Single cell RNA-seq analysis workshop

该系列课程由瑞典国家生物信息学基础设施(NBIS) 负责设置,为瑞典Phd学生,博士后,研究人员和瑞典学术界的其他工作人员开设的全国性研讨会。

本课程将通过演讲和实战练习涵盖了单细胞转录组(scRNA-seq)数据分析的基本步骤。涵盖的主题包括:

  • An overview of the current scRNAseq technologies(当前常用scRNA-seq技术概述)
  • Basic overview of pipelines for processing raw reads into expression values(原始测序数据比对转换为基因表达矩阵的分析流程概述)
  • Quality control of scRNAseq data(scRNA-seq数据的质量控制)
  • Dimensionality reduction and clustering techniques(数据降维和聚类分析技术)
  • Data normalization(数据归一化处理)
  • Differential gene expression for scRNAseq data(scRNA-seq数据的差异基因表达分析)
  • Celltype prediction(细胞类型预测)
  • Trajectory analysis(细胞轨迹拟时分析)
  • Comparison of different analysis pipelines such as Seurat, Scran and Scanpy(不同分析工具流程的比较,如Seurat,Scran和Scanpy)
    NBIS系列单细胞转录组数据分析实战汇总 - 图1

NBIS系列单细胞转录组数据分析实战(一):数据质控
NBIS系列单细胞转录组数据分析实战汇总 - 图2

NBIS系列单细胞转录组数据分析实战(二):数据降维可视化
NBIS系列单细胞转录组数据分析实战汇总 - 图3

NBIS系列单细胞转录组数据分析实战(三):多样本数据整合
NBIS系列单细胞转录组数据分析实战汇总 - 图4

NBIS系列单细胞转录组数据分析实战(四):细胞聚类分析
NBIS系列单细胞转录组数据分析实战汇总 - 图5

NBIS系列单细胞转录组数据分析实战(五):基因差异表达分析
NBIS系列单细胞转录组数据分析实战汇总 - 图6

NBIS系列单细胞转录组数据分析实战(六):细胞类型注释
NBIS系列单细胞转录组数据分析实战汇总 - 图7

NBIS系列单细胞转录组数据分析实战(七):空间转录组分析
NBIS系列单细胞转录组数据分析实战汇总 - 图8

NBIS系列单细胞转录组数据分析实战(八):拟时序细胞轨迹推断
NBIS系列单细胞转录组数据分析实战汇总 - 图9


原文链接:https://www.jianshu.com/p/d343c83746f9