点点点，KEGG Pathway 通路富集分析

写在前面

前段时间，推过两个教程，分别是：
1.《零基础快速完成基因功能注释 / GO / KEGG / PFAM…》
2.《「GO富集分析」从原理到实践 ~ 零基础掌握》

可以说，如果这系列教程还不完整，那么缺少的就是一个 KEGG 通路富集分析教程。而这个功能，也是 TBtools 的基本功能之一。很多时候，我更多撰写或讲演 GO 富集分析相关内容，而忽略了 KEGG 通路富集相关。主要原因是，前者懂了，后者往往也就懂了，毕竟富集分析原理一样，只是注释信息有不同。
当然，在具体软件使用上也有点点区别，甚至有不少时候，KEGG Pathway 富集分析能提供我们更为具体的分析结果。

使用 TBtools 进行 KEGG Pathway 通路富集分析

使用这一功能，首先是打开对应功能

可以看到界面

注意到不同选项：

1. 设置一个KEGG数据库文件，一般在 TBtools 中，叫做 .KEGG.BackEnd 文件，类似 Gene Ontology 的 go-basic.obo 文件；这一文件可以用《TBtools Cookbook》中找到下载位置

https://www.yuque.com/cjchen/hirv8i/ghaxyl

也可以通过在选择 6. 中选项，并点击 7. Mack One Backend File From Web 来准备。不过这依赖于当前网络与KEGG官网网络的通畅程度。一般建议直接从Cookbook 给出的链接下载。

1. 设置KEGG 注释信息文件，基因ID和KEGG Knum各一列，使用制表符分隔。如果不知道如何准备，建议参考前述教程《零基础快速完成基因功能注释 / GO / KEGG / PFAM…》。
2. 设置基因选择集 ID 列表，一行一个ID，可以是差异表达基因集合，或者 GWAS 定位到的区间基因ID，或者是各类合理方式获得的基因ID集合
3. 设置一个输出目录，或可以给出输出文件名字前缀
4. 点击 Start 即可开始

查看富集分析结果

输出两个结果

一般只看.final.xls文件

具体含义，请参考《「GO富集分析」从原理到实践 ~ 零基础掌握》并自行理解。
当然，如果你想可视化

与 GO 富集分析可视化同个功能

输出结果如下

具体用户感兴趣一些可视化参数，请自行调整。

写在最后

Emmm，果然，我还是不太想写。不过我仍然相信，通过这个教程，大伙可以点点点，完成 KEGG Pathway通路富集分析。