色条注释
pheatmap 中,使用annotation_colors 参数来设置色条的注释块的颜色。
大部分的颜色设置参数都是以向量的形式来设置颜色的,而annotation_colors 则需要以列表的形式传入。
比如我用来注释信息的热图的分组是这样的:
type
T01_01 1st
T02_01 1st
T03_01 1st
T04_01 1st
T05_01 1st
T06_01 1st
T07_01 1st
T08_01 1st
T01_02 2ed
T02_02 2ed
T03_02 2ed
T04_02 2ed
T05_02 2ed
T06_02 2ed
T07_02 2ed
T09 relapsed
T10 relapsed
T11 relapsed
T12 relapsed
MCF-7_R cell_line
如果希望通过annotation_colors 参数来自定义需要的注释图色条的话,就需要一个列表,列表的元素名为需要分组的组名,比如我通过上面的type
这个组别来分组,而这个元素存储的向量中,也就是该组别中具体的分类的元素与其对应的需要的颜色块:
ann_colors = list(
type = c('1st' = "#9999ff", '2ed' = "#dd99ff", relapsed = "#99ccff", cell_line = "#09d3f2")
)
调用pheatmap 时设置一下就好了,但一定要设置正确,尤其是名字的对应关系,否则pheatmap 可能并不会接收:
pheatmap(fraction.contribution_hm,
show_colnames = F,
show_rownames = T,
cluster_cols = T,
cluster_rows = F,
annotation_col = type_hm,
annotation_colors = ann_colors
)
上面的颜色就再也不会是随机碰运气的颜色了!