组学分析

白天 夜间 首页 下载 阅读记录
  我的书签   添加书签   移除书签

BS-seq/WGBS

浏览 16 扫码 分享 2025-01-07 09:00:35
  • 基础知识 | DNA甲基化
  • 分析 | 质控
  • 分析 | 差异甲基化位点识别
  • 工具 | Bismark
  • 工具 | BSMAP
  • 工具 | DNAModAnnot
  • 工具 | METEORE：ONT数据甲基化识别
  • 工具 | jasmine: 提取 HiFi 测序数据的 5mC 信息
  • 工具 | pbmm2
  • 工具 | pb-CpG-tools
  • 工具 | ccsmeth
  • 工具 |

若有收获，就点个赞吧

0 人点赞

上一篇:
下一篇:
  • 书签
  • 添加书签 移除书签
  • 参考资料
    • 重要门户网站
      • NCBI
        • NCBI
        • NCBI | Entrez
        • NCBI | SRA
        • NCBI | NR
        • NCBI | GenBank
        • NCBI | nt
        • NCBI | Taxonomy
        • 工具 | SRA Tools
      • EMBL/EBI
        • EMBL/EBI
        • Ensembl Plants
        • UniProtKB/Swiss-Prot
        • UniProtKB/TrEMBL
        • InterPro
        • InterPro/Pfam
        • COG、KOG
      • ExPASy
        • ExPASy
        • ExPASy | STRING
      • CNCB: 国家生物信息中心
        • CNCB | NGDC: 国家基因组科学数据中心
      • UCSC
        • UCSC
        • Xena
        • 工具 | PHAST
    • 数据库 | 基因组
      • 整理基因组数据（一）
      • JGI | Phytozome
      • PLAZA
      • TAIR
      • maizeGDB
    • 数据库 | 重复序列
      • 数据库 | Repbase
      • 数据库 | Dfam
      • 数据库 | REXdb: 植物 LTR 分类数据库
      • 数据库 | GyDB
      • 181 个植物LTR 逆转座子数据库
      • 459个植物转座子注释数据库
      • Current Biology | Primer | 转座子
    • 数据库 | ncRNA
      • 数据库 | ncPlantDB
    • 数据库 | 其他
      • Galaxy
      • TCGA
      • GTEx
      • mimic iv
      • seer
      • ukbiobank
    • Project
      • Project | Earth BioGenome Project (EBP)
      • Project | Earth BioGenome Project (EBP) II
      • Project | 1001 Genomes Project
      • Project | ENCODE
      • Project | RoadMap Epigenomics
      • Project | 4DN
      • Project | 1KP
    • Institute
      • Institute | SciLifeLab
      • Institute | JGI
      • Institute | Institut Curie: 法国居里研究中心
    • Topic
      • Topic | AI 4 Science
    • 一些博客/论坛
      • 国内
      • 国外
  • ------测序原理------
    • 遗传标记
    • 生物芯片
    • 一代测序技术：Sanger
    • 二代测序技术（一）：开篇
    • 二代测序技术（二）：Illumina
    • 二代测序技术（三）：BGI/MGI
    • 二代测序技术（四）：Thermo Fisher/Life Technologies/Ion Torrent
    • 二代测序技术（五）：讨论
    • 三代测序技术（一）：PacBio
    • 三代测序技术（二）：ONT
    • 测序原理 | Hi-C
    • 测序原理 | 单细胞测序（10X Genomics）
    • 测序原理 | 转录组
    • 测序原理 | 非编码RNA
    • 测序原理 | RenSeq
    • 测序原理 | CrY2H-seq
    • 测序原理 | ssDRIP-seq
    • 建库测序 | 不明白的地方
    • 工具 | ccs
    • 工具 |
    • 一些图表
  • ------通用工具------
    • 通用工具 | 环境搭建
      • 工具 | conda
      • 工具 | mamba
      • 工具 | Docker
      • 工具 | Singularity (Apptainer)
      • 工具 | Nextflow
      • 工具 | VScode：编程环境配置
    • 通用工具 | 质控
      • 工具 | fastp
      • 工具 | FastQC
      • 工具 | Trimmomatic
      • 工具 | UMI-tools
      • 工具 | SortMeRNA
      • 工具 | RSeQC: RNA-seq 质控包
      • 工具 | dupRadar: RNA-seq 重复率评估
      • 工具 | Preseq
      • 质控结果解读
    • 通用工具 | 比对
      • 基础知识 | 序列联配（比对）
      • 工具 | BLAST/BLAST+（一）
      • 工具 | BLAST/BLAST+（二）
