组学分析
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使用 mlr3 进行机器学习（四）超参数优化
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2025-01-08 09:12:47
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NCBI
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NCBI | SRA
NCBI | NR
NCBI | GenBank
NCBI | nt
NCBI | Taxonomy
工具 | SRA Tools
EMBL/EBI
EMBL/EBI
Ensembl Plants
UniProtKB/Swiss-Prot
UniProtKB/TrEMBL
InterPro
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COG、KOG
ExPASy
ExPASy
ExPASy | STRING
CNCB: 国家生物信息中心
CNCB | NGDC: 国家基因组科学数据中心
UCSC
UCSC
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数据库 | 基因组
整理基因组数据（一）
JGI | Phytozome
PLAZA
TAIR
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数据库 | 重复序列
数据库 | Repbase
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数据库 | REXdb: 植物 LTR 分类数据库
数据库 | GyDB
181 个植物LTR 逆转座子数据库
459个植物转座子注释数据库
Current Biology | Primer | 转座子
数据库 | ncRNA
数据库 | ncPlantDB
数据库 | 其他
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TCGA
GTEx
mimic iv
seer
ukbiobank
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Project | Earth BioGenome Project (EBP)
Project | Earth BioGenome Project (EBP) II
Project | 1001 Genomes Project
Project | ENCODE
Project | RoadMap Epigenomics
Project | 4DN
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Institute | SciLifeLab
Institute | JGI
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Topic | AI 4 Science
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一代测序技术：Sanger
二代测序技术（一）：开篇
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二代测序技术（三）：BGI/MGI
二代测序技术（四）：Thermo Fisher/Life Technologies/Ion Torrent
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三代测序技术（二）：ONT
测序原理 | Hi-C
测序原理 | 单细胞测序（10X Genomics）
测序原理 | 转录组
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测序原理 | ssDRIP-seq
建库测序 | 不明白的地方
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------通用工具------
通用工具 | 环境搭建
工具 | conda
工具 | mamba
工具 | Docker
工具 | Singularity (Apptainer)
工具 | Nextflow
工具 | VScode：编程环境配置
通用工具 | 质控
工具 | fastp
工具 | FastQC
工具 | Trimmomatic
工具 | UMI-tools
工具 | SortMeRNA
工具 | RSeQC: RNA-seq 质控包
工具 | dupRadar: RNA-seq 重复率评估
工具 | Preseq
质控结果解读
通用工具 | 比对
基础知识 | 序列联配（比对）
工具 | BLAST/BLAST+（一）
工具 | BLAST/BLAST+（二）
工具 | BLAT
工具 | DIAMOND
工具 | MMSeq2
工具 | hmmer
工具 | minimap2
工具 | unimap
工具 | winnowmap
工具 | mummer
工具 | chromap
工具 | mafft: 多序列比对
工具 | muscle: 多序列比对
工具 | ggmsa: 多序列比对的可视化
工具 | gmap
工具 | bwa
算法
工具 | Bowtie2
工具 | AnchorWave
工具 | wfmash
工具 | HISAT2
工具 | STAR
工具 | HISAT-3N
工具 | CD-HIT
