色条注释

pheatmap 中,使用annotation_colors 参数来设置色条的注释块的颜色。

大部分的颜色设置参数都是以向量的形式来设置颜色的,而annotation_colors 则需要以列表的形式传入。

比如我用来注释信息的热图的分组是这样的:

  1. type
  2. T01_01 1st
  3. T02_01 1st
  4. T03_01 1st
  5. T04_01 1st
  6. T05_01 1st
  7. T06_01 1st
  8. T07_01 1st
  9. T08_01 1st
  10. T01_02 2ed
  11. T02_02 2ed
  12. T03_02 2ed
  13. T04_02 2ed
  14. T05_02 2ed
  15. T06_02 2ed
  16. T07_02 2ed
  17. T09 relapsed
  18. T10 relapsed
  19. T11 relapsed
  20. T12 relapsed
  21. MCF-7_R cell_line

如果希望通过annotation_colors 参数来自定义需要的注释图色条的话,就需要一个列表,列表的元素名为需要分组的组名,比如我通过上面的type 这个组别来分组,而这个元素存储的向量中,也就是该组别中具体的分类的元素与其对应的需要的颜色块:

  1. ann_colors = list(
  2. type = c('1st' = "#9999ff", '2ed' = "#dd99ff", relapsed = "#99ccff", cell_line = "#09d3f2")
  3. )

调用pheatmap 时设置一下就好了,但一定要设置正确,尤其是名字的对应关系,否则pheatmap 可能并不会接收:

  1. pheatmap(fraction.contribution_hm,
  2. show_colnames = F,
  3. show_rownames = T,
  4. cluster_cols = T,
  5. cluster_rows = F,
  6. annotation_col = type_hm,
  7. annotation_colors = ann_colors
  8. )

01. pheatmap 绘制热图 - 图1

上面的颜色就再也不会是随机碰运气的颜色了!