笔者系统：Ubuntu16.04
特别提醒：安装软件请先给电脑或者服务器连上网，请先连上网，请先上网。
具体哪一种安装方式取决你下载的包是rpm包或deb包或是需源码编译的包，详见：ubuntu下安装程序的三种方法

1.多序列比对软件MAFFT

(1)安装mafft（两种方式）

①如果下载的是.rpm包，先在Ubuntu上进入软件包所在的目录，再使用下面代码：

  1. $ rpm –ivh  软件名.rpm

i表示安装，v表示可视化，h表示进程。
也可以指定安装路径，如：

  1. $ rpm -ivh --prefix=/java  xx.rpm

可将xx.rpm安装到/java目录下。

②如果下载的是.deb包文件，先在Ubuntu上进入软件包所在的目录，再使用下面代码：

  1. $ sudo dpkg –i 软件名.deb

③查看安装的软件信息

  1. 查看已安装软件包的目录信息，使用命令：dpkg -L 软件名
  2. 查看已安装软件的信息，使用命令：dpkg -s 软件名
  3. 搜索已安装的软件包，使用命令：dpkg -S 软件名

附：Ubutun上deb包完整的安装方式：https://jingyan.baidu.com/article/fc07f9894a913212ffe519be.html

④注意
ubuntu和windows不同，在ubuntu里，一个程序的不同文件是被放在不同的地方的。主程序文件一般是放 在/usr/bin/里，配置文件放在/etc/里，帮助文档放在/usr/share/man里，设置好相应的环境变量后这样安装的软件 是很方便使用的。
例如，你装好一个软件后，可以立即在命令行打入程序的名字就可以运行，打入man 后可以查找帮助。
但如果你不是按正常的路径安装，你想要运行一个命令，你就还要设置相应的环境变量等等比较麻烦。
参考：https://blog.csdn.net/qq_14989227/article/details/78193242）

(2)安装后调用mafft

  1. ①初次使用该软件，可以先命令短输入 **mafft -help **可以查看该软件的帮助文档。（笔者之前是用deb进行安装，选的是默认路径）<br />**<br />    ②**这里主要介绍单线程运行和多线程运行的问题**。命令端输入 **mafft **后即可启动程序。之后提示导入序列，设置输出文件所在路径，选择输出文件内容格式，选取比对策略后，**在最后一个选项“ Additional arguments? (--ep # --op # --kappa # etc) **”****这里，这些字符是什么含义？“**etc（**等等**）”**到底还有哪些其他信息呢，字符含义和等等就是下面这些：
  1. --op # : Gap opening penalty, default: 1.53
  2. --ep # : Offset (works like gap extension penalty), default: 0.0
  3. --maxiterate # : Maximum number of iterative refinement, default: 0
  4. --clustalout : Output: clustal format, default: fasta
  5. --reorder : Outorder: aligned, default: input order
  6. --quiet :   Do not report progress
  7. --thread # : Number of threads (if unsure, --thread -1)

这一堆参数，除非真的懂，否则选择默认即可，而实际中，对于我们最有用的是设置线程数。
—thread 这个参数就是设置线程的参数！默认是1个线程。
要设置多个线程，比如设置20线程，就在这里输入：—thread -20，这样就可以使用20线程运行mafft。
前提：你电脑或者服务器支持20线程。

2.贝叶斯法建树软件Mrbayes

(1)安装

以MrBayes-develop.zip包为例，使用该zip包前，先看看你的ubuntu系统有没有预装zip解压器，若没有预装，要么在直接ubuntu上联网下载，要么先在windows系统的电脑上解压了再拷贝到服务器Ubuntu系统上。

  1. 安装方法：
  2. 先通过cd命令进入zip包解压后的文件目录（一定要进去目录里），然后：
  3. $ ./configure --prefix=安装路径
  4. 注意：也可以不指定安装路径，即不输入--prefix=安装路径。
  5. $ make
  6. $ make install

安装完毕后，在命令端输入命令mb可启动单线程mrbayes.
**

(2)注意事项

①MrBayes-develop.zip这个包只能单线程运行mrbayes，多线程版本mrbayes的安装请参考我的另一篇文章：”Mybayes使用要点“

②上述代码里的autoconf这是一个工具或者说是依赖包，如果新安装的Ubuntu系统没有这个工具就去下载。

③当你用上面方法安装失败或者系统报错，或者说是缺少某个环境或者找不到某个文件时，看看你的文件夹里有没有compilelnstruction.txt这个文件，这个是该软件的源码编译教程，它会告诉你安装这个软件事先需要有哪些依赖环境或者文件。
FAQ：怎么查看自己的Ubuntu系统里有没有某个环境配置或者文件？

  1. $ sudo apt-get install 文件或者配置名称

3.最大似然法建树软件phyML

(1)下载安装

①下载phyML安装包（根据你的linux版本下载，推荐phyml-3.1）

(2)调用程序

请参考”PhyML3.1使用手册“

4.总结

（1）**万变不离其宗，先介绍这3个软件。**

（2）笔者比较喜欢linux版本的软件，因为linux版本软件的安装和调用方式就在你下载的安装包里，一般解压后文件夹里的名为README的文件就是安装和调用方式，极少数是名称为compilelnstruction.txt的文件。如果解压后没有在第一层目录里看到这种文件，可能还需要你按照文件夹逐层去找。

（3）还有一个地方可以找到软件的安装和使用方式，是生信软件的软件包里一般会附带该软件的**PDF版的使用说明书，有的说明书的名称里会有manual这样的字符，这种PDF版说明书才是信息最齐全和有用的，软件的相关参数设置和含义都在这里面会详细说明。**

（4）最后的话，请注意，如果你使用的安装包或者路径和笔者上面的教程不一样（比如你指定了安装路径），可能使用上面的方法调用程序会报错，程序代码的东西就是这样，改动一点可能会有影响，安装程序的关键是：
①看所安装的软件说明书，网上的一些教程代码可能只针对大多数软件，具体到每个软件可能会有些许差别；
②根据报错提示寻找解决方法；
③安装一个软件无论成功与否，都要去总结并记录经验，如该软件的调用方法。尤其是生信软件跑数据往往会将程 序的调用和要处理的数据放在一行代码，有时代码里还要加上各种参数，养成记录的习惯，下次再用就很方便。

**FAQ：Linux的软件一般在哪里下？**

  1. https://pkgs.org （常用，注意和自己系统版本对应）

  2. https://github.com

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