      • 工具 | BLAT
      • 工具 | DIAMOND
      • 工具 | MMSeq2
      • 工具 | hmmer
      • 工具 | minimap2
      • 工具 | unimap
      • 工具 | winnowmap
      • 工具 | mummer
      • 工具 | chromap
      • 工具 | mafft: 多序列比对
      • 工具 | muscle: 多序列比对
      • 工具 | ggmsa: 多序列比对的可视化
      • 工具 | gmap
      • 工具 | bwa
        • 算法
      • 工具 | Bowtie2
      • 工具 | AnchorWave
      • 工具 | wfmash
      • 工具 | HISAT2
      • 工具 | STAR
      • 工具 | HISAT-3N
      • 工具 | CD-HIT
      • 工具 | 基于 k-mer | Mash
      • 工具 | 转录比对（过时）
        • TopHat2 + Bowtie2
        • Cufflinks
        • HTSeq
        • RSEM
        • Ballgown
    • 通用工具 | 建树
      • 基础知识
      • 工具 | iqtree
      • 工具 | fasttree
      • 工具 | RAxML
      • 工具 | Phylip
      • 工具 | PhyML
      • 工具 | syntenet: 共线性信息建网络、建树！
    • 通用工具 | 网络可视化
      • Cytoscape
      • Gephi
    • 通用工具 | TBtools
      • TBtools
      • 基因结构可视化
    • 通用工具 | circos图
      • circos.conf
      • ideogram.conf
      • line.conf
      • links.conf
      • 颜色设置
    • 通用工具 | 基因组结构浏览器
      • IGV
      • JBrowser
      • Apollo
    • 通用工具 | 流程图绘制
      • 工具 | 流程图、示意图
  • ------文件处理------
    • 文件处理：fa/fq/gfa
      • 工具 | gfaestus
      • 格式介绍 | fastq
      • 格式介绍 | gfa
      • 工具 | seqkit
      • 工具 | seqtk
      • 工具 | gfatools
      • 工具 | assembly-stats
    • 文件处理：gff/gtf/Ensembl
      • 格式介绍 | gff
      • 工具 | gffread
      • 工具 | gffio
      • 工具 | gffutils
      • 工具 | gtftk
      • 工具 | gtfToGenePred
      • 工具 | Rgff
      • 工具 | AGAT
    • 文件处理：bed/Pred
      • 格式介绍
      • 工具 | bedtools
      • 工具 | bedops
      • 工具 | bedtk
    • 文件处理：bam/sam
      • 格式介绍 | sam
      • 格式介绍 | bam
      • 格式介绍 | pileup
      • 工具 | samtools
      • 工具 | samblaster
      • 工具 | sambamba
      • 工具 | bamtools
      • 工具 | picard
      • 工具 | bam2fastx
      • 工具 | lima
      • 工具 | tabix
      • unmapped reads是什么？
      • 提取unmapped reads
    • 文件处理：paf/maf
      • 格式介绍 | PAF
      • 格式介绍 | MAF
      • 工具 | pafr
      • 工具 | paftools.js
      • 工具 | dotPlotly
      • 工具 | paf2dotplot
      • 工具 | seqwish
    • 文件处理：agp
      • 格式介绍：agp
      • 工具 | agptools
    • 文件处理：vcf/bcf/gvcf
      • 格式介绍
      • 工具 | BCFtools
      • 工具 | VCFtools
    • 文件处理：wig/bigwig
      • 格式介绍
      • 工具 |
    • 文件处理：newick
      • 格式介绍
      • 工具 | newick_utilities
      • 工具 | ggtree
      • iTOL + itol.toolkit: 进化树美化修饰
      • 进化树 + 基因结构图
    • 文件处理：tsv/csv
      • 工具 | bioawk
      • 工具 | csvtk
    • 文件处理：pdf
      • Linux 下操作 PDF 文件
    • 格式介绍 | json
    • 格式介绍 | yaml
  • 待分类
    • 工具 | bitacora
    • 工具 | CAAStools： 趋同进化分析
    • 工具 | WGCCRR: 趋同进化分析
    • 小功能 | 从 GFF 文件提取 ID/Name 对应关系
  • 基因组
    • 基础知识
      • 文章
      • 基因组拼接项目流程
    • 组装
      • Survey
        • 基础知识
        • 工具 | Jellyfish: K-mer 计数
        • 工具 | Meryl: K-mer 计数
        • 工具 | KMC: K-mer 计数
