基于DNA甲基化

  • InfiniumPurify（R包）

（一）基于甲基化评估肿瘤纯度的 R 包 InfiniumPurify；InfiniumPurify：基于甲基化评估肿瘤纯度

  • PAMES（R包）

Availability and implementation: https://github.com/cgplab/PAMES.
文章发表： Tumor purity quantification by clonal DNA methylation signatures（2）

  • LUMP (leukocytes unmethylation for purity)

LUMP (leukocytes unmethylation for purity)方法是在Systematic pan-cancer analysis of tumour purity（1）这篇工作中介绍的。

  • EpiDISH（R包）

GitHub：https://github.com/sjczheng/EpiDISH
EpiDISH-根据甲基化信号值推断样品的细胞成分，这个包有个高级用法：CellDMC

其它的
EWAS
全称：Epigenome-Wide Association Studies
上海同济大学张勇教授课题组开发的软件：methylPurify

引用:
(1) Aran, D., Sirota, M. & Butte, A. Systematic pan-cancer analysis of tumour purity. Nat Commun 6, 8971 (2015). https://doi.org/10.1038/ncomms9971


(2) Benelli M, Romagnoli D, Demichelis F. Tumor purity quantification by clonal DNA methylation signatures. Bioinformatics. 2018;34(10):1642–1649. doi:10.1093/bioinformatics/bty011

基于基因表达

ESTIMATE

基于突变

（二）基于单个苷酸变异评估肿瘤纯度的 R 包 TPES

基于拷贝数变异

（三）基于拷贝数变异估肿瘤纯度的 R 包 ABSOLUTE 和 DoAbsolute