参考

https://github.com/gpertea/gffread

1. 介绍

2. 下载

3. 使用

-g: 基因组

3.1 格式转换（gff, gtf ）

-o-: 标准输出
-o: 等于-o- >
-T: 输出 gtf 文件

  1. gffread sp.gff -g sp.genome.fa -T -o sp.gtf
  2. gffread sp.gtf -g sp.genome.fa -o sp.gff

3.2 序列提取（transcript, cds.fa, pep.fa）

-w: 提取 transcript.fa
-x: 提取 cds.fa
-y: 提取 cds.fa
-W: 具有 -w 和 -x 参数时有用，添加额外位置信息到 ID 中

  • exon 信息
    --force-exons