我们希望比对两个序列集合，甚至是两个物种的转录组序列集合，那么可以使用这一功能。界面如下这一功能，与 Two Sequence Sets 除了输入默认外，完全一样。事实上，与 Several Sequences to a Big File 也是类似，具体不做赘述。 总的来说，我个人建议大伙多使用 BLAST Zone，因为确实更为方便。
