pengToolkit02. R 包欢迎界面 - 图2

02. R 包欢迎界面 - 图3 02. R 包欢迎界面 - 图4 02. R 包欢迎界面 - 图5 02. R 包欢迎界面 - 图6 02. R 包欢迎界面 - 图7

My useful R package.

github 地址：https://github.com/mugpeng/pengToolkit

gitee 地址：https://gitee.com/mugpeng/pengToolkit

安装

github 安装：

  1. # install devtools
  2. install.packages("devtools")
  4. devtools::install_github("mugpeng/pengToolkit")
  • 境内用户
  1. #安装官方包‘remotes’
  2. install.packages("remotes")
  3. #安装官方包‘git2r’
  4. install.packages("git2r")
  6. remotes::install_git("https://gitee.com/mugpeng/pengToolkit.git")

下载打包后本地安装：

  1. install.packages("/dir2file/pengToolkit-main", repos = NULL, type = "source")

功能介绍

一共五个函数：

  1. pengToolkit::
  2. pengToolkit::boost_install_packages  pengToolkit::set_mirror
  3. pengToolkit::make_r_template
  • make_r_templete
    用来创建头文件：
  1. ##################################################
  2. ## Project:
  3. ## File name: test2.R
  4. ## Date: Wed May 19 18:24:26 2021
  5. ## Author: Peng
  6. ## R_Version: R version 4.0.5 (2021-03-31)
  7. ##################################################
  • boost_install_packages
    判断式安装R 包，先从cran 找，再从biocondunctor 找，如果都有，则会提示：
  1. pengToolkit::boost_install_packages(c("ggplot2", "devtools"))
  2. [1] "ggplot2 is already installed."
  3. [1] "devtools is already installed."
  4. [1] "ggplot2 devtools are already in your computer."

现在还支持多线程、后台、开启镜像下载。

  • set_mirror
    自动将镜像配置，cran 对应清华源，bioconductor 对应中科大。
  1. set_mirror() # 参数"China" 可有可无
  2. set_mirror("reset") # 当你无需镜像之时，可以恢复默认设置
  • add_function

可以直接添加函数到 ./my_function.R（需要将函数名改为字符串形式） 脚本内，解决主脚本因为函数定义而显得臃肿。

比如添加事先定义好的两个函数：

  1. > add_function("test001", "test002")
  2. Now you can find your functions in : ./my_function.R

再打开 ./my_function.R：

  1. test001 <-function(x) {  x + 1}test002 <-function(x) {  x + 1}

安装

境内用户，可以用下面的链接：

更新记录

0.0.1

初始版。

0.0.2

发布版。

set_mirror 函数添加恢复方法：

  1. set_mirror("reset") # 当你无需镜像之时，可以恢复默认设置

0.0.3

对帮助文档进行了修改。
添加了依赖包设置。
添加了单元测试设置。

0.0.4

灵感来源于pacman::p_load()，如果可以安装包时增加选项，loaded, 如果为T，则判断式安装完包后，会加载它们。

  1. > boost_install_packages(c("ggplot2","ggsci"), loaded = T)[1] "ggplot2 is already installed."[1] "ggsci is already installed."[1] "ggplot2, ggsci are already in your computer."[1] "ggplot2, ggsci are  also successfully loaded in your namespace."Warning message:package ‘ggsci’ was built under R version 4.0.5

0.0.5

  • 增加新的函数update_myself：
    可以随时随地获得最新稳定版的这个包。
    来源是github。
  1. > update_myself()upgrading this package from github mugpeng/pengToolkitDownloading GitHub repo mugpeng/pengToolkit@HEADThese packages have more recent versions available.It is recommended to update all of them.
  • 更新boost_install_packages，支持后台下载选项，支持多线程选项，支持镜像下载，修改输出信息内容。
  1. > boost_install_packages("viridis", mirror = T, parallels = 2, jobs = T)Now you successfully take a mirror, go ahead without any restrictions!Now will use jobs for installing. HAPPY! console is free now!Job launched.                                                                      We will use 2 cores for installing.You can set ur parallels back by: options(Ncpus = 1)You can set ur mirror back by: set_mirror('reset')

jobs 选项调用job 包，可以直接调用后台安装。
ps：关于R 包的更新，墙裂推荐大噶使用Y 叔叔的rvcheck，好用极了~

0.0.6

  • 更新boost_install_packages 函数
    修改了parallels 参数bug，并且设置了parallels 参数可以自定义的阈值上限，
    最多只允许调用8个核心来安装包。
  1. > boost_install_packages("paletteer", parallels = 100)paletteer is already installed.paletteer are already in your computer.You think too high to your cpu, I will set it to a safe number.We will use 3 cores for installing.
  • 增加了函数add_function
    可以直接添加函数到 ./my_function.R（需要将函数名改为字符串形式） 脚本内，解决主脚本因为函数定义而显得臃肿。

比如添加事先定义好的两个函数：

  1. > add_function("test001", "test002")Now you can find your functions in : ./my_function.R

再打开 ./my_function.R：

  1. test001 <-function(x) {  x + 1}test002 <-function(x) {  x + 1}

0.0.7

更新update_myself，解决因为环境中加载pengToolkit 而无法更新报错。

0.0.8

  • 新增函数p_select，专门用于处理向量，reverse 参数取反。
  • 修改函数make_r_template :
    创建文件后会直接打开。

0.0.9

  • 删除p_select，直接setdiff 不就好了？
  • 解决无法加载帮助文档的bug