基因、SNP、甲基化、TE……的密度通常用于基因密度图、circos图、曼哈顿图……的绘制。
密度计算大体分为两种：一种是数量统计（如基因），一种是碱基占比（如TE）。

生成用于circos的基因密度文件的python脚本、R脚本-生成密度分布表格
涉及到这种计算的，我是比较喜欢用现成工具的，比较稳。第一个想到 bedtools，生信 | circos文件准备大全（以拟南芥为例）是我想用的方法。

1. 统计染色体长度

统计每条序列的长度
如何根据fasta快速统计基因组大小及其各染色体长度？

• 方法一：
• 方法二：
• 方法三：

2. 设置 windows

• 滑动窗口
• 非滑动窗口

bedtools makewindows

3. 密度计算

bedtools coverage

从零开始学CIRCOS绘制圈图(四)

基因密度图教程：
TBtools | 全基因组 - 基因密度统计，充实你的图片
使用Tbtools根据gtf文件统计基因密度
案例重现 | 基因在（小麦）染色体上位置可视化
基因密度图代码和数据，请自取
踩坑记-使用RIdeogram包绘制基因在染色体位置图
如何绘制出美丽的基因密度图

circos图：
名本无名 的 绘图工具)