        • 工具 | Kmerfreq: K-mer 计数
        • 工具 | GCE: K-mer 计数及基因组 survey
        • 工具 | KAT: K-mer 分析工具包
        • 工具 | yak
        • 工具 | findGSE: 基因组大小预测
        • 工具 | GenomeScope: 基因组大小预测
        • 工具 | Smudgeplot
        • 工具 | KmerGenie
      • 质控
        • 二代质控
        • 三代质控
      • 组装
        • 工具 | 3 | 2021 | Hifiasm
        • 工具 | 3 | 2019 | Flye + HapDup
        • 工具 | racon
        • 工具 | GALA
        • 工具 | Verkko
        • 工具 | 3 | 2017 | Canu
        • 工具 | 3 | NextDenovo
        • 工具 | 3 | FALCON
        • 工具 | 3 | HGAP4
        • 工具 | 3 | 2019 | wtdbg2
        • 工具 | 3 | 2019 | Platanus-allee
        • 工具 | 2 | 2012 | SOAPdenovo2
        • 工具 | 2+3 | SPAdes
        • 工具 | 2+3 | 2016 | DBG2OLG
        • 工具 | 2+3 | 2024 | Hypo
      • Hi-C 挂载
        • 工具 | Juicer
        • 工具 | 3D-DNA
        • 工具 | Juicebox
        • 工具 | RagTag
        • 工具 | ALLHiC: 解决植物多倍体组装问题
        • 工具 | HapHiC（一）
        • 工具 | HapHiC（二）：在 hifiasm 组装之后进行挂载
        • 工具 | HiC-Pro
      • gapfilling
        • 工具 | 3 | TGS-GapCloser
        • 工具 | quarTeT::GapFiller
        • 工具 | LR_Gapcloser
        • 工具 | SSPACE
        • 工具 | GapFiller
        • 工具 | GapCloser
        • 工具 | quickmerge
        • 工具 | RegCloser（2 代补洞）
        • 工具 | 3 | ARROW
        • 工具 | 3 | FinisherSC
      • polishing
        • 工具 | 2 | pilon
        • 工具 | NextPolish
        • 工具 | NextPolish2
        • 工具 | T2T-Polish
      • 去冗余/去污染
        • 工具 | Purge_dups
        • 工具 | purge_haplotigs
        • 工具 | redundans
        • 工具 | FCS-GX
        • 搜索 nt 数据库
      • 评估
        • 基础知识 | 基因组组装质量评估
        • 基础知识 | 一篇重要的观点文章
        • 评估 | coverage or depth?
        • 评估 | 比对率/覆盖度/深度（一）
        • 评估 | 比对率/覆盖度/深度（二）二代 WGS
        • 评估 | 比对率/覆盖度/深度（三）三代 WGS
        • 评估 | 比对率/覆盖度/深度（四）RNA-seq
        • 评估 | 单碱基错误率、杂合率
        • 评估 | GC 偏好性（GC-Depth）
        • 评估 | Hi-C 图谱
        • 工具 | assembly-stats: 获取基因组长度、序列数量信息
        • 工具 | LAI
        • 工具 | GCI
        • 工具 | CRAQ
        • 工具 | PanDepth
        • 工具 | BUSCO
        • 工具 | compleasm
        • 工具 | Merqury
        • 工具 | CRAQ
        • 工具 | AssemblyQC
        • 工具 | BAMStats
        • 工具 | Inspector
        • 工具 | QUAST
        • 工具 | QualiMap2
        • 工具 | bamdst
        • 工具 | mosdepth
        • 工具 | GenomeQC
    • 重复序列注释
      • 基础知识
        • 重复序列
        • 转座子的发现
        • 转座子 | 转座酶
        • 转座子 | 结构特征（LTR-RT）
        • 转座子 | 转座原理（LTR-RT）
        • 转座子 | 分类层级（Wicker）
        • 转座子 | 分类层级（）
        • 转座子 | 分布模式
        • 转座子 | 功能效应
        • 转座子 |
      • 转座子进化
        • LTR 插入时间估计
        • LTR 清除速率
        • LTR 家族树构建
      • 转座子表达
        • 工具 | TE表达 | SalmonTE
        • 工具 | TE表达 | TEspeX
        • 工具 | TE表达 | TEtranscripts
        • 工具 | TE表达 | Telescope
      • 工具 | RepeatModeler: 从头识别转座子
      • 工具 | RepeatMasker: 基于数据库鉴定转座子
      • 工具 | RECON: 从头识别转座子