工具 | 基于 k-mer | Mash
工具 | 转录比对（过时）
TopHat2 + Bowtie2
Cufflinks
HTSeq
RSEM
Ballgown
通用工具 | 建树
基础知识
工具 | iqtree
工具 | fasttree
工具 | RAxML
工具 | Phylip
工具 | PhyML
工具 | syntenet: 共线性信息建网络、建树！
通用工具 | 网络可视化
Cytoscape
Gephi
通用工具 | TBtools
TBtools
基因结构可视化
通用工具 | circos图
circos.conf
ideogram.conf
line.conf
links.conf
颜色设置
通用工具 | 基因组结构浏览器
IGV
JBrowser
Apollo
通用工具 | 流程图绘制
工具 | 流程图、示意图
------文件处理------
文件处理：fa/fq/gfa
工具 | gfaestus
格式介绍 | fastq
格式介绍 | gfa
工具 | seqkit
工具 | seqtk
工具 | gfatools
工具 | assembly-stats
文件处理：gff/gtf/Ensembl
格式介绍 | gff
工具 | gffread
工具 | gffio
工具 | gffutils
工具 | gtftk
工具 | gtfToGenePred
工具 | Rgff
工具 | AGAT
文件处理：bed/Pred
格式介绍
工具 | bedtools
工具 | bedops
工具 | bedtk
文件处理：bam/sam
格式介绍 | sam
格式介绍 | bam
格式介绍 | pileup
工具 | samtools
工具 | samblaster
工具 | sambamba
工具 | bamtools
工具 | picard
工具 | bam2fastx
工具 | lima
工具 | tabix
unmapped reads是什么？
提取unmapped reads
文件处理：paf/maf
格式介绍 | PAF
格式介绍 | MAF
工具 | pafr
工具 | paftools.js
工具 | dotPlotly
工具 | paf2dotplot
工具 | seqwish
文件处理：agp
格式介绍：agp
工具 | agptools
文件处理：vcf/bcf/gvcf
格式介绍
工具 | BCFtools
工具 | VCFtools
文件处理：wig/bigwig
格式介绍
工具 |
文件处理：newick
格式介绍
工具 | newick_utilities
工具 | ggtree
iTOL + itol.toolkit: 进化树美化修饰
进化树 + 基因结构图
文件处理：tsv/csv
工具 | bioawk
工具 | csvtk
文件处理：pdf
Linux 下操作 PDF 文件
格式介绍 | json
格式介绍 | yaml
待分类
工具 | bitacora
工具 | CAAStools： 趋同进化分析
工具 | WGCCRR: 趋同进化分析
小功能 | 从 GFF 文件提取 ID/Name 对应关系
基因组
基础知识
文章
基因组拼接项目流程
组装
Survey
基础知识
工具 | Jellyfish: K-mer 计数
工具 | Meryl: K-mer 计数
工具 | KMC: K-mer 计数
工具 | Kmerfreq: K-mer 计数
工具 | GCE: K-mer 计数及基因组 survey
工具 | KAT: K-mer 分析工具包
工具 | yak
工具 | findGSE: 基因组大小预测
工具 | GenomeScope: 基因组大小预测
工具 | Smudgeplot
工具 | KmerGenie
质控
二代质控
三代质控
组装
工具 | 3 | 2021 | Hifiasm
工具 | 3 | 2019 | Flye + HapDup
工具 | racon
工具 | GALA
工具 | Verkko
工具 | 3 | 2017 | Canu
工具 | 3 | NextDenovo
工具 | 3 | FALCON
工具 | 3 | HGAP4
工具 | 3 | 2019 | wtdbg2
工具 | 3 | 2019 | Platanus-allee
工具 | 2 | 2012 | SOAPdenovo2
工具 | 2+3 | SPAdes
工具 | 2+3 | 2016 | DBG2OLG
工具 | 2+3 | 2024 | Hypo
Hi-C 挂载
工具 | Juicer
工具 | 3D-DNA
工具 | Juicebox
工具 | RagTag
工具 | ALLHiC: 解决植物多倍体组装问题
工具 | HapHiC（一）
工具 | HapHiC（二）：在 hifiasm 组装之后进行挂载
工具 | HiC-Pro
gapfilling
工具 | 3 | TGS-GapCloser
工具 | quarTeT::GapFiller
工具 | LR_Gapcloser
工具 | SSPACE
工具 | GapFiller
工具 | GapCloser
工具 | quickmerge
工具 | RegCloser（2 代补洞）
工具 | 3 | ARROW
工具 | 3 | FinisherSC
polishing
工具 | 2 | pilon
工具 | NextPolish
工具 | NextPolish2
工具 | T2T-Polish
去冗余/去污染
工具 | Purge_dups
工具 | purge_haplotigs
工具 | redundans
工具 | FCS-GX
搜索 nt 数据库
评估
基础知识 | 基因组组装质量评估
基础知识 | 一篇重要的观点文章
评估 | coverage or depth?
