档

      书签列表

        阅读记录

        阅读进度: 0.00% ( 0/0 ) 重置阅读进度
          思维导图备注