HiC数据分析-AB Compartment分析软件

AB compartment和TAD主要采用cworld 软件进行分析。
Cworld 软件架构如下：

Cworld软件安装

https://github.com/dekkerlab/cworld-dekker

安装cworld 需要安装以下包：

步骤如下：

conda config --set always_yes yes --set changeps1 no 
conda env create --name cworld --file cworld_environment.yml 
conda clean --tarballs --index-cache --lock 
source activate cworld
perl -MGD -e 'print $GD::VERSION ."\n";'

Cworld AB compartments 分析原理

Cworld AB compartments分析实例

使用实例：

结果解读：

作者：XuningFan
链接：https://www.jianshu.com/p/2cd156681a46
来源：简书
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