评估 | 比对率/覆盖度/深度（一）
评估 | 比对率/覆盖度/深度（二）二代 WGS
评估 | 比对率/覆盖度/深度（三）三代 WGS
评估 | 比对率/覆盖度/深度（四）RNA-seq
评估 | 单碱基错误率、杂合率
评估 | GC 偏好性（GC-Depth）
评估 | Hi-C 图谱
工具 | assembly-stats: 获取基因组长度、序列数量信息
工具 | LAI
工具 | GCI
工具 | CRAQ
工具 | PanDepth
工具 | BUSCO
工具 | compleasm
工具 | Merqury
工具 | CRAQ
工具 | AssemblyQC
工具 | BAMStats
工具 | Inspector
工具 | QUAST
工具 | QualiMap2
工具 | bamdst
工具 | mosdepth
工具 | GenomeQC
重复序列注释
基础知识
重复序列
转座子的发现
转座子 | 转座酶
转座子 | 结构特征（LTR-RT）
转座子 | 转座原理（LTR-RT）
转座子 | 分类层级（Wicker）
转座子 | 分类层级（）
转座子 | 分布模式
转座子 | 功能效应
转座子 |
转座子进化
LTR 插入时间估计
LTR 清除速率
LTR 家族树构建
转座子表达
工具 | TE表达 | SalmonTE
工具 | TE表达 | TEspeX
工具 | TE表达 | TEtranscripts
工具 | TE表达 | Telescope
工具 | RepeatModeler: 从头识别转座子
工具 | RepeatMasker: 基于数据库鉴定转座子
工具 | RECON: 从头识别转座子
工具 | RepeatScout: 从头识别转座子
工具 | LTR_Finder: 全长 LTR 检测
工具 | LTR_FINDER_parallel
工具 | LTRharvest: 从头识别 LTR 转座子
工具 | LTRdigest
工具 | LTR_retriever: 从头识别 LTR
工具 | EDTA: 转座子注释流程
工具 | EarlGrey: 转座子注释流程
工具 | TEsorter: 转座子分类
工具 | DeepTE: 转座子注释
工具 | barrnap
工具 | HelitronScanner
工具 | EAHelitron
工具 | HelitronFinder
工具 | TRF: 串联重复序列鉴定
工具 | MISA: SSR 分析
工具 | GenomeTools: 多功能开源基因组分析软件
特征序列识别
特征序列
工具 | quarTeT（一）：有参组装
工具 | quarTeT（二）：基因组 gap filling
工具 | quarTeT（三）：端粒识别
工具 | quarTeT（四）：着丝粒预测
工具 | CentIER
工具 | NLR-Annotator
基因结构注释
基础知识
基因结构注释
Comparative Genome Annotation
pipeline | BRAKER3
pipeline | MAKER
pipeline | Finder
工具 | SynGAP
工具 | PASA
工具 | AUGUSTUS (ab initio)
工具 | SNAP (ab initio)
工具 | GeneWise (homology)
工具 | Exonerate (homology)
工具 | GenomeThreader (homology)
工具 | GeneMark
工具 | EVM
工具 | WebApollo (manual)
工具 | GSAman
工具 | liftXXX
工具 | 评估 | BUSCO
工具 | 评估 | OMArK
可变剪接
基因功能注释
基础知识
DIAMOND/BLAST: 序列相似性
工具 | eggnog-mapper
工具 | InterProScan: 功能域相似性
工具 | GFAP
功能分类
数据库 | GO
数据库 | Dfam
基因组分型
工具 | homologizer
工具 | SubPhaser
工具 | SSM
蛋白质结构预测（可选）
基础知识
工具 | AlphaFold2
非蛋白编码基因注释
工具 | Plant-LncPipe: 鉴定植物 lncRNA
工具 | tRNAScan-SE
工具 | RNAmmer
工具 | barrnap
工具 | Rfam: 鉴定 ncRNA
假基因
特征统计
小功能 | 计算基因组 GC 含量分布
