介绍

GeneMark 是 NCBI、JGI、Broad Institute 和一些软件包基因组注释 pipeline 的一部分，这些软件包包括：

• QUAST: 基因组组装质量评估工具

使用了：GeneMarkS

• MetAMOS: 一个模块化和开源的宏基因组组装和分析

使用了：MetaGeneMark

• MAKER2: 真核基因组注释 pipeline

使用了：GeneMark-ES (along with SNAP and AUGUSTUS)

• BRAKER1: 基于 RNA-seq 的真核基因组注释 pipeline

使用了：GeneMark-ET and AUGUSTUS

• BRAKER2: 基于蛋白质的真核基因组注释 pipeline

使用了：GeneMark-EP+ and AUGUSTUS

GeneMarkS 一般预测原核生物基因。GeneMark-ES 能自我训练 HMM 参数（该软件包与其他基于从头预测软件最大的不同），再进行基因预测。GeneMark-ET 能利用 RNA-Seq 数据得到内含子位点信息进行 HMM 训练，再进行基因预测。

Eukaryotic genome annotation pipelines:

MAKER2: uses GeneMark-ES along with SNAP and AUGUSTUS.

BRAKER1: integrates RNA-Seq reads

— uses GeneMark-ET and AUGUSTUS

BRAKER2: integrates known proteins

— uses GeneMark-EP+ and AUGUSTUS

BRAKER3: integrates RNA-seq reads and known proteins

— uses GeneMark-EP+ and AUGUSTUS

下载

使用

https://genemark.bme.gatech.edu/license_download.cgi

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运行

1. https://genemark.bme.gatech.edu/

gmes_petap.pl \
  --ES \
  --cores 64 \
  --sequence genome.fasta.mod.MAKER.masked

参考

1. 官网：http://exon.gatech.edu/GeneMark/