      • 工具 | RepeatScout: 从头识别转座子
      • 工具 | LTR_Finder: 全长 LTR 检测
      • 工具 | LTR_FINDER_parallel
      • 工具 | LTRharvest: 从头识别 LTR 转座子
      • 工具 | LTRdigest
      • 工具 | LTR_retriever: 从头识别 LTR
      • 工具 | EDTA: 转座子注释流程
      • 工具 | EarlGrey: 转座子注释流程
      • 工具 | TEsorter: 转座子分类
      • 工具 | DeepTE: 转座子注释
      • 工具 | barrnap
      • 工具 | HelitronScanner
      • 工具 | EAHelitron
      • 工具 | HelitronFinder
      • 工具 | TRF: 串联重复序列鉴定
      • 工具 | MISA: SSR 分析
      • 工具 | GenomeTools: 多功能开源基因组分析软件
    • 特征序列识别
      • 特征序列
      • 工具 | quarTeT（一）：有参组装
      • 工具 | quarTeT（二）：基因组 gap filling
      • 工具 | quarTeT（三）：端粒识别
      • 工具 | quarTeT（四）：着丝粒预测
      • 工具 | CentIER
      • 工具 | NLR-Annotator
    • 基因结构注释
      • 基础知识
      • 基因结构注释
      • Comparative Genome Annotation
      • pipeline | BRAKER3
      • pipeline | MAKER
      • pipeline | Finder
      • 工具 | SynGAP
      • 工具 | PASA
      • 工具 | AUGUSTUS (ab initio)
      • 工具 | SNAP (ab initio)
      • 工具 | GeneWise (homology)
      • 工具 | Exonerate (homology)
      • 工具 | GenomeThreader (homology)
      • 工具 | GeneMark
      • 工具 | EVM
      • 工具 | WebApollo (manual)
      • 工具 | GSAman
      • 工具 | liftXXX
      • 工具 | 评估 | BUSCO
      • 工具 | 评估 | OMArK
      • 可变剪接
    • 基因功能注释
      • 基础知识
      • DIAMOND/BLAST: 序列相似性
      • 工具 | eggnog-mapper
      • 工具 | InterProScan: 功能域相似性
      • 工具 | GFAP
      • 功能分类
        • 数据库 | GO
        • 数据库 | Dfam
    • 基因组分型
      • 工具 | homologizer
      • 工具 | SubPhaser
      • 工具 | SSM
    • 蛋白质结构预测（可选）
      • 基础知识
      • 工具 | AlphaFold2
    • 非蛋白编码基因注释
      • 工具 | Plant-LncPipe: 鉴定植物 lncRNA
      • 工具 | tRNAScan-SE
      • 工具 | RNAmmer
      • 工具 | barrnap
      • 工具 | Rfam: 鉴定 ncRNA
      • 假基因
    • 特征统计
      • 小功能 | 计算基因组 GC 含量分布
      • 小功能 | 计算基因组 gene 含量分布
      • 计算基因、GC、转座子密度
      • 统计序列中gap位置和大小
      • 脚本 | Shell | 批量从*.gff 提取基因和转录本的对应关系
      • 脚本 | Shell | 提取每个转录本exon坐标
      • 脚本 | Shell | 提取每个转录本的intron坐标
  • 细胞器基因组
    • 基础知识
      • 叶绿体、线粒体介绍
      • 组装注释困境
    • 组装
      • 工具 | Circoletto
      • 工具 | PMAT
      • 工具 | GetOrganelle
      • 工具 | SMARTDENOVO
      • 工具 | GSAT（线粒体）
      • 工具 | TIPP_plastid
      • 工具 | bandage: 组装结果可视化
    • 注释
      • 工具 | CPGAVAS2（叶绿体）
      • 工具 | GeSeq（细胞器）
      • 工具 | PGA（叶绿体）
      • 工具 | OGAP（细胞器）
      • 工具 | DOGMA（细胞器）不能用了？
      • 工具 | MITOS（动物线粒体）
      • 注释调整修正
    • 基因组结构可视化
      • 工具 | CPGView
      • 工具 | OGDraw
    • 特征统计
      • 重复序列
      • 无标题
    • 比较分析
      • 共线性
      • 系统发育
      • Ka/Ks计算
  • 基因家族
    • 基础知识
      • 什么是基因家族？
    • 鉴定
      • 工具 | bitacora
      • 同源预测
      • 结构域预测
      • 合并鉴定结果
      • 代谢途径
        • KEGG
        • PlantCyc
        • MapMan
    • 进化树构建
      • 多序列比对
      • 进化树构建
    • 结构域分析
      • 预测: MEME SUITE
      • 绘图
    • 共线性分析
      • 工具 | MCScanX
