脚本 | Shell | 提取每个转录本的intron坐标

即使原gff文件中没有exon的信息，可以用 脚本 | Shell | 提取每个转录本exon坐标 中的方法，比较取巧地得到。
然后，intron的坐标可以根据exon坐标得到。

• 获得exon坐标

awk 'BEGIN{OFS="\t"}$0 !~ /#/{if($3=="exon"){gsub(/.*Parent=/, "", $9);gsub(/;.*/, "", $9);print $1,$4,$5,$7,$3,$9}}' a.exon.gff | sort -k 6,6 -k 2,2n > a.exon.tsv

如：

Chr1    3631    3913    +       exon    AT1G01010.1.TAIR10
Chr1    3996    4276    +       exon    AT1G01010.1.TAIR10
Chr1    4486    4605    +       exon    AT1G01010.1.TAIR10
Chr1    4706    5095    +       exon    AT1G01010.1.TAIR10
Chr1    5174    5326    +       exon    AT1G01010.1.TAIR10
Chr1    5439    5899    +       exon    AT1G01010.1.TAIR10

• 提取intron坐标

awk 'BEGIN{OFS="\t"}{if(intron[$6]==""){intron[$6]=$6; start=$3+1; next;} else print $1,start,$2-1,$4,"intron",$6;start=$3+1}'  a.exon.tsv

结果：

Chr1    3914    3995    +       intron  AT1G01010.1.TAIR10
Chr1    4277    4485    +       intron  AT1G01010.1.TAIR10
Chr1    4606    4705    +       intron  AT1G01010.1.TAIR10
Chr1    5096    5173    +       intron  AT1G01010.1.TAIR10
Chr1    5327    5438    +       intron  AT1G01010.1.TAIR10

请批评指正。