在使用Bowtie比对于完Chip-Seq的结果后，就需要用到MACS或者ERANGE来找出峰所在的位置了。但是由于ERANGE的设置比较复杂，所以最为流行的还是MACS。

    我们首先来了解一下MACS的工作流程（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2592715/），否则的话，许多参数都无法理解。
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    从这个工作流程中，我们可以看出，MACS首先的工作是要确定一个模型，这个模型最关键的参数就是峰宽d。这个d就是bw(band width)，而它的一半就是shiftsize。而后就是依据峰高值来确定是否是一个峰。如果有对照的话，那么，对照当中也出现的峰就会被扣除。
    我们现在来了解如何设置参数。
    -t TFILE, –treatment=TFILE 输入文件名
    -c CFILE, –control=CFILE 输入阴对文件名
    -n NAME, –name=NAME 输入出文件名前缀
    -f FORMAT, –format=FORMAT 输入文件格式，默认值为AUTO，可选的值为”BEG”,”ELAND”,”ELANDMULTI”,”ELANDMULTIPER”,”ELANDEXPORT”,”SAM”,”BAM”,”BOWTIE”等。
    -g GSIZE, –gsize=GSIZE 比对模板大小。格式可以是：1.0e+9，或者1000000000，也可以缩写：’hs’ for 人类 (2.7e9), ‘mm’ for 大鼠(1.87e9), ‘ce’ for 线虫 (9e7) and ‘dm’ for 果蝇 (1.2e8), 默认值:hs
    -s TSIZE, –tsize=TSIZE 设置为短序列的长度，默认值为25
    -p PVALE, –pvalue=PVALUE 非峰可能性截取值，默认值为1e-5，这个值不能大太，超过0.9的话，可能无法输出正确的结果
    -m MFOLD, –mfold=MFOLD 峰值高度相对于本底的比值，默认值为10,30。也就是说，最低值不能少于10，但比值超过30也不认为它是正常的一个峰。一般而言，低值设置为10是一个很好的区分点。如果这个值还是无法得到满意的结果，那么可以设置得更低，但最好还是使用–nomodel参数，使–nomodel设置为True，然后再传递–shiftsize及–bw参数给MACS。–shiftsize默认值为100，而–bw的默认值为300。
    –diag 生成完整报表，会包括是否为真峰的可能性，但会严重拖累运算速度。
    例：

    1. macs –gsize=hs –tsize=28 –format=BOWTIE 
    2. –name=Pol2 –diag 
    3. –mfold=5,50 
    4. -t Pol2ChIP.map -c Pol2ChIP.control.map

    原文来自：http://pgfe.umassmed.edu/ou/archives/2288
    参见更多：http://liulab.dfci.harvard.edu/MACS/00README.html