在日常分析中,我们常常会把手头的序列比对到 NCBI 的 BLAST 数据库,预测序列的具体功能。但由于 NCBI 数据库并不在国内,其中一些 Javascript 加载会受限于网络,或者加载较慢或者加载不完善而无法使用。此时,可以使用 TBtools 的 Remote BLAST 功能。
整体使用参数如下:
- 设置待比对的序列
- 设置输出文件路径
- 其他参数信息:
- Blast Database:比对的数据库选择,可选 nt 或 nr
- Blast Type:比对类型设置,可选 blastx,blastn,blastp,等
- Out Format:输出文件格式,如XML,Pairwise或表格等
- E-value:比对结果最高期望值,一般使用默认值 1e-5
- Try Sent Times:最大重试次数(主要用于应对网络不顺畅的情况)
- Number of Alignment:保留的 hsp 数目
- Number of Description:保留的比对上序列描述数目
- Number of Hits:保留的 hit 数目
- 点击 Start 后等待即可
注意,具体输出文件和内容,建议用户自定尝试并查看了解