Cellranger 比对到参考基因组
HDF5
https://nbisweden.github.io/workshop-scRNAseq/
https://www.sc-best-practices.org/preamble.html
单细胞转录组
传统植物转录组学研究通常是将植物整个器官或组织均质化后测序，因此每个细胞对转录丰度的共线无法计算和评估。
这种方法虽然有助于在器官或组织水平上解决许多生物学问题，但是无法了解发生在罕见细胞类型或单个细胞中的转录过程，也无法了解同一器官或组织单个细胞之间基因表达的差异。
分析流程
获取表达矩阵
质控
过滤细胞
标准化
聚类降维
差异分析
拟时分析
富集分析
表达矩阵
细胞质控
标准化
聚类降维
差异表达
类型注释
拟时序分析
参考
公众号 | 单细胞天地 | 单细胞分析工具—MAST差异基因分析
单细胞基因组
单细胞基因组学分析的前提是获得单个细胞中高覆盖度的完整基因组后，进行DNA高通量测序，通过生物信息学分析获得细胞中的遗传变异信息，进一步用于揭示细胞群体差异和细胞进化关系。
空间转录组
参考
公众号 | 基迪奥生物 | 【单细胞农学专题】非模式植物的细胞分化发育研究大盘点
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