色条注释

pheatmap 中，使用annotation_colors 参数来设置色条的注释块的颜色。

大部分的颜色设置参数都是以向量的形式来设置颜色的，而annotation_colors 则需要以列表的形式传入。

比如我用来注释信息的热图的分组是这样的：

  1.              type
  2. T01_01        1st
  3. T02_01        1st
  4. T03_01        1st
  5. T04_01        1st
  6. T05_01        1st
  7. T06_01        1st
  8. T07_01        1st
  9. T08_01        1st
  10. T01_02        2ed
  11. T02_02        2ed
  12. T03_02        2ed
  13. T04_02        2ed
  14. T05_02        2ed
  15. T06_02        2ed
  16. T07_02        2ed
  17. T09      relapsed
  18. T10      relapsed
  19. T11      relapsed
  20. T12      relapsed
  21. MCF-7_R cell_line

如果希望通过annotation_colors 参数来自定义需要的注释图色条的话，就需要一个列表，列表的元素名为需要分组的组名，比如我通过上面的type 这个组别来分组，而这个元素存储的向量中，也就是该组别中具体的分类的元素与其对应的需要的颜色块：

  1. ann_colors = list(
  2.   type = c('1st' = "#9999ff", '2ed' = "#dd99ff", relapsed = "#99ccff", cell_line = "#09d3f2")
  3. )

调用pheatmap 时设置一下就好了，但一定要设置正确，尤其是名字的对应关系，否则pheatmap 可能并不会接收：

  1. pheatmap(fraction.contribution_hm,
  2.          show_colnames = F,
  3.          show_rownames = T,
  4.          cluster_cols = T,
  5.          cluster_rows = F,
  6.          annotation_col = type_hm,
  7.          annotation_colors = ann_colors
  8.          )

01. pheatmap 绘制热图 - 图1

上面的颜色就再也不会是随机碰运气的颜色了！