15. 解决柱状图数字标记重合问题

主要是，柱状图选择了”stack” 的方式垒在一起，可是，实际的count 却是由重复的一列决定的：

因此，如何解决数值标记的重复问题呢？

发现geom_text 仅仅是提供check_overlap 在点重复时可以去重，可是，我们不同柱状图上的“点”，很明显不在一起，它们恰巧只不过是具有相同的数值和（这很显然也是我添加的）。

那么，如果是只保留一个样本含有一个total_counts 呢？

我第一个想到的是通过重复判断，如果是重复，就为T，T 的那些列再把total_counts 值改为NA 即可：

tmp <- cbind(mutation_number, duplicated(mutation_number$total_counts))
x <- tmp[tmp$`duplicated(mutation_number$total_counts)`==TRUE,]$total_counts
tmp[tmp$`duplicated(mutation_number$total_counts)`==TRUE,]$total_counts <- NA

可这样还是有问题，数值显示非常奇怪，而且有的组竟然会没有（duplicated 函数bug吗？）

换个思路，如果只保留样本最多的Missense_Mutation 分组的total_counts 值呢？

mutation_number[mutation_number$Variant_Classification != "Missense_Mutation", ]$total_counts <- NA

对应两种图：

p + scale_fill_nejm() + geom_text(aes(label = total_counts), size = 3, position = position_stack(vjust = 1.1))

p + scale_fill_nejm() + geom_text(aes(label = total_counts), position = position_dodge(0.9), vjust = -2.5)

似乎后者的dodge 还美观一点。但如果能自动识别柱状图最顶端添加text 就好了。

可是这样还是存在一个问题，如果包含的分类中不含这个所谓最多的Missense_Mutation 呢？

这里的思路是，分组后获得每个组内最大的counts 值，接着拿它和原来的组内值比较，如果不相等（也就是不是最大值的那些组内值），则将总的counts 值变为NA：

mutation_number_final_2 <- mutation_number_final
tmp4 <- group_by(mutation_number_final_2, Tumor_Sample_Barcode) %>% 
  summarise(Max_Counts = max(Counts))
mutation_number_final_2 <- merge(mutation_number_final_2, tmp4, 
                                 by = "Tumor_Sample_Barcode")
mutation_number_final_2[mutation_number_final_2$Counts != mutation_number_final_2$Max_Counts, ]$Total_Counts <- NA