类型一：基因组区域的数量

genomation包

genomation 基因组学：基因组数据的注释和可视化工具包
https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/genomation/inst/doc/GenomationManual.html#4_extraction_and_visualization_of_genomic_data

LOLA包

LOLA，全称为：Genomic Locus Overlap Enrichment Analysis
GitHub：https://github.com/nsheff/LOLA
Documentation：http://code.databio.org/LOLA/

简单介绍LOLA是一个R包，提供测试公共和定制数据库中基因组区域的集合大小的功能。您可以将其看作是对数据库中的BED文件(各种研究的区域)和用户自己的BED文件(感兴趣的基因组区域)，以寻找丰富的交集。这使您能够在新生成的数据和不断增长的公共数据库之间建立联系，从而产生新的假设和注释共享。

GREAT（网页版）

主题句：GREAT predicts functions of cis-regulatory regions.
主页：http://bejerano.stanford.edu/great/public/html/index.php
文章在2010年5月发表在 nature biotechnology 上：GREAT improves functional interpretation of cis-regulatory regions

简单介绍：许多编码基因都有很好的生物学功能注释。而非编码区域通常缺乏这种注释。GREAT通过分析peak附近基因的注释，为一组非编码基因组区域赋予生物学意义。因此，它在研究非编码基因组区域的顺式功能方面特别有用。顺式调控区域可以通过实验方法(如ChIP-seq)和计算方法(如比较基因组学)来确定。GREAT对peaks的功能注释是对peaks邻近基因的功能注释。

图：ChIP-seq数据常用分析流程
参考教程：网页版工具做功能分析和motif分析