单细胞组学学习笔记
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单细胞空间转录组(ST-seq)数据分析
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2022-07-13 21:45:28
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思维导图
Glossary of scRNA-seq terms
NBIS系列单细胞转录组数据分析实战
NBIS系列单细胞转录组数据分析实战汇总
八:拟时序细胞轨迹推断
七:空间转录组分析
六:细胞类型注释
五:基因差异表达分析
四:细胞聚类分析
三:多样本数据整合
二:数据降维可视化
一:数据质控
单细胞转录组(scRNA-seq)数据分析
使用Seurat包进行scRNA-seq数据分析
使用Shiny搭建基于Seurat包的单细胞数据可视化平台
Seurat包学习笔记(十):New data visualization methods in v3.0
Seurat包学习笔记(九):Differential expression testing
Seurat包学习笔记(八):Cell-Cycle Scoring and Regression
Seurat包学习笔记(七):Stimulated vs Control PBMCs
Seurat包学习笔记(六):scATAC-seq scRNA-seq integration
Seurat包学习笔记(五):Using Seurat with multi-modal data
Seurat包学习笔记(四):Using sctransform in Seurat
Seurat包学习笔记(三):Analysis of spatial datasets
Seurat包学习笔记(二):Integration and Label Transfer
Seurat包学习笔记(一):Guided Clustering Tutorial
使用Scater包进行scRNA-seq数据分析
使用scater包进行单细胞测序分析(三):数据降维与可视化
使用scater包进行单细胞测序分析(二):数据质量控制
使用scater包进行单细胞测序分析(一):数据导入与SingleCellExperiment对象构建
使用Monocle包进行scRNA-seq数据分析
Monocle2包学习笔记(四):Differential Expression Analysis
Monocle2包学习笔记(三):Constructing Single Cell Trajectories
Monocle2包学习笔记(二):Classifying and Counting Cells
Monocle2包学习笔记(一):Getting Started with Monocle
单细胞表观组(scATAC-seq)数据分析
scATAC-seq建库原理,质控方法和新R包Signac的使用
使用cellranger-atac进行scATAC-seq数据分析
使用cellranger-atac软件处理10x单细胞ATAC-seq测序数据(下)
使用cellranger-atac软件处理10x单细胞ATAC-seq测序数据(上)
使用Signac包进行scATAC-seq数据分析
使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析(四):Merging objects
使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析(三):scATAC-seq data integration
使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析(二):Motif analysis with Signac
使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析(一):Analyzing PBMC scATAC-seq
使用SnapATAC包进行scATAC-seq数据分析
使用SnapATAC分析单细胞ATAC-seq数据(四):Integrative Analysis of 10X and snATAC
使用SnapATAC分析单细胞ATAC-seq数据(三):Integrative Analysis of PBMC scATAC-seq and scRNA-seq
使用SnapATAC分析单细胞ATAC-seq数据(二):10X Adult Mouse Brain
使用SnapATAC分析单细胞ATAC-seq数据(一): SnapATAC简介与安装
使用Cicero包进行scATAC-seq数据分析
使用Cicero包进行单细胞ATAC-seq分析(三):Single-cell accessibility trajectories
使用Cicero包进行单细胞ATAC-seq分析(二):Constructing cis-regulatory networks
使用Cicero包进行单细胞ATAC-seq分析(一):Cicero introduction and installation
使用ArchR包进行scATAC-seq数据分析
使用ChromVAR包进行scATAC-seq数据分析
单细胞免疫组库(scVDJ-seq)数据分析
使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析(十):Kmer and sequence motif analysis and visualisation
使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析(九):Annotate clonotypes using immune receptor databases
使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析(八):Track clonotypes across samples and time
使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析(七):Diversity estimation
使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析(六):Gene usage analysis
使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析(五):Repertoire overlap and public clonotypes
使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析(四):Basic analysis and clonality
使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析(三):处理单细胞配对链数据
使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析(二):数据加载
使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析(一):包的简介与安装
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单细胞空间转录组(ST-seq)数据分析
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单细胞转录组细胞类型注释分析合集
使用SingleR包进行单细胞类型注释分析
使用CHETAH包进行单细胞类型注释分析
使用Celaref包进行单细胞类型注释分析(一):Celaref Overview and Installation
使用Celaref包进行单细胞类型注释分析(二):Using the package
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使用Garnett包进行单细胞类型分类注释分析(一):Train cell type classifiers
使用Garnett包进行单细胞类型分类注释分析(二):Classify your cells
使用cellassign包进行单细胞类型注释分析(一):Constructing marker genes from purified scRNA-seq data
使用cellassign包进行单细胞类型注释分析(二):Assigning single-cells to known cell types with CellAssign
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