注意:需要有通畅的网络连接KEGG
首先获取物种列表
java -cp /root/Download/TBtools_JRE1.6.jar biocjava.bioDoer.Kegg.AdvancedForEnrichment.UpdateKeggMap --JustShowOrgnismList true --outMap species.list --term ""
得到的文件 species.list,可以看到
head species.list
分为 5 个层次,按照需要,整理对应层次的文件即可,当然也支持合并不同两个类型,一般用不上
# 获取最高分类等级
perl -F'\t' -lane 'print $F[-1]' species.list|sort|uniq|grep -w -v A
# 一次获取全部可用的分类等级
perl -F'\t' -lane 'next if $.==1;print for @F[-4..-1]' species.list|sort|uniq > Possible.species
# 但是一般不建议做那么细的 BackEnd,主要还是不够全面,建议使用后面两个层级
perl -F'\t' -lane 'next if $.==1;print for @F[-2..-1]' species.list|sort|uniq > Possible.species
随后可以批量生成
cat Possible.species|while read class;do echo $class;java -cp /root/Download/TBtools_JRE1.6.jar biocjava.bioDoer.Kegg.AdvancedForEnrichment.UpdateKeggMap --outMap $class.20211128.TBtoolsKeggBackEnd --term $class;done
完成后,会得到系列 TBtoolsKeggBackEnd 文件,分发给需要的用户朋友即可,具体我会放在
## 对于确实需要最新数据库版本的朋友,可以自行准备,但绝大多数人来说,直接下来使用就可以了
https://tbtools.cowtransfer.com/s/566e88227a0045