3D基因组之Hi-C简介（二）

Hi-C简介（外传）

（一）HiC的起源与发展
（二）HiC的重要应用
（三）HiC的展望

上一篇已经讲过HiC的起源与发展，这期主要讲Hi-C的实验以及数据分析。

一、Hi-C实验

第一步：甲醛交联，固定细胞核内染色质构象
第二步：酶切，并用生物素标记
第三步：成环
第四步：打断
第五步：钓取带有生物素标记的酶切片段

二、数据分析

1. 数据过滤，筛选（二代测序通用 ^__^ ）
   2. 比对；比对的方式主要分两种，一种判断每条reads是否含有酶切位点，有则去掉酶切位点之后的数据在进行bowtie2单端比对；另一种采用单端比对的策略，以25bp为起始长度，每次增加5bp直到该reads比对到基因组具有唯一性。
   3. 寻找酶切片段；比对寻找到reads pairs在基因组物理位置之后，通过插入片段大小的限制搜索reads pairs两端每条read所对应的最近的酶切片段。酶切片段的位置代表了DNA交互产生的大致位置。
   4. 筛选fragment pairs；
   
   我们只需要Valid Pairs。
   5.Binning；将Valid Pairs的交互信息mapping到 基因组的位置，最终转换成为每两个bin的交互强度。
   6. 交互矩阵标准化；标准化方法主要分为两类，一类是基于矩阵，进行数学上的标准化，例如迭代等，另一类是基于生物学意义（例如mappingability）上的标准化。
   

   三、分析代码

   分析代码会在写完Hi-C系列所有文章之后在博客（www.zilhua.com）以protocol的形式发表，敬请关注。

   四、Hi-C分析工具包

   
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