物种分歧时间估计的软件有：

    该分析是比较基因组分析中必要的一步，其中 PAML 的 mcmctree 估计是现在最受欢迎的一款软件。
    但我一直没有从头做过，因为所需的配置文件、生物学和数学原理看上去比较复杂，没愿意花时间琢磨（又笨又懒）。
    这里有两款软件（R包）可能可以帮助解决/理解：

    实践（待补充）：

    补充：

    • TimeTree
    • 一些问题：
      获得单拷贝 OGs，单拷贝 cDNA 序列比对，串联起来。
      是否需要剪切？什么时候剪切？
      三个密码子分开
      跟 ka ks计算的关系是什么？
      baseml 在里面的作用是什么？