小功能 | 计算基因组 gene 含量分布
计算基因、GC、转座子密度
统计序列中gap位置和大小
脚本 | Shell | 批量从*.gff 提取基因和转录本的对应关系
脚本 | Shell | 提取每个转录本exon坐标
脚本 | Shell | 提取每个转录本的intron坐标
细胞器基因组
基础知识
叶绿体、线粒体介绍
组装注释困境
组装
工具 | Circoletto
工具 | PMAT
工具 | GetOrganelle
工具 | SMARTDENOVO
工具 | GSAT（线粒体）
工具 | TIPP_plastid
工具 | bandage: 组装结果可视化
注释
工具 | CPGAVAS2（叶绿体）
工具 | GeSeq（细胞器）
工具 | PGA（叶绿体）
工具 | OGAP（细胞器）
工具 | DOGMA（细胞器）不能用了？
工具 | MITOS（动物线粒体）
注释调整修正
基因组结构可视化
工具 | CPGView
工具 | OGDraw
特征统计
重复序列
无标题
比较分析
共线性
系统发育
Ka/Ks计算
基因家族
基础知识
什么是基因家族？
鉴定
工具 | bitacora
同源预测
结构域预测
合并鉴定结果
代谢途径
KEGG
PlantCyc
MapMan
进化树构建
多序列比对
进化树构建
结构域分析
预测: MEME SUITE
绘图
共线性分析
工具 | MCScanX
circos 图绘制
染色体结构、基因结构图
基因簇/代谢簇
工具 | plantiSMASH
工具 | GALEON
工具 | PlantClusterFinder
基因表达分析
基因表达量热图
无标题
转录因子家族 | 认知
研究套路
启动子分析
转录因子家族 | 鉴定
工具 | PlantTFDB
工具 | planttfhunter: 基于PlantTFDB
工具 | PlantCARE
工具 | iTAK
工具 | PlnTFDB (近几年未更新)
转录因子家族 | 顺式作用元件预测
预测
绘图
比较基因组
基础知识
基础知识
同源鉴定
工具 | OrthoFinder
OrthoFinder 运行
OrthoFinder 结果
工具 | SonicParanoid2
工具 | OrthoSNAP
工具 | PhyloMCL
工具 | Dense Homolog Retriever (DHR)
工具 | Genome Context Viewer
物种树构建
基础知识
.fa 转化为 .phy
建树
脚本 | Python | 提取第[12]个或第3个密码子建树
共线性分析
核型进化分析
共线性分析
工具 | MCScanX
工具 | JCVI
工具 | jcvi
工具 | jcvi.algorithms
工具 | jcvi.apps
工具 | jcvi.formats
工具 | jcvi.graphics
工具 | jcvi.utils
工具 | jcvi.assembly
工具 | jcvi.annotation
工具 | jcvi.compara
工具 | DupGen_finder
工具 | doubletrouble
工具 | 可视化 | D-Genies
WGD 分析
工具 | WGDI
kaks 计算
circos 图绘制
选择压力分析
工具 | PAML
分歧时间估计
工具 | MCMCtree
工具 | MCMCtreeR: MCMCtree 的文件准备和结果可视化
基因家族扩张收缩
工具 | CAFE
转录组
转录组分析
工具 | TOmicsVis
基础知识
工具 | tidybulk: 转录组分析
工具 | FLOP
数据整理
数据整理
质控
工具 | RNAseqQC
比对
工具 | Hisat2
工具 | STAR
拼接 （可选）
软件 | StringTie
软件 | gffcompare
定量
定量策略选择
工具 | featureCounts
工具 | Salmon
工具 | NORMSEQ
工具 | RSEM
1
TPM矩阵（counts 2 TPM）
脚本 | R | 转录组 counts 2 tpm
脚本 | R | 每个基因在不同处理下表达量的相关系数
脚本 | Shell | awk求基因表达平均值
样本重复性鉴定
相关性分析
聚类
PCA
差异表达分析
工具 | DESeq2
工具 | pathlinkR
火山图绘制
聚类、趋势分析
Mfuzz
共表达网络分析
网络
WGCNA | 准备
WGCNA | 软阈值确定