      • circos 图绘制
      • 染色体结构、基因结构图
    • 基因簇/代谢簇
      • 工具 | plantiSMASH
      • 工具 | GALEON
      • 工具 | PlantClusterFinder
    • 基因表达分析
      • 基因表达量热图
      • 无标题
    • 转录因子家族 | 认知
      • 研究套路
      • 启动子分析
    • 转录因子家族 | 鉴定
      • 工具 | PlantTFDB
      • 工具 | planttfhunter: 基于PlantTFDB
      • 工具 | PlantCARE
      • 工具 | iTAK
      • 工具 | PlnTFDB (近几年未更新)
    • 转录因子家族 | 顺式作用元件预测
      • 预测
      • 绘图
  • 比较基因组
    • 基础知识
      • 基础知识
    • 同源鉴定
      • 工具 | OrthoFinder
      • OrthoFinder 运行
      • OrthoFinder 结果
      • 工具 | SonicParanoid2
      • 工具 | OrthoSNAP
      • 工具 | PhyloMCL
      • 工具 | Dense Homolog Retriever (DHR)
      • 工具 | Genome Context Viewer
    • 物种树构建
      • 基础知识
      • .fa 转化为 .phy
      • 建树
      • 脚本 | Python | 提取第[12]个或第3个密码子建树
    • 共线性分析
      • 核型进化分析
      • 共线性分析
      • 工具 | MCScanX
      • 工具 | JCVI
        • 工具 | jcvi
        • 工具 | jcvi.algorithms
        • 工具 | jcvi.apps
        • 工具 | jcvi.formats
        • 工具 | jcvi.graphics
        • 工具 | jcvi.utils
        • 工具 | jcvi.assembly
        • 工具 | jcvi.annotation
        • 工具 | jcvi.compara
      • 工具 | DupGen_finder
      • 工具 | doubletrouble
      • 工具 | 可视化 | D-Genies
    • WGD 分析
      • 工具 | WGDI
      • kaks 计算
      • circos 图绘制
    • 选择压力分析
      • 工具 | PAML
    • 分歧时间估计
      • 工具 | MCMCtree
      • 工具 | MCMCtreeR: MCMCtree 的文件准备和结果可视化
    • 基因家族扩张收缩
      • 工具 | CAFE
  • 转录组
    • 转录组分析
    • 工具 | TOmicsVis
    • 基础知识
      • 工具 | tidybulk: 转录组分析
      • 工具 | FLOP
    • 数据整理
      • 数据整理
    • 质控
      • 工具 | RNAseqQC
    • 比对
      • 工具 | Hisat2
      • 工具 | STAR
    • 拼接 （可选）
      • 软件 | StringTie
      • 软件 | gffcompare
    • 定量
      • 定量策略选择
      • 工具 | featureCounts
      • 工具 | Salmon
      • 工具 | NORMSEQ
      • 工具 | RSEM
      • 1
      • TPM矩阵（counts 2 TPM）
      • 脚本 | R | 转录组 counts 2 tpm
      • 脚本 | R | 每个基因在不同处理下表达量的相关系数
      • 脚本 | Shell | awk求基因表达平均值
    • 样本重复性鉴定
      • 相关性分析
      • 聚类
      • PCA
    • 差异表达分析
      • 工具 | DESeq2
      • 工具 | pathlinkR
      • 火山图绘制
    • 聚类、趋势分析
      • Mfuzz
    • 共表达网络分析
      • 网络
      • WGCNA | 准备
      • WGCNA | 软阈值确定
      • WGCNA | 模块划分
      • WGCNA | 相关性
      • WGCNA | 结果导出
      • 工具 | magrene
      • 工具 | BioNERO
      • 工具 | GENIE3
    • 富集分析
      • GO | clusterProfiler::enricher()
      • GO | enrichplot
      • GO | 语义去冗余
      • GO | aPEAR
      • GO | 其他富集分析方法
      • GO | ggplot() 绘图
      • KEGG | clusterProfiler::enricher()
      • KEGG | enrichKEGG()
    • 无参转录组
      • de novo 组装
  • 全长转录组
    • Nature Methods 2024 | 系统评估用于转录鉴定和定量的长读长 RNA-seq
    • ONT
      • ONT 转录组分析
      • 工具 | Nanoq: ONT reads 的质控
      • 工具 | Dorado: ONT reads basecaller
      • 工具 | IsoQuant: 长 RNA reads 转录本重构和定量
      • 工具 | f5c: ONT 原始数据信号处理
      • 工具 | Nanopolish
      • 工具 | XPore: ONT RNA 差异甲基化分析
    • PacBio
