写在前面的话：回顾笔者自学遗传进化分析，尤其是构建进化树的历程，基本对大多测进化模型及建树软件都进行了充分实践。没办法，毕竟也那会儿没人直接告诉我，应该用哪个软件或者建议用哪个软件。当然，这也直接促进了笔者的快速成长。
比如，在收集其他人零碎的教程上，那会儿已经是2018年，我居然还在学如何使用PAUP建进化树。PAUP是一个“古老”的软件，运行速度也巨慢。后面陆续又学了RAXML、PhyML和MrBayes，啃它们最原始的英文说明书，尽力去理解里面参数的含义。要知道，即使是今天，笔者依然是一个6级考了5次还没过的人。但是那会我还是坚持了下来，于是有了前面的那些笔记（也被网友称为“教程”）。其中，最难学的莫过于MrBayes，撇开软件参数不说，光是说明书有200多页。
再后面，随着另一款快速建树的软件IQ-tree的推广（其实IQ-tree在2014年就出来了，只是前期用的人少），由于它的“超常规自举”可以快速对大的数据集进行构建进化树，加上还自带ModelFinder这个可以用来寻找最佳进化模型的工具（包括核苷酸模型和氨基酸模型），深受大家喜爱，笔者就是其中之一。值得一提的是，IQ-tree里也保留了“常规自举”可供选择。
现在，笔者测进模型基本只用ModelFinder，建不带时间的进化树基本只用IQ-tree（建ML树）或者MrBayes（建BI树），加上东哥的Phylosuite软件把ModelFinder、IQ-tree和Mrbayes这三个字符程序做成了图形化界面，目前，使用它们变得非常简单。
有人不少人曾问我，有没有IQ-tree这个建树软件的使用教程，于是有了这篇教程。

1.使用教程

后面笔者大约花了半天时间，读了IQ-tree的说明书，猛然发现：
“纵使风云变幻，万变不离其宗”。
原来，我早就已经大致掌握了它，大多不同的地方也许是代表同一个意思的参数的名字不一样。
当然，这是建立在笔者熟读RAXML、PhyML和MrBayes等软件说明书的基础上。
所以，笔者没有总结IQ-tree的使用方法及教程。
没有IQ-tree的使用手册，就是它的使用手册。

  1.                                                                                              2021年12月23日<br />                                                                                                            于长沙