1. 大多数的种系发生重建方法会产生无根树，但是观察树的拓扑结构无法识别树根应在哪一分支上。实际中，对于要证实哪一个分类单元的分支先于其他的分类单元，树根必须确定。<br />   在无根树中设定一个根，最简单的方法是在数据集中增加一个外群（outgroup）。<br />   外群是一种分类操作单元，**且有外部信息表明外群在所有分类分类群之前就已分化**。**合适的外群与待分析的分类群关系不能相距太远**，**因为在比较关系较远的物种时，系统发生的信号会降低，这是核苷酸替换饱和的结果**。使用一个以上的外群通常可以进一步改善推导的树状拓扑的准确度。<br />   所谓的外类群就是与你研究的序列关系极为密切的序列，**且外类群能很好的聚为一支（若外类群不止一条序列）**，**若研究的是演化历史，一般应选择比目标序列具有较早进化历史的序列作为外类群。**<br />    另一种可选的引入外群的方法是，使用两套相同的、同时存在于待分析的所有分类操作单元中的**并系同源基因**。在这种方法中，**第一个并系同源基因群中的基因可以成为第二个并系同源基因群中基因的外群**。这种确定的系统已用于确定tree of life的第一层分支，树根可以置于通向生命树中细菌、古细菌以及真核细胞中任一分枝上。当使用单一外群时，根可以置于通向外群的分支上。另外，**若使用多个外群，根必须置于连接外群和内群的分支上**。<br />   **如果是鉴定物种，最好选一个外群。**
    2. <br />**   在缺少一个合适的外群时，根大约可以置于两个分类操作单元间最长支的中点上。这种确定根的方法叫做中点定根（midpoint rooting）**，当在树中所有分支的进化速度大致相同而且实际的外群与其它分类群间的支的长度不太短时，这种方法相当准确,但是**中点生根这种方法慎用**，它有一个**假设前提**：**假设两个最不同的谱系以****相同的速率进化****。显然，这个假设现实中很可能不成立。**

    【补充1】
    RaxML作者建议这样画有根树：
    他通常避免在最初的ML和bootstrap分析里使用外群，而是这么做：
    ①先只用内群建树，包括ML和BS（bootstrap）过程，相当于先只建无根树。
    ②建完无根树后，使用EPA (see:http://sysbio.oxfordjournals.org/content/60/3/291.short)去把外群放在树上。

    这样做有几个优点：
    ①可以使用或测试不同的外群。
    ②如果你的外群扰乱了你内群的分析，你不用再重新跑一遍分析。
    ③你可以防止外群影响内群的枝长。
    ④You get placement probabilities (likelihodo weights) for each outgroup, e.g., how likely
    the outgroup is to fall into one branch or another. This also tells you if your outgroup is good
    (high probability for being placed into one specific branch) or if it is bad (scatters across the tree)
    另外：
    ①如果设置了多个外群，但这些外群不是单系群（名词了解下），Raxml程序会选择外群列表里的第一个作为外群来生根，最终程序只会选择一个外群。
    ②始终记住外群只是一个画树的选项，这棵树本质上依然是无根树。

    【补充2】
    如何构建有根树?
    ①定义外群来生根；
    ②中点生根；
    ③分子钟生根。

    如文中有错误之处，欢迎大家及时指正，一起交流学习。