重复序列注释

  1. # novel.final.fasta
  2. # genome.fa
  4. cat  novel.final.fasta genome.fa > pangenome.fa
  6. # 建库
  7. BuildDatabase -name pan  pangenome.fa
  9. # 运行 RepeatModeler
  10. RepeatModeler -database pan -pa 2 -LTRStruct &> repeatmodeler.log
  12. # 运行 RepeatMasker 进行repeat注释
  13. RepeatMasker -e rmblast -pa 2  -gff -qq -lib pan-families.fa novel.final.fasta  &> repeatmasker.log

基因结构注释

基因功能注释