WGCNA | 模块划分
WGCNA | 相关性
WGCNA | 结果导出
工具 | magrene
工具 | BioNERO
工具 | GENIE3
富集分析
GO | clusterProfiler::enricher()
GO | enrichplot
GO | 语义去冗余
GO | aPEAR
GO | 其他富集分析方法
GO | ggplot() 绘图
KEGG | clusterProfiler::enricher()
KEGG | enrichKEGG()
无参转录组
de novo 组装
全长转录组
Nature Methods 2024 | 系统评估用于转录鉴定和定量的长读长 RNA-seq
ONT
ONT 转录组分析
工具 | Nanoq: ONT reads 的质控
工具 | Dorado: ONT reads basecaller
工具 | IsoQuant: 长 RNA reads 转录本重构和定量
工具 | f5c: ONT 原始数据信号处理
工具 | Nanopolish
工具 | XPore: ONT RNA 差异甲基化分析
PacBio
Iso-Seq 分析
工具 | SQANTI3: 全长转录组 isoforms 鉴定
工具 | TAMA: 转录组注释
可变剪接
可变剪接
工具 | Transdecoder: 预测蛋白编码区
工具 | RNAsamba: 蛋白编码能力预测
工具 | EGIO
工具 | FLAIR
工具 | rMATs
融合基因
无标题
单细胞
基础知识
基础知识 | 单细胞测序
单细胞转录组
工具 | Seurat
工具 | scanpy
空间转录组
分析
单细胞基因组
无标题
scATAC-Seq
ArchR
非编码
参考
ceRNA机制
工具 | draw_rna
工具 | CircleCompare
miRNA
基础知识 | miRNA
鉴定
软件 | miWords: 植物基因组pre-miRNA区域鉴定
软件 | miRDeep2
表达定量
无标题
靶基因预测
miRNA靶基因预测
富集分析
miRNA直接富集分析
网络分析
无标题
siRNA
基础知识 | siRNA
鉴定
ta-siRNA 识别 | 基于读序相位信号
ta-siRNA 识别 | 基于相位读序分布的统计测验
表达定量
无标题
靶基因预测
靶基因预测
lncRNA
基础知识 | lncRNA
鉴定
lncRNA | 鉴定
lncRNA | 全长转录组鉴定
工具 | CPC2: 编码能力预测
工具 | PLEK: 编码能力预测
工具 | CNCI: 编码能力预测
工具 | FEELnc
编码能力预测 | 基于序列相似性
表达定量
表达定量 | 常规分析
表达定量 | 特征统计
功能预测
ceRNA机制
数据库
circRNA
circRNA
鉴定
无标题
功能
无标题
翻译组
基础知识 | Ribo-seq
蛋白组
基础知识
基础知识 | 蛋白质组学
基础知识 | 实验过程
基础知识 | 分析过程
定性定量
分析 | 定性定量（MaxQuant）
分析 | 表达量统计
分析 | 差异表达
分析 | 功能富集
工具 | R | massprocesser
其他
数据公开
代谢组
基础知识
基础知识 | 植物代谢
基础知识 | 代谢组学检测技术手段
基础知识 | 代谢组学常用数据库
新分组
植物代谢组学数据处理及分析
表型组
基础知识
重测序
基础知识
文章
基因组重测序数据分析
自然群体 vs 作物群体
二代数据变异检测
二代数据变异检测
工具 | GATK: SNP/InDel检测
工具 | bcftools: SNP/InDel检测
工具 | lumpy: SV检测
工具 | CNVator: CNV检测
三代数据变异检测
三代数据变异检测
工具 | SURVIVOR
工具 | VolcanoSV: SV 检测
转录数据变异检测
转录组数据变异检测
组装数据变异检测
工具 | SyRI
mummer + syri
minimap2 + syri
变异注释
工具 | annovar: 变异注释
工具 | snpEff: 变异注释
工具 | VEP: 变异注释
群体结构分析
基础知识 | 群体遗传多态性
基础知识 | 群体遗传结构
群体结构分析
工具 | structure: 群体结构分析
工具 | pophelper: 群体结构可视化
工具 | popLDdecay: LD 衰减分析
工具 | LDheatmap
工具 | LDBlockShow
