功能如其名,“BLAST比对一些序列到一个大文件”。
整体界面功能如下:
- 设置待比对的序列,如某个或某几个序列
- 设置目标序列库,如某个物种基因组序列或转录本序列集合
- 设置输出文件路径,注意也可以点击“Temp”摁钮从而设置一个临时文件
- 比对参数信息:
- Outfmt:设置输出文件格式,一般建议用BlastXML
- Number of Threads:设置使用的最高线程数
- E-value:设置比对结果最高期望值
- Number of Hits:设置输出的 Hits 最高数目
- Number of Alignments:设置输出的 Hsp 最高数目
- Short Query Sequence (<=100bp):输入的查询序列是否较短,启动短输入敏感比对模式
- Other Opts:其他可选参数
- Other Db Opts:即接受用户指定的建库特殊参数
- Specify ‘Blast’?:用户指定使用 Blast 类型
- Other Blast Opts:即接受用户指定比对特殊参数
- 点击 Start 即可开始比对
- Visualize:如果用户设置输出文件格式为 BlastXML,在比对完成后,可以点击该摁钮直接可视化比对结果
- Text View:调用 TBtools 的大文本浏览功能,查看比对结果(注意,目前支持搜索字符串与定位显示)