写在前面

很久很久以前，我期望通过插件模式让 TBtools 成为更多老师在生信数据分析中的得力助手。插件模式开放到现在，也是一年有余，期间我还是做了一些工作：

  1. 开放并完成 TBtools 插件模式，用户通过 Install Plugin 安装
  2. 软件分发相对低效，于是我开发 TBtools 插件商店，Plugin Store
  3. 尽管有插件商店，但依赖于我个人的小服务器，带宽太小，于是我做了优化，开发了，Plugin Store at High Speed
  4. 从 TBtools 开发起（2015年），我就希望，所有人都能来做一些贡献，我想过很多很多方案，最终测试了下 R Plugin 模式，让所有人都能在 TBtools 中分发自己撰写的 R 语言脚本，简单的配置文件编写，TBtools 即可自动辅助打包成界面化工具，插件使用人员不需要了解甚至知道 R 语言。
  5. 几个老铁做了20多个 TBtools R Plugin，付出了很多，其中部分插件为 ShinyApp，于是我优化了 R Server Plugin，让其支持 ShinyApp
  6. 为了保护部分老铁的 R 程序权益，我更进一步，开发的 R 脚本加密模式，当然，这个后面没有真正用起来

终于，我们还是积累了一些 TBtools R Plugin 的用户，而他们常常会遇到一个问题，那就是 TBtools 的 R 插件本身是 R 脚本，而每一个 R 功能，几乎都会依赖于一些 R 包。用户在第一次使用时，需要等到脚本自动处理好依赖包下载。带来的问题就是…. 网络问题常常导致 R 包安装失败。
安装失败，自然就用不了。这不是我们所期望，但确实我们的无奈。解决办法不是没有，只是稍显麻烦。我早前已经摸索出一些方式，但一直没时间整理。

这两日，看到 TBtools 老铁又写了两三个 TBtools R Plugin，多少觉得不能辜负大伙的努力和付出。有必要完成原本的设想：让 TBtools R Plugin 没有安装失败的可能。

R Plugin Installation Helper 简单介绍

于是，我还是花了一个中午的时间，开发出来了 R 插件安装助手这一插件。
解决方案！TBtools R Plugin 安装~ 终极奥义 - 图1
如果是高速插件商店安装，那么需要重启一下 TBtools。安装完成后，从插件菜单打开该插件即可
解决方案！TBtools R Plugin 安装~ 终极奥义 - 图2

使用 R 插件安装助手

比如我们要进行基因差异表达分析，使用这一插件（可以是安装前，也可以是安装后）
解决方案！TBtools R Plugin 安装~ 终极奥义 - 图3
当你第一次使用失败时（当然你可以不管，直接去安装下面的 MetaPluginR），从报错信息常常很可能看得出来是否是 R 依赖包安装不全。如果是这样，那么就用 R Plugin Installation Helper。
首先需要下载对应的 Meta Package。

  1. https://tbtools.cowtransfer.com/s/f30b63ca0bec48

可以下载到 DESeq2.Win64.MetaPluginR
直接进行安装即可
解决方案！TBtools R Plugin 安装~ 终极奥义 - 图4
完成！
注意到，对于 Windows 用户，这个安装完成，那么 DESeq2 进行基因差异表达分析插件就绝对不存在安装问题了。如果还有问题，那么一定是输入文件格式问题。
对于输入文件格式，建议参考Demo Data摁钮弹出的文件。

写在最后

我们，一直被模仿，从未被超越。