写在前面

• 以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen）暑期生信培训班上记录的课堂笔记

  1.TAD

  
  

  2.TAD分析流程

  2.1 Cworld-dekker软件的安装

  ```bash git clone https://github.com/blajoie/cworld-dekker.git

  Change directory to the cworld-dekker and install the Perl module:

  perl Build.PL ./Build ./Build install —install_base /your/custom/dir (ensure /your/custom/dir is added to your PERL5LIB path)

e.g.

./Build install —install_base ~/perl5

then in .bashrc

export PERL5LIB=${PERL5LIB}:/home//perl5/lib/perl5

<a name="OpOU4"></a>
##### 2.2 分析所用数据
互作图谱分染色体matrix数据(单染色的矩阵)，如何获得请看：[生信 | 三维基因组技术（三）：Hi-C 数据比对及HiC-Pro的使用](https://www.jianshu.com/p/f969899789ff)<br />matrix数据<br />![](https://cdn.nlark.com/yuque/0/2021/webp/655888/1627979840390-04240c77-a5ba-4747-8e16-18fae574a54f.webp#clientId=u754591d2-0342-4&from=paste&id=u414fbf41&margin=%5Bobject%20Object%5D&originHeight=335&originWidth=821&originalType=url&ratio=1&status=done&style=none&taskId=uc246b56c-4dc3-4b7e-8aaf-e587918f7c3)
<a name="vmyDF"></a>
##### 2.3 为矩阵添加header
header文件需要自己准备，操作采用cworld的addMatrixHeaders为矩阵文件添加header
```bash
perl -I /software/cworld-dekker/ \
/software/cworld-dekker/scripts/perl/addMatrixHeaders.pl \
-i data/example.matrix \
--xhf data/headerxchr2 \
--yhf data/headerychr2

-I：添加cworld的库，连接到cworld软件所在目录即可
-i：matrix 文件
—xhf：横坐标表头
—yhf：纵坐标表头
自制Header文件，横纵坐标可以相同，和上一次的不同就是，分辨率更小了（10kb），形如：

2.4 TAD边界鉴定

#export PATH=/local_data1/train/software/R/R-3.5.0/bin/:$PATH
#export PATH=/local_data1/train/software/bedtools/bedtools2-2.28.0/bin/:$PATH
perl -I /software/cworld-dekker/ \
/software/cworld-dekker/scripts/perl/matrix2insulation.pl \
--is 100000 --ids 40000 \
-i example.addedHeaders.matrix.gz

-I：cworld-dekker的库
—is：方框的大小，最好是矩阵分辨率的整倍数（如50kb），好计算

—ids：window size of insulationd delta，矩阵分辨率的整倍数（如20kb），好计算

-i：input matrix file，必须是单染色的矩阵，防止划框移动到其他染色体上

• 结果文件以boundaries结尾
  
  

  2.5 结果整理

  perl boundaries2bed.pl \
  example.addedHeaders--is100000--nt0--ids40000--ss0--immean.insulation.boundaries \
  17718942 chr6 > example.tad.bed
  

  TAD的范围
  
  perl脚本
  

作者：Bioinfo鱼
链接：https://www.jianshu.com/p/f969899789ff
来源：简书
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