界面化功能

快捷启动

  1. 使用安装器安装 TBtools，Windows 或 MacOS 均可以简单找到软件启动图标位置。

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双击打开即可。

  1. TBtools 绝大多数功能是原生 Java 代码开发。对于不喜欢安装器安装软件的朋友，也可以下载 Jar 文件，直接从 Jar 文件启动。如果环境中已经有 Java Runtime Environment ，且已经有文件关联，那么也可以直接双击 Jar 文件，打开 TBtools 程序。这种模式下，推荐预先安装Java11或以上版本。

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命令行启动

一般情况下，不建议也不需要从命令行启动 TBtools 的界面化接口。不过用户仍然可以选择，尤其是在系统没有 Jar 文件与 JRE 环境关联时。启动方式简单，大体如下

  1. java -jar Pathto/TBtools_JRE1.6.jar

不带任何参数，即可启动界面化接口

命令行功能

尽管绝大多数公开资料显示“TBtools是一款界面化软件”，但事实上，TBtools 不是一款界面化软件。对于高阶用户，完全可以在终端直接使用 TBtools 的命令行模式，从而实现大规模数据的批量处理，如：在Linux下，基于400多个物种的基因组序列文件和基因结构注释信息文件，提取对应的 CDS 或 启动子序列集合。
调用命令行结果非常简单，可以通过下述模式，检索可调用的命令行功能。

  1. java -jare Pathto/TBtools_JRE1.6.jar 功能模式字符串

举个例子，检索所有与 Fasta 序列操作相关的功能

  1. java -jare Pathto/TBtools_JRE1.6.jar Fasta

结果如下
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可以看到功能非常丰富。复制对应功能的命令，黏贴即可查看该功能的使用说明。

  1. java -cp "/C:/Program Files/TBtools/TBtools_JRE1.6.jar" biocjava.bioIO.FastX.FastaIndex.QuickStatFasta

可看到帮助信息
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参考使用帮助信息，按照参数提供文件即可。其中Required为必须参数。上述功能的使用方法为

  1. java -cp "/C:/Program Files/TBtools/TBtools_JRE1.6.jar" biocjava.bioIO.FastX.FastaIndex.QuickStatFasta --inFasta Fasta文件路径