可视化！Circos 图绘制，更简单更灵活更方便~

写在前面

为什么 TBtools 用起来舒服，相比于不少其他软件，同质非同质的？我想了很久，可能原因之一，即“开发者即用户本身”，简单来说，“我写的软件是就是给自己用的”，而不是去满足其他人的什么需求。但事实上，只要是相关领域，大家的需求总是类似的。我从来专门征集过大家都普遍需求的功能，但只会开发我觉得对我有用的部分。这样的模式，应该是最合适的。
回到主题，Circos 图是目前生信大数据时代常用的可视化方式之一，可以全基因组尺度可视化各类 Track。TBtools 的 Circos 绘制功能，我之前就提过，写出来也只花了一个中午，因为我早就在 JIGplot 绘图引擎中加入的极坐标系功能，画 Circos 无非就是一个柱形图，再做一次极坐标转换….

旧版本的 Circos

前面的 Circos 主界面如下

咋看下去设计还可以，我们直接 Load 以前的 Project。加载完了如下

发现没有界面没有任何改变，点击可视化。主界面如下

Show Control Dialog 即控制参数界面如下

在其中可以做各类调整….但是，
0. 参数很多；界面混乱；不方便找到对应参数

1. 无法再增加新的 Track…
2. 无法调整已有 Track 的参数…

新版本的 Circos

为了解决上述问题，我思考了挺长，主要还是需要自己设计一个GUI功能。这应该是我个人的问题，我不太愿意使用一些第三方类库，如果是非开源，那么我没钱可以买授权；如果是开源，你用了那么就有一些奇奇怪怪的人喊你也要开源你自己的项目（PS：其实只要你不修改该项目源码，绝大多数时候并不需要开源自己的项目）。Anyway，只基于 Java 类库类做 GUI 其实也不容易，毕竟可用的组件还是20多年前的那些。大体折腾了下，得到如下

开发了这个组件之后，我们就可以通过简单隐藏菜单来实现。于是，补充另外一些新的调整，现在的 Advanced Circos 界面如下

可以看到一些“无限添加 Track”的部分已经消失….
我们直接加载已有项目，可以看到，染色体骨架以及其他文件都会自动添加进行，并显示在界面上，支持用户替换和进一步编辑

点击可视化，可以看到

打开参数界面，可以看到

比如，换换颜色，调整调整 Tile 模式等

写在最后

一两年前，有个朋友要用 TBtools 绘制 Circos 图，用来用去，可能不太习惯，最后他应该是放弃了。回头来看，原因简单。我自己用着也知道，确实原来的版本，用起来不舒服….现在优化好了，不过这个朋友估计也不会用了，或者也毕业了。
路漫漫其修远兮~希望这位朋友科研顺利，事业有成。