群体选择分析
基础知识 | 群体选择信号
群体选择分析
种群历史推断
基础知识 | 种群历史动态
种群历史推断
工具 | PSMC: 历史有效群体大小推断
工具 |
工具 | SMC++: 历史有效群体大小推断
工具 | TreeMix: 基因交流分析
工具 | Beta-PSMC
基因流分析
基因流分析
工具 | treemix
工具 | OrientAGraph
工具 | Dsuite
工具 | DFOIL
孟德尔随机化分析
参考
QTL
基础知识 | QTL 数量性状位点定位
QTL
GWAS
基础知识 | 全基因组关联分析
全基因组关联分析
工具 | GEMMA: GWAS 分析
工具 | EMMAX: GWAS 分析
工具 | TASSEL: GWAS 分析
工具 | GWASpoly: 多倍体 GWAS
工具 | MultiGWAS: 多倍体 GWAS
工具 | GAPIT: 基因组关联和预测整合工具
工具 | cmplot: 可视化
曼哈顿图绘制
qq图
BSA
基础知识 | BSA 混池分离分析
BSA
工具 | MutMap
工具 |
泛基因组
泛基因组介绍
构建、理解和应用泛基因组
从头组装分析
小功能 | 调整基因组序列名称和方向
数据处理
基于基因
核心和非必需基因（家族）鉴定
基因 PAV 分析
绘图
基于序列
变异检测 | mummer + syri
PAV 检测
迭代组装分析
组装
工具 | megahit
组装 | 单独组装策略
组装 | 迭代组装
组装 | 类似宏基因组的组装策略
组装去污染
工具 | 组装评估 | QUAST
重复序列注释
重复序列注释
编码蛋白注释
Untitled Document
功能注释
基于基因
工具 | SGSGeneLoss
map to pan 组装分析
map2pan策略
图组装分析
基于 VCF 的泛基因组构建（一）：数据准备
基于 VCF 的泛基因组构建（二）：数据比对
基于 VCF 的泛基因组构建（三）：变异检测
基于 VCF 的泛基因组构建（四）：变异注释
基于 VCF 的泛基因组构建（五）：泛基因组构建
syri 结果
泛基因组 | mummer + syri + vg
图形泛基因组构建 | Minigraph-Cactus（一）
图形泛基因组构建 | Minigraph-Cactus（二）
图形泛基因组构建 | Minigraph-Cactus（三）
图形泛基因组构建 | Minigraph-Cactus（四）
图形泛基因组构建 | Progressive Cactus
Untitled Document
工具 | vg
工具 | minigraph
工具 | Cactus
工具 | pggb
工具 | seqwish
工具 | NovoGraph
工具 | pangene
工具 | panacus
工具 | GENESPACE
工具 | SynDiv
工具 | AMPRIL
转座子分析
工具 | pantera
工具 | GraffiTE
变异检测
工具 | CuteSV
工具 | Smatie-sv
工具 | SVMU
工具 | SVIM-asm: 组装之间的 SV 检测
工具 | pbsv: 基于 PacBio 测序的 SV 检测
工具 | Sniffles: 基于长 reads 的 SV 变异检测
工具 | Assemblytics
可视化
工具 | odgi
工具 | gfaviz
工具 | panache
工具 | SequenceTube
基于图泛基因组的群体分析
工具 | PanPop: 根据图泛基因组进行群体变异检测
工具 | pangenie: 根据图泛基因组进行变异检测
工具 | vg giraffe: 映射短 reads 到图泛基因组
工具 | DeepVariant
泛基因组文章
Genome Biology | 北美野生葡萄
文章搜集
泛基因组文章解读
其他
pipeline | PSVCP
pipeline | PGAP
宏基因组
基础知识
基础知识 | 宏基因组
物种多样性分析
工具 | QIIME2
宏基因组拼接与物种注释
无标题
Meta Hi-C/Meta 3C
基础知识 | 宏基因组Hi-C
表观遗传
基础知识
基础知识 | 表观遗传学
基础知识 | 新兴表观技术
工具 | deepTools（一）
工具 | deepTools（二）质控
工具 | deepTools（三）可视化
工具 | deepTools（四）其他
工具 | MACS3
