HiC数据分析-TAD分析软件—InsulationScore - 图1

Insulation Score是由dekker实验室开发的,软件路径(https://github.com/dekkerlab/cworld-dekker)

分析原理

HiC数据分析-TAD分析软件—InsulationScore - 图2

HiC数据分析-TAD分析软件—InsulationScore - 图3
HiC数据分析-TAD分析软件—InsulationScore - 图4
HiC数据分析-TAD分析软件—InsulationScore - 图5

总结:

HiC数据分析-TAD分析软件—InsulationScore - 图6
程序示例以及运行:

Cworld 软件安装

https://github.com/dekkerlab/cworld-dekker
HiC数据分析-TAD分析软件—InsulationScore - 图7

cworld 系列脚本

HiC数据分析-TAD分析软件—InsulationScore - 图8

Insulation主脚本

HiC数据分析-TAD分析软件—InsulationScore - 图9
N*N矩阵输入文件格式如下:
HiC数据分析-TAD分析软件—InsulationScore - 图10

结果解读:

HiC数据分析-TAD分析软件—InsulationScore - 图11

HiC数据分析-TAD分析软件—InsulationScore - 图12

结果验证:

HiC数据分析-TAD分析软件—InsulationScore - 图13


作者:XuningFan
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来源:简书
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