Gene Ontology 即基因本体论,维护了两个方面的内容:

    1. Annotation
    2. Ontology

    其中 Ontology 组织方式为“有向无环图”,决定了每一个 GO term 处于一个节点,该节点到根节点的距离即为Level数目,具体计算方式,感兴趣的可参考 Gene Ontology 官网。
    TBtools 早期版本即提供这一功能,使用简单
    image.png
    其中

    1. go-basic.obo 文件,即从 Gene Ontology 官网下载
    2. 设置 GO 注释信息,注意制表符分隔
    3. 设置输出目录
    4. 其他参数,主要是统计的 Level 数目,一般统计 level 2 ;其次是绘图与否,注意到这个绘图使用的是 JJplot2 或者 JJplot 引擎,所以….不够好看….