工具 | DiffBind
工具 | ChIPseeker
BS-seq/WGBS
基础知识 | DNA甲基化
分析 | 质控
分析 | 差异甲基化位点识别
工具 | Bismark
工具 | BSMAP
工具 | DNAModAnnot
工具 | METEORE：ONT数据甲基化识别
工具 | jasmine: 提取 HiFi 测序数据的 5mC 信息
工具 | pbmm2
工具 | pb-CpG-tools
工具 | ccsmeth
工具 |
ATAC-seq
基础知识 | ATAC-seq
分析 | ATAC-seq
分析 | scATAC-seq
分析 | motif分析（MEME的AME）
分析 | 足迹分析（HINT-ATAC）
分析 | 核小体占位分析（NucleoATAC）
ChIP-seq
基础知识 | ChIP-seq
ChIP-seq 分析（一）：质控比对过滤
ChIP-seq 分析（二）：peak calling
ChIP-seq 分析（三）：Motif分析（HOMER）
ChIP-seq 分析（四）：Motif分析（memes）
工具 | ChIPQC
工具 | BETA
工具 | IDR (Irreproducible Discovery Rate)
工具 | Gviz: 可视化
CUT%26Tag
基础知识 | CUT%26Tag
R-loop
工具 | deepRloopPre
三维基因组
基础知识 | 三维基因组
基础知识 | Capture Hi-C
基础知识 | Omni-C
基础知识 | 质控过滤
Hi-C 不同层级的空间互作分析（一） ：比对
Hi-C 不同层级的空间互作分析（二） ：互作矩阵构建及平衡
Hi-C 不同层级的空间互作分析（三） ：高级结构检测
工具 | HiCExplorer（一）
工具 | HiCExplorer（二）
工具 | HiCExplorer（三）
工具 | HiCExplorer（四）
工具 | HiCExperiment
工具 | HiContacts
工具 | HiCRep
工具 | HiCUP
工具 | cooler
工具 | CALDER
工具 | CHiCAGO
工具 | pairtools
工具 | Fan-C
工具 |
工具 |
工具 | Mustache
工具 | pyGenomeTracks
工具 | HiGlass
ChIA-PET
基础知识 | ChIA-PET
Dap-seq
基础知识 | Dap-seq
RIP-seq
基础知识 | RIP-seq
MeRIP-seq
基础知识 | RNA 甲基化
workshop
OHCA: Orchestrating Hi-C analysis with Bioconductor
（一）
2
1
OSCA: Orchestrating Single-Cell Analysis with Bioconductor
OSCA（一）
OSCA（二）
1
OSTA: Orchestrating Spatially-Resolved Transcriptomics Analysis with Bioconductor
OSTA（一）
OSTA（二）
2
1
scRNASeq 数据分析流程
（一）
（二）
（三）
（四）
（五）
（六）
使用 mlr3 进行机器学习
使用 mlr3 进行机器学习（一）介绍
使用 mlr3 进行机器学习（二）数据和基础建模
使用 mlr3 进行机器学习（三）评估和基准
使用 mlr3 进行机器学习（四）超参数优化
使用 mlr3 进行机器学习（五）高级调优方法和黑匣子优化
使用 mlr3 进行机器学习（六）特征选择
使用 mlr3 进行机器学习（七）
6
7
8
nf-core
工具 | nf-core: Nextflow 分析流程
工具 | nf-core/rnaseq
工具 | nf-core/chipseq
工具 | nf-core/pangenome
数量遗传学 workshop
1. 介绍R在popgen分析中的作用
2. 均值、基因型值和育种值
通过亲子回归计算遗传力
测试
测试 | 基因组评估
------数据传输------
sftp
------地理信息------
工具 | expowo
工具 | GeoNames
----------------------
CYVERSE
ParaFly：命令并行
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