      • Iso-Seq 分析
      • 工具 | SQANTI3: 全长转录组 isoforms 鉴定
      • 工具 | TAMA: 转录组注释
    • 可变剪接
      • 可变剪接
      • 工具 | Transdecoder: 预测蛋白编码区
      • 工具 | RNAsamba: 蛋白编码能力预测
      • 工具 | EGIO
      • 工具 | FLAIR
      • 工具 | rMATs
    • 融合基因
      • 无标题
  • 单细胞
    • 基础知识
      • 基础知识 | 单细胞测序
    • 单细胞转录组
      • 工具 | Seurat
      • 工具 | scanpy
    • 空间转录组
      • 分析
    • 单细胞基因组
      • 无标题
    • scATAC-Seq
      • ArchR
  • 非编码
    • 参考
    • ceRNA机制
    • 工具 | draw_rna
    • 工具 | CircleCompare
    • miRNA
      • 基础知识 | miRNA
      • 鉴定
        • 软件 | miWords: 植物基因组pre-miRNA区域鉴定
        • 软件 | miRDeep2
      • 表达定量
        • 无标题
      • 靶基因预测
        • miRNA靶基因预测
      • 富集分析
        • miRNA直接富集分析
      • 网络分析
        • 无标题
    • siRNA
      • 基础知识 | siRNA
      • 鉴定
        • ta-siRNA 识别 | 基于读序相位信号
        • ta-siRNA 识别 | 基于相位读序分布的统计测验
      • 表达定量
        • 无标题
      • 靶基因预测
        • 靶基因预测
    • lncRNA
      • 基础知识 | lncRNA
      • 鉴定
        • lncRNA | 鉴定
        • lncRNA | 全长转录组鉴定
        • 工具 | CPC2: 编码能力预测
        • 工具 | PLEK: 编码能力预测
        • 工具 | CNCI: 编码能力预测
        • 工具 | FEELnc
        • 编码能力预测 | 基于序列相似性
      • 表达定量
        • 表达定量 | 常规分析
        • 表达定量 | 特征统计
      • 功能预测
        • ceRNA机制
        • 数据库
    • circRNA
      • circRNA
      • 鉴定
        • 无标题
      • 功能
        • 无标题
  • 翻译组
    • 基础知识 | Ribo-seq
  • 蛋白组
    • 基础知识
      • 基础知识 | 蛋白质组学
      • 基础知识 | 实验过程
      • 基础知识 | 分析过程
    • 定性定量
      • 分析 | 定性定量（MaxQuant）
      • 分析 | 表达量统计
      • 分析 | 差异表达
      • 分析 | 功能富集
      • 工具 | R | massprocesser
    • 其他
      • 数据公开
  • 代谢组
    • 基础知识
      • 基础知识 | 植物代谢
      • 基础知识 | 代谢组学检测技术手段
      • 基础知识 | 代谢组学常用数据库
    • 新分组
      • 植物代谢组学数据处理及分析
  • 表型组
    • 基础知识
  • 重测序
    • 基础知识
      • 文章
      • 基因组重测序数据分析
      • 自然群体 vs 作物群体
    • 二代数据变异检测
      • 二代数据变异检测
      • 工具 | GATK: SNP/InDel检测
      • 工具 | bcftools: SNP/InDel检测
      • 工具 | lumpy: SV检测
      • 工具 | CNVator: CNV检测
    • 三代数据变异检测
      • 三代数据变异检测
      • 工具 | SURVIVOR
      • 工具 | VolcanoSV: SV 检测
    • 转录数据变异检测
      • 转录组数据变异检测
    • 组装数据变异检测
      • 工具 | SyRI
      • mummer + syri
      • minimap2 + syri
    • 变异注释
      • 工具 | annovar: 变异注释
      • 工具 | snpEff: 变异注释
      • 工具 | VEP: 变异注释
    • 群体结构分析
      • 基础知识 | 群体遗传多态性
      • 基础知识 | 群体遗传结构
      • 群体结构分析
      • 工具 | structure: 群体结构分析
      • 工具 | pophelper: 群体结构可视化
      • 工具 | popLDdecay: LD 衰减分析
      • 工具 | LDheatmap
      • 工具 | LDBlockShow
    • 群体选择分析
      • 基础知识 | 群体选择信号
      • 群体选择分析
    • 种群历史推断
      • 基础知识 | 种群历史动态
      • 种群历史推断
      • 工具 | PSMC: 历史有效群体大小推断
      • 工具 |
      • 工具 | SMC++: 历史有效群体大小推断
      • 工具 | TreeMix: 基因交流分析
      • 工具 | Beta-PSMC
    • 基因流分析
      • 基因流分析
      • 工具 | treemix
      • 工具 | OrientAGraph
      • 工具 | Dsuite
      • 工具 | DFOIL
    • 孟德尔随机化分析
      • 参考
    • QTL
