DNA 甲基化数据分析工具和数据库

白天 夜间 首页 下载 阅读记录
  我的书签   添加书签   移除书签

cgmaptools

浏览 371 扫码 分享 2022-07-13 21:44:21
  • cgmaptools之区域甲基化水平变化趋势
  • 1.文件格式转换
  • cgmaptools综合分析BS-seq

若有收获，就点个赞吧

0 人点赞

上一篇:
下一篇:
  • 书签
  • 添加书签 移除书签
  • MIRA包：利用甲基化水平评估生物学调节活性（MIRA score）
  • BS-seq数据分析教程汇总
  • 文献阅读
    • 每周文献
      • EpiScanpy：整合单细胞表观基因组分析
    • 文献收集记录
      • Nature | 小鼠胚胎发育过程中的DNA甲基化时空动态变化
      • DNA甲基化与转录因子结合位点
    • 重点文献阅读
      • DNA甲基化分析软件文献
      • 公众号看到的可能有用的DNA甲基化文章
      • 2021.05-PLoS Biol--整合转录组学和表观基因组学揭示人类和小鼠心脏的室特异性和物种特异性特征
      • 2019.09-NC--Tet失活破坏胚胎心脏发育期间的YY1结合和远程染色质相互作用
  • 软件汇总--未来得及测试
  • 上游分析工具
    • 批次效应的处理
    • scBS-map：单细胞BS-seq比对工具
    • LiBis：用于低输入BS-seq的超灵敏比对方法
  • 下游分析工具
    • cgmaptools
      • cgmaptools之区域甲基化水平变化趋势
      • 1.文件格式转换
      • cgmaptools综合分析BS-seq
    • 差异甲基化
      • 差异位点和区域的注释工具
      • edgeR包分析BS-seq的差异甲基化
      • DSS包多种组别比较的差异甲基化分析
      • 使用 edgerTMM 算法对 bw 文件的均一化并且根据 bigwig 文件和候选区域 bed 文件用 R 绘制热图
    • 免疫微环境与表观异质性
      • 软件收集
      • 中科院 Andrew 团队
    • 可视化
      • deeptools 可视化区域甲基化水平
      • RnBeads综合分析DNA甲基化数据
      • 甲基化相关文章的code
    • 评估肿瘤纯度的软件
  • DNAme array
    • methylGSA--暂存
    • MethylMix识别甲基化驱动基因
    • ChAMP 包分析甲基化数据 - 简书
    • 一文了解850K 甲基化芯片
  • DNA甲基化相关数据库
    • EWAS
      • EWAS理论基础
        • 数据库
    • DNA甲基化相关数据库汇总
    • CFE(Cell-Free Epigenome Atlas)
    • MethHC 2.0：泛癌DNA甲基化和基因表达数据库
    • DiseaseMeth
    • SurvivalMeth：甲基化预后分析数据库
    • 中科院国家生物信息中心出品
      • scMethBank-Documentation
  • 公众号剪藏
    • ​BICCN专栏之一 | 总论：大脑皮层运动神经元图谱景观以及数据库联盟BICCN
    • 史上最全甲基化表观调控数据库汇总解读 - 知乎
    • Cell Research丨衰老或肿瘤中为何DNA甲基化异常？DNA甲基化维持过程精细控制的分子基础 - 知乎
    • Nature | 机器学习在前列腺癌疾病预测中的应用
    • 肿瘤的表观遗传学（2万字深度总结）
    • 帕金森病与DNA甲基化研究
    • 白凡/钟茜组合作揭示EB病毒阳性胃癌肿瘤细胞与EB病毒共进化特征和潜在治疗靶点
    • 公司技术推广
      • 新时代的标志物开发利器---甲基化捕获技术应用
    • 方法学
      • 中科院计算所赵屹团队发表多组学数据融合深度学习框架——DeepOmix
      • CelFiE：新cfDNA分解方法，可基于甲基化状态准确估计cfDNA来源的细胞类型
      • 综述-单细胞DNA甲基化研究基础篇：从实验策略到数据分析方法简介
      • 全癌标志物来了，肿瘤筛查一网打尽还远吗？
      • 深读 | 给 DNA 甲基化检测装上 GPS，看肿瘤细胞如何变花样 - 知乎
      • ​Nat Commun｜李蔚/史偈君联合开发计算衡量DNA甲基化/去甲基化拮抗作用的方法
      • NAR | 激活沉默的抑癌基因，核内miRNA治疗前景光明
    • 研究表明阉割可延缓DNA老化，延长寿命
    • 850K DNA甲基化芯片检测必须知道的十问十答
    • 癌症与基因甲基化的关系 - 知乎
    • 学一学DNA甲基化芯片分析流程
暂无相关搜索结果！

    让时间为你证明

    展开/收起文章目录

    分享，让知识传承更久远

    文章二维码

    手机扫一扫，轻松掌上读

    文档下载

    请下载您需要的格式的文档，随时随地，享受汲取知识的乐趣！
    PDF文档 EPUB文档 MOBI文档

    书签列表

      阅读记录

      阅读进度: 0.00% ( 0/0 ) 重置阅读进度
        思维导图备注