1. TempEst软件的计算原理属于RTT方法，另外一种基于RTT方法的软件为Tree-time，前面已经提及。在前面的教程中，均以测试数据里的埃博拉序列数据对Tree-time和treedater两个软件进行了测试，两个软件的结果几乎一样。
  3. 本次使用和前面两个教程里同样的埃博拉序列数据（前面教程可下载），使用TempEst软件进行估计。<br />    ![图片.png](https://cdn.nlark.com/yuque/0/2020/png/119869/1606105803582-e43bbfcf-a511-42b5-9323-0142d5ef7030.png#height=89&id=xM7oX&margin=%5Bobject%20Object%5D&name=%E5%9B%BE%E7%89%87.png&originHeight=125&originWidth=792&originalType=binary&ratio=1&size=9539&status=done&style=none&width=565)

1. 数据准备

（1）TempEst软件：http://beast.community/tempest
（2）树文件，序列日期文件（同前）

2.结果

  1. TempEst软件为图形化软件，使用比较简单，导入树文件后，再在软件界面里获取序列的采样日期（可通过序列名称截取，或导入对应的日期文件），这部分操作和BEAST相同，详细见前面BEAST使用手册，不再啰嗦。<br />    分析结果如下：<br />![图片.png](https://cdn.nlark.com/yuque/0/2020/png/119869/1606106159321-d2f21786-5856-4725-b11c-50c6ce6f76fb.png#height=379&id=GMh5f&margin=%5Bobject%20Object%5D&name=%E5%9B%BE%E7%89%87.png&originHeight=757&originWidth=1338&originalType=binary&ratio=1&size=120770&status=done&style=none&width=669)<br />    平均进化速率相对Tree-time和treedater的结果偏低，不过相差不大。<br />TempEst软件估算的进化速率没有区间范围，图也没有Tree-time的漂亮，个人还是不太喜欢TempEst，尽管使用方便。