      • 基础知识 | QTL 数量性状位点定位
      • QTL
    • GWAS
      • 基础知识 | 全基因组关联分析
      • 全基因组关联分析
      • 工具 | GEMMA: GWAS 分析
      • 工具 | EMMAX: GWAS 分析
      • 工具 | TASSEL: GWAS 分析
      • 工具 | GWASpoly: 多倍体 GWAS
      • 工具 | MultiGWAS: 多倍体 GWAS
      • 工具 | GAPIT: 基因组关联和预测整合工具
      • 工具 | cmplot: 可视化
      • 曼哈顿图绘制
      • qq图
    • BSA
      • 基础知识 | BSA 混池分离分析
      • BSA
      • 工具 | MutMap
      • 工具 |
  • 泛基因组
    • 泛基因组介绍
    • 构建、理解和应用泛基因组
    • 从头组装分析
      • 小功能 | 调整基因组序列名称和方向
      • 数据处理
      • 基于基因
        • 核心和非必需基因（家族）鉴定
        • 基因 PAV 分析
        • 绘图
      • 基于序列
        • 变异检测 | mummer + syri
        • PAV 检测
    • 迭代组装分析
      • 组装
        • 工具 | megahit
        • 组装 | 单独组装策略
        • 组装 | 迭代组装
        • 组装 | 类似宏基因组的组装策略
        • 组装去污染
        • 工具 | 组装评估 | QUAST
      • 重复序列注释
        • 重复序列注释
      • 编码蛋白注释
        • Untitled Document
        • 功能注释
      • 基于基因
        • 工具 | SGSGeneLoss
    • map to pan 组装分析
      • map2pan策略
    • 图组装分析
      • 基于 VCF 的泛基因组构建（一）：数据准备
      • 基于 VCF 的泛基因组构建（二）：数据比对
      • 基于 VCF 的泛基因组构建（三）：变异检测
      • 基于 VCF 的泛基因组构建（四）：变异注释
      • 基于 VCF 的泛基因组构建（五）：泛基因组构建
      • syri 结果
      • 泛基因组 | mummer + syri + vg
      • 图形泛基因组构建 | Minigraph-Cactus（一）
      • 图形泛基因组构建 | Minigraph-Cactus（二）
      • 图形泛基因组构建 | Minigraph-Cactus（三）
      • 图形泛基因组构建 | Minigraph-Cactus（四）
      • 图形泛基因组构建 | Progressive Cactus
      • Untitled Document
      • 工具 | vg
      • 工具 | minigraph
      • 工具 | Cactus
      • 工具 | pggb
      • 工具 | seqwish
      • 工具 | NovoGraph
      • 工具 | pangene
      • 工具 | panacus
      • 工具 | GENESPACE
      • 工具 | SynDiv
      • 工具 | AMPRIL
    • 转座子分析
      • 工具 | pantera
      • 工具 | GraffiTE
    • 变异检测
      • 工具 | CuteSV
      • 工具 | Smatie-sv
      • 工具 | SVMU
      • 工具 | SVIM-asm: 组装之间的 SV 检测
      • 工具 | pbsv: 基于 PacBio 测序的 SV 检测
      • 工具 | Sniffles: 基于长 reads 的 SV 变异检测
      • 工具 | Assemblytics
    • 可视化
      • 工具 | odgi
      • 工具 | gfaviz
      • 工具 | panache
      • 工具 | SequenceTube
    • 基于图泛基因组的群体分析
      • 工具 | PanPop: 根据图泛基因组进行群体变异检测
      • 工具 | pangenie: 根据图泛基因组进行变异检测
      • 工具 | vg giraffe: 映射短 reads 到图泛基因组
      • 工具 | DeepVariant
    • 泛基因组文章
      • Genome Biology | 北美野生葡萄
      • 文章搜集
      • 泛基因组文章解读
    • 其他
      • pipeline | PSVCP
      • pipeline | PGAP
  • 宏基因组
    • 基础知识
      • 基础知识 | 宏基因组
    • 物种多样性分析
      • 工具 | QIIME2
    • 宏基因组拼接与物种注释
      • 无标题
    • Meta Hi-C/Meta 3C
      • 基础知识 | 宏基因组Hi-C
  • 表观遗传
    • 基础知识
      • 基础知识 | 表观遗传学
      • 基础知识 | 新兴表观技术
      • 工具 | deepTools（一）
      • 工具 | deepTools（二）质控
      • 工具 | deepTools（三）可视化
      • 工具 | deepTools（四）其他
      • 工具 | MACS3
      • 工具 | DiffBind
      • 工具 | ChIPseeker
    • BS-seq/WGBS
      • 基础知识 | DNA甲基化
      • 分析 | 质控
      • 分析 | 差异甲基化位点识别
      • 工具 | Bismark
      • 工具 | BSMAP
      • 工具 | DNAModAnnot
