012. 给你点颜色看看之R 的颜色 - 01. R 科研绘图调色板--ggsci - 《011_R 语言学习》

参考：https://www.jianshu.com/p/b4abcb1c0f38

直接使用ggplot 的内置数据集画图：

library(ggsci)
library(ggplot2)
p1 <- ggplot(subset(diamonds, carat > 2.2), aes(x = color, y = price, fill = color)) + geom_boxplot(color = 'black') + theme_bw()
p1

01. R 科研绘图调色板--ggsci - 图1

可以直接参见ggsci 的官方文档：

Name	Scales	Palette Types	Palette Generator
NPG	`scale_color_npg()` `scale_fill_npg()`	`"nrc"`	`pal_npg()`
AAAS	`scale_color_aaas()` `scale_fill_aaas()`	`"default"`	`pal_aaas()`
NEJM	`scale_color_nejm()` `scale_fill_nejm()`	`"default"`	`pal_nejm()`
Lancet	`scale_color_lancet()` `scale_fill_lancet()`	`"lanonc"`	`pal_lancet()`
JAMA	`scale_color_jama()` `scale_fill_jama()`	`"default"`	`pal_jama()`
JCO	`scale_color_jco()` `scale_fill_jco()`	`"default"`	`pal_jco()`
UCSCGB	`scale_color_ucscgb()` `scale_fill_ucscgb()`	`"default"`	`pal_ucscgb()`
D3	`scale_color_d3()` `scale_fill_d3()`	`"category10"` `"category20"` `"category20b"` `"category20c"`	`pal_d3()`
LocusZoom	`scale_color_locuszoom()` `scale_fill_locuszoom()`	`"default"`	`pal_locuszoom()`
IGV	`scale_color_igv()` `scale_fill_igv()`	`"default"` `"alternating"`	`pal_igv()`
UChicago	`scale_color_uchicago()` `scale_fill_uchicago()`	`"default"` `"light"` `"dark"`	`pal_uchicago()`
Star Trek	`scale_color_startrek()` `scale_fill_startrek()`	`"uniform"`	`pal_startrek()`
Tron Legacy	`scale_color_tron()` `scale_fill_tron()`	`"legacy"`	`pal_tron()`
Futurama	`scale_color_futurama()` `scale_fill_futurama()`	`"planetexpress"`	`pal_futurama()`
Rick and Morty	`scale_color_rickandmorty()` `scale_fill_rickandmorty()`	`"schwifty"`	`pal_rickandmorty()`
The Simpsons	`scale_color_simpsons()` `scale_fill_simpsons()`	`"springfield"`	`pal_simpsons()`
GSEA	`scale_color_gsea()` `scale_fill_gsea()`	`"default"`	`pal_gsea()`
Material Design	`scale_color_material()` `scale_fill_material()`	`"red"` `"pink"` `"purple"` `"deep-purple"` `"indigo"` `"blue"` `"light-blue"` `"cyan"` `"teal"` `"green"` `"light-green"` `"lime"` `"yellow"` `"amber"` `"orange"` `"deep-orange"` `"brown"` `"grey"` `"blue-grey"`	`pal_material()`

里面提供了多种配色方法。

其中的fill 与color 分别对应ggplot 对象中的对应属性。

该函数调用非常简单，直接尝试一下：

p1 <- ggplot(subset(diamonds, carat > 2.2), aes(x = color, y = price, fill = color)) + geom_boxplot(color = 'black') + theme_bw()
p1 + scale_fill_nejm()

01. R 科研绘图调色板--ggsci - 图2

新英格兰杂志（NEJM）

p2 <- ggplot(subset(diamonds, carat > 2.2), aes(x = table, y = price, colour = cut)) + geom_point(alpha = 0.7) + geom_smooth(method = "loess", alpha = 0.05, size = 1, span = 1) +
  theme_bw()
p2 + scale_color_aaas()

01. R 科研绘图调色板--ggsci - 图3

AAAS