Python 环境 安装

这里我们使用conda来管理python，安装conda后自带python环境。

Conda

因为pip的诸多不便，现在决定使用conda！！！

安装

  • centos
  1. sudo yum -y install bzip2
  2. wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  3. sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  5. source ~/.bashrc
  7. 卸载的时候，删除文件夹和环境变量即可。
  • mac
  1. wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh
  2. sh Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh
  4. # 环境变量
  5. # added by Anaconda3 installer
  6. export PATH="/Users/apple/miniconda3/bin:$PATH"
  • windows

1、下载最新版本

2、设置环境变量

Python环境准备 - 图1

配置

1、配置安装源

  1. # 配置安装源
  2. conda config --add channels bioconda
  3. conda config --add channels conda-forge
  4. conda config --add channels genomedk
  6. # 清华源
  7. conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  8. conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  9. conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  10. conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
  12. 查看channels
  13. cat ~/.condarc

2、conda自身的升级和卸载

  1. # 升级
  2. conda update conda
  3. conda update anaconda
  6. # 卸载
  7. rm -rf anaconda目录
  8. 清理 .bashrc环境配置

软件管理

  1. # 安装
  2. conda install gatk=3.7
  4. conda list
  6. conda update gatk
  8. conda remove gatk

常用软件

  1. pip install bpython   # linux\mac

python版本管理

1、查看目前conda所有环境

image.png

2、创建和管理python2环境

  1. # 创建一个名为python2.7 的环境
  2. conda create -n python2.7 python=2.7
  4. # 激活 test 环境
  5. source activate python2.7
  7. # 退出环境
  8. source deactivate
  10. # 删除环境
  11. conda remove -n python2.7 --all

pip

因为很多软件都是通过pip安装，所以我们可以修改一下pip安装源

  1. # linux
  2. ~/.pip/pip.conf 
  3. [global]
  4. index-url = https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
  6. # win10
  7. 进入  %appdata%，新建一个pip文件夹，新建文件pip.ini
  8. [global]
  9. index-url = https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

或者临使用安装源

  1. pip install jupyter -i http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/ --trusted-host mirrors.aliyun.com

BUG

Ubuntu系统可能会遇到网络访问问题。

  1. Collecting package metadata (current_repodata.json): failed
  3. CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://conda.anaconda.org/genomedk/linux-64/current_repodata.json>
  4. Elapsed: -
  6. An HTTP error occurred when trying to retrieve this URL.
  7. HTTP errors are often intermittent, and a simple retry will get you on your way.
  8. 'https://conda.anaconda.org/genomedk/linux-64'

解决方案：

vim ~/.condarc

  1. channels:
  2.   - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  3.   - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  4.   - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  5.   - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/Paddle/
  6.   - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/fastai/
  7.   - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch/
  8.   - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
  9. show_channel_urls: true
  10. ssl_verify: false

windows安装备份

1、下载地址：https://www.python.org/downloads/windows/
image.png
2、安装的时候选择加入到环境变量
image.png