      • 工具 | METEORE：ONT数据甲基化识别
      • 工具 | jasmine: 提取 HiFi 测序数据的 5mC 信息
      • 工具 | pbmm2
      • 工具 | pb-CpG-tools
      • 工具 | ccsmeth
      • 工具 |
    • ATAC-seq
      • 基础知识 | ATAC-seq
      • 分析 | ATAC-seq
      • 分析 | scATAC-seq
      • 分析 | motif分析（MEME的AME）
      • 分析 | 足迹分析（HINT-ATAC）
      • 分析 | 核小体占位分析（NucleoATAC）
    • ChIP-seq
      • 基础知识 | ChIP-seq
      • ChIP-seq 分析（一）：质控比对过滤
      • ChIP-seq 分析（二）：peak calling
      • ChIP-seq 分析（三）：Motif分析（HOMER）
      • ChIP-seq 分析（四）：Motif分析（memes）
      • 工具 | ChIPQC
      • 工具 | BETA
      • 工具 | IDR (Irreproducible Discovery Rate)
      • 工具 | Gviz: 可视化
    • CUT%26Tag
      • 基础知识 | CUT%26Tag
      • R-loop
      • 工具 | deepRloopPre
    • 三维基因组
      • 基础知识 | 三维基因组
      • 基础知识 | Capture Hi-C
      • 基础知识 | Omni-C
      • 基础知识 | 质控过滤
      • Hi-C 不同层级的空间互作分析（一） ：比对
      • Hi-C 不同层级的空间互作分析（二） ：互作矩阵构建及平衡
      • Hi-C 不同层级的空间互作分析（三） ：高级结构检测
      • 工具 | HiCExplorer（一）
      • 工具 | HiCExplorer（二）
      • 工具 | HiCExplorer（三）
      • 工具 | HiCExplorer（四）
      • 工具 | HiCExperiment
      • 工具 | HiContacts
      • 工具 | HiCRep
      • 工具 | HiCUP
      • 工具 | cooler
      • 工具 | CALDER
      • 工具 | CHiCAGO
      • 工具 | pairtools
      • 工具 | Fan-C
      • 工具 |
      • 工具 |
      • 工具 | Mustache
      • 工具 | pyGenomeTracks
      • 工具 | HiGlass
    • ChIA-PET
      • 基础知识 | ChIA-PET
    • Dap-seq
      • 基础知识 | Dap-seq
    • RIP-seq
      • 基础知识 | RIP-seq
    • MeRIP-seq
      • 基础知识 | RNA 甲基化
  • workshop
    • OHCA: Orchestrating Hi-C analysis with Bioconductor
      • （一）
      • 2
      • 1
    • OSCA: Orchestrating Single-Cell Analysis with Bioconductor
      • OSCA（一）
      • OSCA（二）
      • 1
    • OSTA: Orchestrating Spatially-Resolved Transcriptomics Analysis with Bioconductor
      • OSTA（一）
      • OSTA（二）
      • 2
      • 1
    • scRNASeq 数据分析流程
      • （一）
      • （二）
      • （三）
      • （四）
      • （五）
      • （六）
    • 使用 mlr3 进行机器学习
      • 使用 mlr3 进行机器学习（一）介绍
      • 使用 mlr3 进行机器学习（二）数据和基础建模
      • 使用 mlr3 进行机器学习（三）评估和基准
      • 使用 mlr3 进行机器学习（四）超参数优化
      • 使用 mlr3 进行机器学习（五）高级调优方法和黑匣子优化
      • 使用 mlr3 进行机器学习（六）特征选择
      • 使用 mlr3 进行机器学习（七）
      • 6
      • 7
      • 8
    • nf-core
      • 工具 | nf-core: Nextflow 分析流程
      • 工具 | nf-core/rnaseq
      • 工具 | nf-core/chipseq
      • 工具 | nf-core/pangenome
    • 数量遗传学 workshop
      • 1. 介绍R在popgen分析中的作用
      • 2. 均值、基因型值和育种值
      • 通过亲子回归计算遗传力
    • 测试
      • 测试 | 基因组评估
  • ------数据传输------
    • sftp
  • ------地理信息------
    • 工具 | expowo
    • 工具 | GeoNames
  • ----------------------
    • CYVERSE
    • ParaFly：命令并行
暂无相关搜索结果！

    让时间为你证明

    展开/收起文章目录

    分享，让知识传承更久远

    文章二维码

    手机扫一扫，轻松掌上读

    文档下载

    请下载您需要的格式的文档，随时随地，享受汲取知识的乐趣！
    PDF文档 EPUB文档 MOBI文档

    书签列表

      阅读记录

      阅读进度: 0.00% ( 0/0 ) 重置阅读进度
        思维导图备注